More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3273 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3273  hypothetical protein  100 
 
 
424 aa  843    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3277  peptidase M20:peptidase dimerisation  73.06 
 
 
422 aa  637    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3470  peptidase M20  90.33 
 
 
424 aa  776    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  74.76 
 
 
422 aa  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3143  peptidase M20  90.33 
 
 
424 aa  777    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.138788  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.95 
 
 
409 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.41 
 
 
419 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  57.62 
 
 
414 aa  451  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.91 
 
 
419 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.91 
 
 
419 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  57 
 
 
422 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  54.52 
 
 
409 aa  431  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.46 
 
 
409 aa  425  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  54.17 
 
 
411 aa  420  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4390  peptidase M20  53.66 
 
 
413 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.81 
 
 
407 aa  410  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  52.06 
 
 
411 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.32 
 
 
423 aa  408  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0720  peptidase M20  55 
 
 
424 aa  401  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.611917  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  49.53 
 
 
430 aa  392  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.64 
 
 
423 aa  393  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.72 
 
 
410 aa  394  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  49.88 
 
 
429 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1035  peptidase dimerisation domain protein  49.88 
 
 
424 aa  375  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1106  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.73 
 
 
184 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802488  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.55 
 
 
442 aa  139  7e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.92 
 
 
398 aa  139  1e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.6 
 
 
410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.52 
 
 
395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.53 
 
 
399 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.09 
 
 
399 aa  125  1e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.61 
 
 
423 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.61 
 
 
439 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.28 
 
 
423 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.25 
 
 
435 aa  119  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0847  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.54 
 
 
413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.359888  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.31 
 
 
431 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.35 
 
 
387 aa  111  3e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  29.75 
 
 
416 aa  108  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  29.85 
 
 
412 aa  107  6e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.29 
 
 
413 aa  105  2e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4005  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.02 
 
 
400 aa  104  4e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.360154  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  30.41 
 
 
389 aa  102  9e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  30.03 
 
 
411 aa  97.8  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.21 
 
 
433 aa  97.1  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.74 
 
 
389 aa  96.7  8e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  29.39 
 
 
392 aa  94.4  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  27.67 
 
 
404 aa  93.6  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0717  acetylornithine deacetylase  29.48 
 
 
388 aa  93.2  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.150361  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  30.93 
 
 
387 aa  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.1 
 
 
424 aa  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  31.33 
 
 
394 aa  92  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  32.19 
 
 
368 aa  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  28.49 
 
 
379 aa  90.9  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2527  acetylornithine deacetylase  28.25 
 
 
403 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  hitchhiker  0.00344998 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5672  acetylornithine deacetylase  30.12 
 
 
387 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16138  normal  0.344042 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3430  peptidase M20  30 
 
 
364 aa  90.1  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6421  acetylornithine deacetylase  30.03 
 
 
390 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.501182  normal  0.657059 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2386  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.91 
 
 
402 aa  90.5  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  26.58 
 
 
393 aa  89  1e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 
385 aa  89.4  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4976  acetylornithine deacetylase  27.04 
 
 
376 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0778383 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1641  acetylornithine deacetylase  31.27 
 
 
397 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.204001 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.53 
 
 
371 aa  88.6  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.4 
 
 
387 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4252  acetylornithine deacetylase  29.27 
 
 
383 aa  87.4  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167911  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0445  acetylornithine deacetylase  26.18 
 
 
390 aa  87.8  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6994  acetylornithine deacetylase  30 
 
 
387 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.277721  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1544  acetylornithine deacetylase  34.26 
 
 
374 aa  86.7  7e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88458  normal  0.449301 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7082  acetylornithine deacetylase  28.92 
 
 
387 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0793838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  29.82 
 
 
380 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1014  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.73 
 
 
393 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00488739 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0643  diaminopimelate aminotransferase  22.7 
 
 
415 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.166626  hitchhiker  0.00154424 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.09 
 
 
392 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2958  acetylornithine deacetylase  27.69 
 
 
386 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0155668  normal  0.435017 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.47 
 
 
400 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.76 
 
 
433 aa  84.3  0.000000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4061  acetylornithine deacetylase  28.92 
 
 
383 aa  84.7  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3695  acetylornithine deacetylase  29.49 
 
 
364 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0688  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.31 
 
 
365 aa  84  0.000000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.99 
 
 
403 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  28.7 
 
 
385 aa  83.6  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0954  peptidase dimerisation domain protein  29.91 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  21.56 
 
 
415 aa  83.6  0.000000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.48 
 
 
396 aa  83.6  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.47 
 
 
400 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2313  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.98 
 
 
389 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0897692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71180  acetylornithine deacetylase  28.48 
 
 
384 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3571  acetylornithine deacetylase  27.08 
 
 
391 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1823  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.52 
 
 
369 aa  81.3  0.00000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.248504  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  28.44 
 
 
382 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1576  acetylornithine deacetylase  29.28 
 
 
397 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.398543  normal  0.0213097 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0439  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.14 
 
 
391 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3712  putative acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase and related deacylases  32.77 
 
 
433 aa  81.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.43 
 
 
395 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.81 
 
 
365 aa  80.9  0.00000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.467708  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1147  acetylornithine deacetylase  27.6 
 
 
386 aa  80.9  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.299531  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  21.65 
 
 
423 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  26.63 
 
 
374 aa  80.5  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  31.46 
 
 
389 aa  80.5  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>