More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4048 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4048  HxlR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  474  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2092  HxlR family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 216 aa  274  7e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.821202  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3375  HxlR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 238 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0302921  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1172  transcriptional regulator, HxlR family  44.8 
 
 		 250 aa  191  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1805  HxlR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.843769  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1803  HxlR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0896859  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1784  HxlR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1850  HxlR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 223 aa  185  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.363073 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11742  hypothetical protein  35.29 
 
 		 236 aa  142  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000021692  normal  0.619113 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4912  helix-turn-helix, HxlR type  38.86 
 
 		 233 aa  122  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2081  transcriptional regulator, HxlR family  30.73 
 
 		 223 aa  92.8  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.325161  normal  0.421349 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1519  HxlR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4680  transcriptional regulator, HxlR family  37.27 
 
 		 130 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0170058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1947  transcriptional regulator, HxlR family  29.29 
 
 		 219 aa  89.7  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.450036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1282  transcriptional regulator, HxlR family  42.27 
 
 		 120 aa  86.3  4e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2744  transcriptional regulator, HxlR family  32.17 
 
 		 213 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00246809 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1091  HxlR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 121 aa  83.2  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000172182  normal  0.0223726 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0608  transcriptional regulator, HxlR family  43.75 
 
 		 113 aa  82.4  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2191  transcriptional regulator, HxlR family  38.78 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2856  transcriptional regulator, HxlR family  36.27 
 
 		 213 aa  81.6  0.000000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000163729  normal  0.0358536 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2008  transcriptional regulator, HxlR family  38.14 
 
 		 222 aa  81.6  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00463903  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5189  transcriptional regulator, HxlR family  36 
 
 		 165 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0906  HxlR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 116 aa  80.5  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.278894  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3457  putative transcriptional regulator  32.28 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00952714  hitchhiker  0.00869506 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4850  transcriptional regulator, HxlR family  38 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.856766 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2088  HxlR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203524  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3271  HxlR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 165 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0865033 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6216  HxlR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.350312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0947  putative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 140 aa  79  0.00000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135315  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0785  transcriptional regulator, HxlR family  37.76 
 
 		 107 aa  78.6  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0341  putative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1135  transcriptional regulator, HxlR family  34.04 
 
 		 111 aa  77.8  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0924  transcriptional regulator, HxlR family  34.35 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.787459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5397  transcriptional regulator, HxlR family  37.62 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236016  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3663  MarR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 118 aa  77  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.4155  decreased coverage  0.00589619 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1362  transcriptional regulator, HxlR family  30.61 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.941236 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6863  HxlR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0802  transcriptional regulator, HxlR family  33.67 
 
 		 106 aa  77  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0464121  normal  0.73342 
 
 
-
 
NC_003296  RS05500  hypothetical protein  41.49 
 
 		 162 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.927375  normal  0.775818 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0502  HxlR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.531787 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2705  HxlR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0945  MarR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17890  predicted transcriptional regulator  38 
 
 		 111 aa  75.9  0.0000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.382985 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5213  transcriptional regulator, HxlR family  34.69 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6277  transcriptional regulator, HxlR family  41.05 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1063  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 110 aa  75.5  0.0000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0576989  hitchhiker  0.000107529 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2190  putative transcriptional regulator  39 
 
 		 119 aa  75.1  0.0000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  decreased coverage  0.000426745  normal  0.636756 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0825  putative transcriptional regulator  37.37 
 
 		 121 aa  75.1  0.0000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.661456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0277  transcriptional regulator, HxlR family  37.5 
 
 		 149 aa  74.3  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2233  HxlR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 210 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3351  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 154 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.749409  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2581  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 154 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2751  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 		 131 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.992103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3884  putative transcriptional regulator  37.37 
 
 		 116 aa  74.7  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2048  transcriptional regulator, HxlR family  36.17 
 
 		 147 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154982 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1172  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 154 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1948  transcriptional regulator, HxlR family  37.62 
 
 		 124 aa  74.3  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3317  transcriptional regulatory protein  32.59 
 
 		 154 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2987  hypothetical protein  36.17 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.080358 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2395  transcriptional regulator, putative  32.59 
 
 		 178 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1750  HxlR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 175 aa  73.9  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000237098  decreased coverage  0.000000333009 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6614  transcriptional regulator, HxlR family  38.54 
 
 		 158 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.113914 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3362  transcriptional regulatory protein  32.59 
 
 		 268 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107485  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2549  HxlR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1698  putative transcriptional regulator  36.19 
 
 		 113 aa  73.9  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.171254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1227  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 119 aa  73.9  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.916879  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0626  helix-turn-helix HxlR type  36.36 
 
 		 212 aa  73.2  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5780  HxlR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 175 aa  73.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239726 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0311  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 244 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5238  HxlR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.599716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2378  transcriptional regulator, HxlR family  37.62 
 
 		 106 aa  72.8  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.415672  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0221  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 106 aa  73.2  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012384  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1756  transcriptional regulator, HxlR family  28.57 
 
 		 168 aa  72.8  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0278537  normal  0.0530387 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0916  transcriptional regulator, HxlR family  37.14 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.0039063  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  33 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0093  HxlR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 170 aa  72.4  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3356  transcriptional regulator, HxlR family  34.41 
 
 		 150 aa  72.4  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0369377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0247  HxlR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 129 aa  72.4  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.402556  normal  0.678764 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0933  transcriptional regulator, HxlR family  35.11 
 
 		 108 aa  72  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.973186 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1542  transcriptional regulator  31.07 
 
 		 110 aa  72  0.000000000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000282269  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1607  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 113 aa  72  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000104346  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1192  transcriptional regulator, HxlR family  38.71 
 
 		 149 aa  72  0.000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3585  transcriptional regulator, HxlR family  36.17 
 
 		 108 aa  71.6  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000738633  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4546  transcriptional regulator HxlR family  35.48 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.013645  normal  0.292561 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1032  HxlR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 227 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484903 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0202  transcriptional regulator, HxlR family  33.91 
 
 		 169 aa  71.2  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.537132 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3799  transcriptional regulator, HxlR family  35.79 
 
 		 143 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.466699  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0042  transcriptional regulator, HxlR family  39 
 
 		 132 aa  71.2  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1471  transcriptional regulator, HxlR family  34.74 
 
 		 108 aa  71.6  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2057  transcriptional regulator, HxlR family  39.39 
 
 		 113 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.776461  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1097  transcriptional regulator, HxlR family  35.79 
 
 		 134 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199182  normal  0.222478 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1942  transcriptional regulator, HxlR family  27.87 
 
 		 168 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4116  HxlR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 163 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.740581  normal  0.89012 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0559  transcriptional regulator, HxlR family  33 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.427048 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4443  transcriptional regulator, MarR family  39.13 
 
 		 112 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.937867  normal  0.431407 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1171  HxlR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 149 aa  70.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0527  HxlR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 116 aa  70.5  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.640649 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0633  HxlR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 114 aa  70.5  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.437406 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0235  hypothetical protein  32.08 
 
 		 172 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3332  hypothetical protein  34.91 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>