More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2207 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2207  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 110 aa  217  5e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0386773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3534  transcriptional regulator, HxlR family  52.63 
 
 		 121 aa  100  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1948  transcriptional regulator, HxlR family  46.81 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3732  HxlR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00142315  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0758  transcriptional regulator, HxlR family  39.8 
 
 		 98 aa  89.4  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5643  hypothetical protein  41.67 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00272116  hitchhiker  0.0000000000000412224 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5302  hypothetical protein  41.67 
 
 		 104 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5044  hypothetical protein  42.55 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4874  transcriptional regulator  42.55 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5284  hypothetical protein  41.67 
 
 		 104 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000956827 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4889  transcriptional regulator  42.55 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5428  hypothetical protein  41.67 
 
 		 104 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5315  hypothetical protein  41.67 
 
 		 104 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4989  HxlR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 104 aa  85.5  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5360  hypothetical protein  41.67 
 
 		 104 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1282  transcriptional regulator, HxlR family  41.67 
 
 		 120 aa  80.1  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2191  transcriptional regulator, HxlR family  40.43 
 
 		 135 aa  78.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2057  transcriptional regulator, HxlR family  46.24 
 
 		 113 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.776461  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0446  transcriptional regulator  41.59 
 
 		 122 aa  76.3  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.560088  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2159  HxlR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 111 aa  75.1  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2197  hypothetical protein  38.38 
 
 		 111 aa  75.1  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0446  transcriptional regulator, HxlR family  37.29 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0906  HxlR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.278894  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2650  transcriptional regulator, HxlR family  41.24 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116917  normal  0.771114 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3884  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 116 aa  73.6  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3472  transcriptional regulator  39.36 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.157036 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1393  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 118 aa  71.6  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000189359  hitchhiker  8.40763e-24 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4164  HxlR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 122 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596618  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4243  transcriptional regulator, HxlR family  44.55 
 
 		 117 aa  71.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.790353  normal  0.125727 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2088  HxlR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.203524  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06336  hypothetical protein  34.74 
 
 		 122 aa  70.9  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4392  transcriptional regulator, HxlR family  39.13 
 
 		 163 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.201066 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02523  hypothetical transcriptional regulator  37.21 
 
 		 119 aa  70.5  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.479975  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5072  transcriptional regulator, HxlR family  37.76 
 
 		 117 aa  70.1  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.550945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4023  helix-turn-helix HxlR type  39.13 
 
 		 163 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.259288  normal  0.513403 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2243  putative transcriptional regulator  38.14 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.58782  normal  0.248871 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0946  HxlR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 117 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.26449  normal  0.613112 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2692  transcriptional regulator, HxlR family  39.18 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.260296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1997  transcriptional regulator, HxlR family  37.11 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2054  transcriptional regulator, HxlR family  33.68 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2311  transcriptional regulator, HxlR family  37.11 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.255383  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1063  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 110 aa  68.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0576989  hitchhiker  0.000107529 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1242  hypothetical protein  37.5 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  36.36 
 
 		 118 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2036  helix-turn-helix HxlR type  37.11 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 120 aa  68.6  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1519  HxlR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 218 aa  67.8  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2977  transcriptional regulator, HxlR family  37.78 
 
 		 170 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.369685  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5823  transcriptional regulator, HxlR family  41.18 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0742243  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3098  MarR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 105 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3391  transcriptional regulator, HxlR family  34.78 
 
 		 125 aa  67  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1776  putative transcriptional regulator  35.42 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0208  hypothetical protein  40.45 
 
 		 144 aa  67  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2385  transcriptional regulator, HxlR family  37.76 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0926  HxlR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2488  transcriptional regulator, HxlR family  39.18 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1135  transcriptional regulator, HxlR family  38.64 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0368  HxlR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 125 aa  65.9  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.149183  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3142  helix-turn-helix, HxlR type  38.37 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.933421  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0207  HxlR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 123 aa  65.9  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3816  HxlR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 120 aa  66.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0862  transcriptional regulator, HxlR family  37.25 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.273669  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3785  transcriptional regulator, HxlR family  36.54 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.139955  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4706  transcriptional regulator, HxlR family  35.05 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222658  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3332  hypothetical protein  35.63 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3059  HxlR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2195  transcriptional regulator, HxlR family  35.35 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1489  transcriptional regulator, HxlR family  35.23 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5039  putative transcriptional regulatory protein  35.48 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1219  HxlR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000243781  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3133  hypothetical protein  35.63 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.441436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3120  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.118143  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6661  transcriptional regulator, HxlR family  35.05 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.762172 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3027  transcriptional regulator  35.63 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.710275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3379  hypothetical protein  35.63 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3399  transcriptional regulator, MarR family  38.24 
 
 		 105 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3339  HxlR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 103 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3357  hypothetical protein  35.63 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2289  hypothetical protein  32.26 
 
 		 112 aa  64.7  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.373425 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1899  hypothetical protein  35.63 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5177  HxlR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6178  transcriptional regulator, HxlR family  34.41 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0462511 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3354  hypothetical protein  35.63 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5131  transcriptional regulator, HxlR family  32.98 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0956366  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0252  transcriptional regulator, HxlR family  31.25 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5208  hypothetical protein  32.98 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4895  HxlR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 115 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0154  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2619  putative transcriptional regulator  37.78 
 
 		 164 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.329844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7246  transcriptional regulator, HxlR family  31.91 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00534813  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3435  hypothetical protein  32.98 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0036  hypothetical protein  32.98 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000638982 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0738  transcriptional regulator, HxlR family  37.21 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.342617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0615  transcriptional regulator protein-like protein  39.58 
 
 		 168 aa  63.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0184  HxlR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 144 aa  63.9  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5212  hypothetical protein  32.98 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3110  MarR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3423  transcriptional regulator, HxlR family  34.88 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2915  transcriptional regulator, HxlR family  43.33 
 
 		 146 aa  63.5  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>