More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1610 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1610  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
447 aa  925    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0411  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.92 
 
 
437 aa  566  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0744  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.92 
 
 
453 aa  533  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3755  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.62 
 
 
431 aa  353  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0601129  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3347  acetylornithine deacetylase  39.61 
 
 
436 aa  285  9e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1036  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.91 
 
 
426 aa  279  7e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.98683  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3737  acetylornithine deacetylase  39.67 
 
 
427 aa  276  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.565642  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2664  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.44 
 
 
427 aa  271  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.18198 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3442  acetylornithine deacetylase  37.15 
 
 
426 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2875  acetylornithine deacetylase  37.93 
 
 
427 aa  269  8.999999999999999e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.545702  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2938  acetylornithine deacetylase  36.92 
 
 
426 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3889  acetylornithine deacetylase  36.81 
 
 
426 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.465317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2506  acetylornithine deacetylase  37.3 
 
 
426 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.183541  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1406  acetylornithine deacetylase  40.38 
 
 
427 aa  258  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.566514  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1080  acetylornithine deacetylase  37.19 
 
 
430 aa  252  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2352  acetylornithine deacetylase  36.62 
 
 
424 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.737535  normal  0.411266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  33.64 
 
 
432 aa  226  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3492  acetylornithine deacetylase  32.88 
 
 
432 aa  217  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.152448  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2569  acetylornithine deacetylase  30.95 
 
 
432 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.999576  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3135  acetylornithine deacetylase  30.23 
 
 
432 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4015  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  35.13 
 
 
413 aa  198  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  32.27 
 
 
446 aa  192  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  30.14 
 
 
422 aa  177  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2278  acetylornithine deacetylase  29.63 
 
 
422 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1685  acetylornithine deacetylase  29.91 
 
 
422 aa  172  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.56308  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.3 
 
 
433 aa  167  4e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0095  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.57 
 
 
429 aa  166  5e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276055  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2142  acetylornithine deacetylase  30.14 
 
 
422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0818142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2080  acetylornithine deacetylase  30.14 
 
 
422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2297  acetylornithine deacetylase  30.14 
 
 
422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2322  acetylornithine deacetylase  30.14 
 
 
422 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2331  acetylornithine deacetylase  29.86 
 
 
422 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.055832  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2076  acetylornithine deacetylase  29.91 
 
 
422 aa  164  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2405  acetylornithine deacetylase  29.86 
 
 
422 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.741155  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  29.4 
 
 
422 aa  160  6e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  32.34 
 
 
424 aa  160  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0097  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.39 
 
 
437 aa  153  5.9999999999999996e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395035  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3865  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.68 
 
 
433 aa  150  4e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.838236  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2118  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
422 aa  147  5e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3625  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  26.88 
 
 
417 aa  146  8.000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.209482  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2920  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.56 
 
 
429 aa  139  1e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0810  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.25 
 
 
447 aa  133  6e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.966412 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4522  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.16 
 
 
428 aa  127  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0019  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.17 
 
 
428 aa  123  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.191094  hitchhiker  0.000354462 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0406  acetylornithine deacetylase  26.67 
 
 
424 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0025  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.31 
 
 
429 aa  120  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0410  acetylornithine deacetylase  26.11 
 
 
424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0475  acetylornithine deacetylase  26.11 
 
 
424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0467  acetylornithine deacetylase  26.67 
 
 
426 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0493  acetylornithine deacetylase  26.67 
 
 
426 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0548  acetylornithine deacetylase  26.39 
 
 
424 aa  116  6e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166552  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3374  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  32.62 
 
 
424 aa  116  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2177  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.48 
 
 
441 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0548  acetylornithine deacetylase  26.11 
 
 
424 aa  114  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000707223  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 
442 aa  114  3e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0497  acetylornithine deacetylase  25.83 
 
 
424 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00375868  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4825  acetylornithine deacetylase  25.56 
 
 
424 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0895557  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1722  acetylornithine deacetylase  30.29 
 
 
433 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.633386  normal  0.578084 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0412  acetylornithine deacetylase  25.76 
 
 
424 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.75 
 
 
398 aa  109  9.000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0080  peptidase M20  28.25 
 
 
434 aa  109  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  26.08 
 
 
411 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.16 
 
 
392 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0631  peptidase M20  30.95 
 
 
433 aa  108  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.97 
 
 
378 aa  107  6e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.61 
 
 
433 aa  107  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1499  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.91 
 
 
441 aa  106  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.97 
 
 
439 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2806  peptidase M20  26.19 
 
 
425 aa  103  7e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.6 
 
 
395 aa  103  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.83 
 
 
423 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12180  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  29.03 
 
 
463 aa  102  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0246803  normal  0.255441 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.09 
 
 
410 aa  102  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.56 
 
 
423 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.3 
 
 
390 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.4 
 
 
399 aa  101  3e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2502  acetylornithine deacetylase  28.95 
 
 
418 aa  100  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.276614 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.83 
 
 
396 aa  100  7e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.75 
 
 
399 aa  100  7e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.78 
 
 
433 aa  99.4  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.19 
 
 
388 aa  99.4  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3265  acetylornithine deacetylase  25.42 
 
 
416 aa  99.4  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.366543 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.3 
 
 
395 aa  99.8  1e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.83 
 
 
395 aa  98.6  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.83 
 
 
395 aa  98.6  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0792  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  33.8 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2083  acetylornithine deacetylase  29.07 
 
 
388 aa  97.4  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.151989  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.26 
 
 
383 aa  97.8  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.17 
 
 
385 aa  96.7  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.71 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.9 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.46 
 
 
403 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.06 
 
 
393 aa  95.1  2e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.73 
 
 
431 aa  94.7  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0190  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.39 
 
 
381 aa  94.4  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.84 
 
 
404 aa  94.7  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.52 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.62 
 
 
383 aa  94.4  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.89 
 
 
386 aa  94.4  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.2 
 
 
387 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>