More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3142 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3142  helix-turn-helix, HxlR type  100 
 
 		 115 aa  237  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.933421  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2499  transcriptional regulator, HxlR family  37.23 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0968705  normal  0.226529 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3157  helix-turn-helix, HxlR type  36.96 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.38389  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4895  HxlR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 115 aa  73.6  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5212  hypothetical protein  40.66 
 
 		 114 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1349  transcriptional regulator, HxlR family  36.84 
 
 		 128 aa  72.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.124535 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5208  hypothetical protein  39.56 
 
 		 114 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0036  hypothetical protein  39.56 
 
 		 114 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000638982 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3203  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.135519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3457  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3110  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 114 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3435  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1541  putative transcriptional regulator  32.29 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000091847  normal  0.207791 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0633  HxlR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.437406 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1834  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.118626  normal  0.386956 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2973  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 116 aa  70.5  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.116721  normal  0.457372 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0933  transcriptional regulator, HxlR family  38.46 
 
 		 108 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.973186 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4933  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4774  transciprtional regulator  38.46 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1471  transcriptional regulator, HxlR family  36.17 
 
 		 108 aa  69.3  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4794  transciprtional regulator  38.46 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5176  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0230101 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5311  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5225  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3418  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3208  hypothetical protein  35.87 
 
 		 108 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5548  transcriptional regulator, HxlR family  37.89 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3186  MarR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 108 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1377  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3461  hypothetical protein  35.87 
 
 		 108 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.692347  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2087  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2289  hypothetical protein  37.5 
 
 		 112 aa  69.3  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.373425 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3847  helix-turn-helix HxlR type  35.11 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.803353  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3115  MarR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 114 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.451528  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0373  putative transcriptional regulator  36.96 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0376009  normal  0.449269 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0207  HxlR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5039  putative transcriptional regulatory protein  34.41 
 
 		 125 aa  67.8  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3638  transcriptional regulator, HxlR family  33.7 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.386135  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl051  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6863  HxlR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 230 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3957  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0948  transcriptional regulator, HxlR family  35.16 
 
 		 151 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3209  hypothetical protein  36.96 
 
 		 113 aa  67  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3462  hypothetical protein  36.96 
 
 		 113 aa  67  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.457433  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3440  hypothetical protein  36.96 
 
 		 113 aa  67  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1489  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 130 aa  67  0.00000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  34.78 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  36.26 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4399  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4217  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4437  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000169623  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3187  MarR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4451  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232165  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4055  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396916  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3750  transcriptional regulator, HxlR family  36.84 
 
 		 123 aa  65.9  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4065  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.966493  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4340  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.43956e-24 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0799  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000413922  hitchhiker  1.6907100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2294  MarR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 111 aa  65.9  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.107881  normal  0.103763 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1091  HxlR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000172182  normal  0.0223726 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1097  transcriptional regulator, HxlR family  34.07 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199182  normal  0.222478 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4543  hypothetical protein  35.48 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.719807  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2207  putative transcriptional regulator  38.37 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0386773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3427  hypothetical protein  33.7 
 
 		 108 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2737  transcriptional regulator, HxlR family  36.56 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3428  hypothetical protein  35.87 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0720  cinnamoyl ester hydrolase  34.41 
 
 		 110 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6216  HxlR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.350312 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0163  HxlR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379253  hitchhiker  0.00857335 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0785  transcriptional regulator, HxlR family  32.67 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2245  transcriptional regulator, HxlR family  36.17 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3293  putative transcriptional regulator  32.38 
 
 		 119 aa  65.1  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0763403 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0738  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.254703  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2476  HxlR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1483  HxlR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 118 aa  64.7  0.0000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0653  HxlR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 133 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.174756 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1522  hypothetical protein  35.79 
 
 		 126 aa  64.7  0.0000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.181711  normal  0.471635 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0252  transcriptional regulator, HxlR family  30.21 
 
 		 118 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3439  hypothetical protein  32.61 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2865  HxlR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.17139 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3534  transcriptional regulator, HxlR family  36.36 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2549  HxlR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 233 aa  63.9  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2241  HxlR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.306938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0160  HxlR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.159433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6229  HxlR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.25386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6398  HxlR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0998  HxlR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 106 aa  63.9  0.0000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396575 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6631  HxlR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.932723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4169  HxlR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000193508  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1876  HxlR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3895  HxlR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000755308  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0015  transcriptional regulator, HxlR family  35.56 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0221  transcriptional regulator, HxlR family  34.74 
 
 		 106 aa  63.2  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000012384  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3069  transcriptional regulator, HxlR family  33.65 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0845928  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0703  transcriptional regulator, HxlR family  36.96 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.383651  normal  0.144185 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3663  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 118 aa  63.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.4155  decreased coverage  0.00589619 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4104  transcriptional regulator, HxlR family  33.33 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.533713  normal  0.821475 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2498  transcriptional regulator, HxlR family  31.18 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.288645  normal  0.230833 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3059  HxlR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>