More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0166 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
407 aa  833    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  74.45 
 
 
423 aa  638    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  72.99 
 
 
411 aa  631  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  73.09 
 
 
410 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  72.52 
 
 
409 aa  618  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  74.75 
 
 
411 aa  614  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  71.29 
 
 
409 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  66.74 
 
 
430 aa  580  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4390  peptidase M20  68.24 
 
 
413 aa  579  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1035  peptidase dimerisation domain protein  67.22 
 
 
424 aa  567  1e-161  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  67.45 
 
 
429 aa  570  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.32 
 
 
409 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.41 
 
 
419 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  52.29 
 
 
422 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.16 
 
 
419 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.16 
 
 
419 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  54.09 
 
 
414 aa  437  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0720  peptidase M20  52.97 
 
 
424 aa  423  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.611917  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3277  peptidase M20:peptidase dimerisation  52.32 
 
 
422 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.32 
 
 
422 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3470  peptidase M20  53.06 
 
 
424 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3143  peptidase M20  52.81 
 
 
424 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.138788  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3273  hypothetical protein  52.81 
 
 
424 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.12 
 
 
423 aa  387  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1106  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  72.93 
 
 
184 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802488  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.17 
 
 
398 aa  147  5e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.56 
 
 
395 aa  145  9e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.07 
 
 
442 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.03 
 
 
399 aa  139  8.999999999999999e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.26 
 
 
410 aa  138  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0847  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.14 
 
 
413 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.359888  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.24 
 
 
399 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.92 
 
 
435 aa  133  6e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.62 
 
 
424 aa  130  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  27.06 
 
 
393 aa  129  7.000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.65 
 
 
433 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4005  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.6 
 
 
400 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.360154  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26 
 
 
431 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.33 
 
 
423 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.39 
 
 
423 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.33 
 
 
439 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.38 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1036  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.01 
 
 
426 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.98683  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  28.16 
 
 
432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  28.57 
 
 
411 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3492  acetylornithine deacetylase  26.46 
 
 
432 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.152448  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  26.89 
 
 
422 aa  107  4e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.1 
 
 
433 aa  106  6e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  26.67 
 
 
446 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.43 
 
 
389 aa  105  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0411  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.25 
 
 
437 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.59 
 
 
387 aa  103  7e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  27.47 
 
 
379 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  27.81 
 
 
412 aa  101  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  29.27 
 
 
416 aa  100  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2664  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.65 
 
 
427 aa  99.8  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.18198 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  23.81 
 
 
423 aa  98.2  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  28.05 
 
 
389 aa  98.2  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0643  diaminopimelate aminotransferase  25.74 
 
 
415 aa  97.8  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.166626  hitchhiker  0.00154424 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.65 
 
 
433 aa  97.4  4e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0611  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.37 
 
 
389 aa  96.3  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261056  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3135  acetylornithine deacetylase  25.47 
 
 
432 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  25.49 
 
 
415 aa  96.3  8e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.5 
 
 
396 aa  95.9  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0954  peptidase dimerisation domain protein  25.28 
 
 
426 aa  95.9  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  26.93 
 
 
388 aa  94.7  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2475  acetylornithine deacetylase  26.52 
 
 
420 aa  94.4  4e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0713768  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2569  acetylornithine deacetylase  25.23 
 
 
432 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.999576  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  24.26 
 
 
380 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2278  acetylornithine deacetylase  25.06 
 
 
422 aa  94  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1265  hypothetical protein  25.93 
 
 
395 aa  93.6  5e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.729138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4029  acetylornithine deacetylase  25.48 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.885326  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3712  putative acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase and related deacylases  30.14 
 
 
433 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1635  peptidase M20  29.34 
 
 
400 aa  92  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.419911  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  25.99 
 
 
404 aa  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.75 
 
 
387 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  25.06 
 
 
422 aa  90.9  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  26.44 
 
 
406 aa  90.5  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.07 
 
 
403 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.29 
 
 
388 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2331  acetylornithine deacetylase  25.24 
 
 
422 aa  90.1  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.055832  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1275  diaminopimelate aminotransferase  24.83 
 
 
415 aa  90.1  7e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000199982  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.05 
 
 
404 aa  89.7  8e-17  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  24.92 
 
 
409 aa  89  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  27.8 
 
 
365 aa  89.4  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  27.24 
 
 
369 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71180  acetylornithine deacetylase  29.11 
 
 
384 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5417  acetylornithine deacetylase  25.21 
 
 
383 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.79 
 
 
400 aa  88.6  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2405  acetylornithine deacetylase  25 
 
 
422 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.741155  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.65 
 
 
400 aa  88.6  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1406  acetylornithine deacetylase  28.88 
 
 
427 aa  88.2  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.566514  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0744  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.84 
 
 
453 aa  88.6  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2769  peptidase M20  27.54 
 
 
399 aa  88.2  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.0329756 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2920  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.77 
 
 
429 aa  87.8  3e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  28.03 
 
 
376 aa  87.4  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4404  acetylornithine deacetylase  25.21 
 
 
383 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.268381 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  28.32 
 
 
364 aa  87.4  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.89 
 
 
395 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  23.81 
 
 
396 aa  87  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>