More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2494 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  92.38 
 
 
423 aa  788    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  92.14 
 
 
439 aa  789    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
423 aa  855    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  77.12 
 
 
431 aa  665    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  77.88 
 
 
433 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.1 
 
 
435 aa  607  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.34 
 
 
410 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.69 
 
 
398 aa  178  2e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.84 
 
 
395 aa  169  6e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.92 
 
 
399 aa  168  2e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.44 
 
 
399 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0847  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  33.72 
 
 
413 aa  155  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.359888  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2475  acetylornithine deacetylase  31.25 
 
 
420 aa  137  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0713768  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.81 
 
 
442 aa  130  3e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.67 
 
 
396 aa  127  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.22 
 
 
388 aa  125  1e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.18 
 
 
410 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  28.38 
 
 
411 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.58 
 
 
422 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.95 
 
 
423 aa  122  9e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3695  acetylornithine deacetylase  28.61 
 
 
364 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  28.41 
 
 
409 aa  122  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.08 
 
 
413 aa  122  9.999999999999999e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.82 
 
 
423 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.92 
 
 
409 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.98 
 
 
409 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.84 
 
 
419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.84 
 
 
419 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.61 
 
 
419 aa  120  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3277  peptidase M20:peptidase dimerisation  27.03 
 
 
422 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3430  peptidase M20  28.99 
 
 
364 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3273  hypothetical protein  28.93 
 
 
424 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.67 
 
 
424 aa  116  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  30.37 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  28.8 
 
 
430 aa  115  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  29.6 
 
 
422 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.39 
 
 
407 aa  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3712  putative acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase and related deacylases  31.95 
 
 
433 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  29.72 
 
 
429 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  26.59 
 
 
446 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1036  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.61 
 
 
426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.98683  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 
389 aa  110  5e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0710  peptidase  34.47 
 
 
394 aa  110  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00268178  normal  0.0281992 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1823  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.54 
 
 
369 aa  110  6e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.248504  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4390  peptidase M20  26.91 
 
 
413 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0497  acetylornithine deacetylase  26.28 
 
 
424 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00375868  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2961  peptidase  28.94 
 
 
395 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.9 
 
 
378 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3470  peptidase M20  27.63 
 
 
424 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4825  acetylornithine deacetylase  25.95 
 
 
424 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0895557  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3143  peptidase M20  27.25 
 
 
424 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.138788  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0410  acetylornithine deacetylase  26.62 
 
 
424 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  30.68 
 
 
389 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 
376 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0467  acetylornithine deacetylase  26.4 
 
 
426 aa  106  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.05 
 
 
407 aa  106  8e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0475  acetylornithine deacetylase  26.62 
 
 
424 aa  106  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0493  acetylornithine deacetylase  26.4 
 
 
426 aa  106  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.18 
 
 
382 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.98 
 
 
407 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1035  peptidase dimerisation domain protein  28.18 
 
 
424 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0406  acetylornithine deacetylase  26.4 
 
 
424 aa  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  26.1 
 
 
422 aa  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.96 
 
 
377 aa  105  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.16 
 
 
404 aa  104  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.71 
 
 
376 aa  104  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1104  acetylornithine deacetylase  26.89 
 
 
391 aa  103  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.681147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.99 
 
 
378 aa  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0076  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.82 
 
 
404 aa  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.43 
 
 
433 aa  103  8e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0548  acetylornithine deacetylase  26.17 
 
 
424 aa  102  9e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000707223  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.2 
 
 
433 aa  102  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1685  acetylornithine deacetylase  27.3 
 
 
422 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.56308  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2278  acetylornithine deacetylase  26.54 
 
 
422 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0642  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.26 
 
 
402 aa  101  2e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.39661  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1610  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.56 
 
 
447 aa  102  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0573  acetylornithine deacetylase  32.87 
 
 
386 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.280832  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  27.49 
 
 
411 aa  102  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2118  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  25.96 
 
 
422 aa  101  3e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2769  peptidase M20  28.54 
 
 
399 aa  101  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.0329756 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  27.82 
 
 
406 aa  100  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.36 
 
 
375 aa  100  4e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.68 
 
 
404 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2580  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  29.92 
 
 
357 aa  100  6e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0095  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.24 
 
 
429 aa  100  7e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276055  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  26.82 
 
 
412 aa  99.8  8e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.08 
 
 
385 aa  99.8  8e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0548  acetylornithine deacetylase  25.73 
 
 
424 aa  99.8  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166552  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1982  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.82 
 
 
376 aa  99  1e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4005  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.01 
 
 
400 aa  99  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.360154  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3755  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.81 
 
 
431 aa  99  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0601129  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.19 
 
 
376 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  26.76 
 
 
380 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8178  peptidase M20  29.92 
 
 
373 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2418  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.37 
 
 
376 aa  98.2  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.508006  decreased coverage  0.00000131595 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.62 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0234  diaminopimelate aminotransferase  24.08 
 
 
411 aa  97.8  3e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00102405  normal  0.710692 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.08 
 
 
388 aa  97.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  29.41 
 
 
411 aa  97.4  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.1 
 
 
376 aa  97.1  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>