More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1933 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1933  diaminopimelate aminotransferase  100 
 
 
413 aa  845    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0550  diaminopimelate aminotransferase  52.99 
 
 
409 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000714346 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1333  diaminopimelate aminotransferase  52.23 
 
 
407 aa  426  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546409  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1810  diaminopimelate aminotransferase  50.49 
 
 
410 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  48.51 
 
 
406 aa  397  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  45.66 
 
 
411 aa  384  1e-105  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  46.44 
 
 
409 aa  382  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0234  diaminopimelate aminotransferase  39.9 
 
 
411 aa  346  5e-94  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00102405  normal  0.710692 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  38.27 
 
 
407 aa  309  5e-83  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  36.45 
 
 
407 aa  297  2e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0113  diaminopimelate aminotransferase  37.84 
 
 
413 aa  295  1e-78  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.239854  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.71 
 
 
404 aa  290  3e-77  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  39.49 
 
 
396 aa  282  8.000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  39.49 
 
 
421 aa  282  9e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  38.72 
 
 
396 aa  281  2e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0643  diaminopimelate aminotransferase  35.42 
 
 
415 aa  278  2e-73  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.166626  hitchhiker  0.00154424 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1275  diaminopimelate aminotransferase  35.42 
 
 
415 aa  273  6e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000199982  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  38.86 
 
 
411 aa  271  2e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  34.94 
 
 
415 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  33.33 
 
 
423 aa  268  2e-70  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  33.5 
 
 
415 aa  260  4e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.18 
 
 
398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 
395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.78 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3448  peptidase M20  27.93 
 
 
419 aa  105  1e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.94 
 
 
399 aa  104  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1819  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.38 
 
 
382 aa  100  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.578155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1496  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.38 
 
 
382 aa  100  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.85 
 
 
391 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.62 
 
 
377 aa  99.4  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.72 
 
 
385 aa  99  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.23 
 
 
433 aa  99.4  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.96 
 
 
387 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.13 
 
 
363 aa  97.1  5e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.37 
 
 
375 aa  96.7  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.66 
 
 
375 aa  95.9  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.11 
 
 
377 aa  95.1  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  29.19 
 
 
376 aa  94.4  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.46 
 
 
425 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26 
 
 
383 aa  94  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.6 
 
 
375 aa  93.6  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.29 
 
 
375 aa  93.6  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.07 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.25 
 
 
383 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.86 
 
 
382 aa  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1088  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.91 
 
 
383 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0935088  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.21 
 
 
376 aa  91.3  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.42 
 
 
382 aa  91.3  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0420  putative acetylornithine deacetylase  25.19 
 
 
382 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.879042  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1810  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.56 
 
 
406 aa  90.9  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.834903 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.91 
 
 
375 aa  90.5  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
375 aa  90.5  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.41 
 
 
375 aa  90.5  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  31.73 
 
 
392 aa  89.7  8e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.24 
 
 
401 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.44 
 
 
379 aa  89.4  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.95 
 
 
385 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2627  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.59 
 
 
375 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.59 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.59 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2716  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.59 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0930351 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.66 
 
 
381 aa  88.6  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.08 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.59 
 
 
375 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.14 
 
 
378 aa  88.2  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  27.6 
 
 
442 aa  87.8  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49380  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.06 
 
 
383 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.545113  normal  0.68412 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1331  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.04 
 
 
383 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0263045 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  28.12 
 
 
442 aa  87.4  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2375  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.77 
 
 
377 aa  87.4  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2044  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.14 
 
 
391 aa  87  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.2 
 
 
382 aa  86.7  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.63 
 
 
383 aa  87  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.25 
 
 
383 aa  86.7  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1814  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.18 
 
 
376 aa  86.7  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.93447  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.62 
 
 
386 aa  86.7  8e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0557  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.42 
 
 
386 aa  86.7  8e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.7 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.73 
 
 
375 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27 
 
 
397 aa  86.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  32.67 
 
 
421 aa  86.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.33 
 
 
366 aa  86.3  0.000000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4217  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.73 
 
 
383 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1991  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.1 
 
 
381 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  26.46 
 
 
409 aa  85.5  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1765  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.88 
 
 
377 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803337  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1862  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.68 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000241136 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0918  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.14 
 
 
377 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.55 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.5 
 
 
377 aa  84.7  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.34 
 
 
388 aa  84.7  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0990  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.62 
 
 
365 aa  84.3  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.64 
 
 
386 aa  84  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.62 
 
 
378 aa  84  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.7 
 
 
375 aa  84  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.52 
 
 
375 aa  83.6  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.32 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.32 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  23.32 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.32 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>