More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3884 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3884  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 116 aa  236  1e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2191  transcriptional regulator, HxlR family  61.17 
 
 		 135 aa  137  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0906  HxlR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 116 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.278894  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1282  transcriptional regulator, HxlR family  56.31 
 
 		 120 aa  130  6.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4243  transcriptional regulator, HxlR family  56.31 
 
 		 117 aa  113  8.999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.790353  normal  0.125727 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2088  HxlR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 143 aa  107  5e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203524  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2057  transcriptional regulator, HxlR family  46.46 
 
 		 113 aa  103  7e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.776461  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5302  hypothetical protein  43.43 
 
 		 104 aa  103  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4874  transcriptional regulator  43.43 
 
 		 107 aa  103  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4889  transcriptional regulator  43.43 
 
 		 107 aa  103  8e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5315  hypothetical protein  43.43 
 
 		 104 aa  103  8e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5428  hypothetical protein  43.43 
 
 		 104 aa  103  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5360  hypothetical protein  43.43 
 
 		 104 aa  103  8e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5284  hypothetical protein  43.43 
 
 		 104 aa  103  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000956827 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5044  hypothetical protein  43.43 
 
 		 107 aa  103  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5643  hypothetical protein  43.43 
 
 		 104 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00272116  hitchhiker  0.0000000000000412224 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3732  HxlR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 104 aa  102  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00142315  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4989  HxlR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 104 aa  101  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1948  transcriptional regulator, HxlR family  41.35 
 
 		 124 aa  99.8  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0154  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 105 aa  91.7  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3399  transcriptional regulator, MarR family  39.39 
 
 		 105 aa  91.3  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3098  MarR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 105 aa  90.1  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0758  transcriptional regulator, HxlR family  36.26 
 
 		 98 aa  80.1  0.000000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0368  HxlR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 125 aa  77  0.00000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.149183  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3354  hypothetical protein  38.04 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3133  hypothetical protein  38.04 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.441436  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3379  hypothetical protein  38.04 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3332  hypothetical protein  38.04 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3357  hypothetical protein  38.04 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3059  HxlR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2802  transcriptional regulator, HxlR family  37.35 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3120  transcriptional regulator  38.04 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.118143  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0952  HxlR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.473433  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3027  transcriptional regulator  38.82 
 
 		 126 aa  75.5  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.710275  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1899  hypothetical protein  38.04 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4048  HxlR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 230 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1166  HxlR family transcriptional regulator  38 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1661  HxlR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 114 aa  74.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000438417  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1607  transcriptional regulator, HxlR family  35.48 
 
 		 113 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000104346  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1471  transcriptional regulator, HxlR family  34.34 
 
 		 108 aa  74.3  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4102  transcriptional regulator, HxlR family  33.68 
 
 		 118 aa  73.9  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00149147 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2207  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 110 aa  73.6  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0386773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5989  transcriptional regulator, HxlR family  37.5 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2126  helix-turn-helix HxlR type  39.08 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.653298  normal  0.626696 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3271  HxlR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0865033 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0386  HxlR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 159 aa  73.2  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.26449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4220  HxlR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 116 aa  73.2  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4164  HxlR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596618  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3816  HxlR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 120 aa  72  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1541  putative transcriptional regulator  34.31 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000091847  normal  0.207791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1367  HxlR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4023  helix-turn-helix HxlR type  38.78 
 
 		 163 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.259288  normal  0.513403 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09328  hypothetical protein  34.04 
 
 		 103 aa  72  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0246  putative transcriptional regulator  37.63 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0208  hypothetical protein  41.49 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6381  HxlR family transcriptional regulator  40 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1135  transcriptional regulator, HxlR family  30.3 
 
 		 111 aa  71.2  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9284  transcriptional regulator (MarR family protein)  41.11 
 
 		 122 aa  70.9  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6638  transcriptional regulator, HxlR family  36.84 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4392  transcriptional regulator, HxlR family  37.63 
 
 		 163 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.201066 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0738  transcriptional regulator, HxlR family  35.23 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.342617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1227  putative transcriptional regulator  35.58 
 
 		 119 aa  70.9  0.000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.916879  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5072  transcriptional regulator, HxlR family  37.93 
 
 		 117 aa  70.9  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.550945 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1219  HxlR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 112 aa  70.5  0.000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000243781  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0287  transcriptional regulator, HxlR family  41.58 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0184  HxlR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2385  transcriptional regulator, HxlR family  35.92 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4817  HxlR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.139481 
 
 
-
 
NC_003296  RS05500  hypothetical protein  42.35 
 
 		 162 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.927375  normal  0.775818 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2255  transcriptional regulator, HxlR family  38.37 
 
 		 159 aa  70.1  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.395748  normal  0.27377 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0502  HxlR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 167 aa  70.1  0.000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.531787 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17890  predicted transcriptional regulator  38.04 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.382985 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5174  HxlR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.187988  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0608  transcriptional regulator, HxlR family  35.58 
 
 		 113 aa  70.1  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1262  transcriptional regulator, HxlR family  36.67 
 
 		 148 aa  69.7  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.84733 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0618  HxlR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 157 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00866972 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1242  hypothetical protein  35.71 
 
 		 159 aa  68.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2245  transcriptional regulator, HxlR family  34.44 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0013  HxlR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0785  transcriptional regulator, HxlR family  37.36 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1776  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1091  HxlR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000172182  normal  0.0223726 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1393  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 118 aa  69.3  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000189359  hitchhiker  8.40763e-24 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2650  transcriptional regulator, HxlR family  39.13 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116917  normal  0.771114 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0328  transcriptional regulator, HxlR family  41.98 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.122093  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2005  transcriptional regulator family protein  37.5 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1179  HxlR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1097  transcriptional regulator, HxlR family  36.14 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199182  normal  0.222478 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3895  HxlR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 120 aa  68.6  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000755308  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1437  transcriptional regulator family protein  37.5 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1292  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.109042  normal  0.938313 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0808  HxlR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2738  transcriptional regulator family protein  37.5 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.115101  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3126  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3163  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1870  transcriptional regulator family protein  37.5 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284748  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1947  transcriptional regulator, HxlR family  39.08 
 
 		 219 aa  68.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.450036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5429  transcriptional regulator, HxlR family  34.04 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>