More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0882 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  100 
 
 		 118 aa  244  4e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  77.39 
 
 		 118 aa  189  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06336  hypothetical protein  64.66 
 
 		 122 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02523  hypothetical transcriptional regulator  64.66 
 
 		 119 aa  171  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.479975  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0207  HxlR family transcriptional regulator  58.77 
 
 		 123 aa  159  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4975  HxlR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 112 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5063  HxlR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 112 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5356  HxlR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 112 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1564  HxlR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 119 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0663317  normal  0.0831873 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0703  transcriptional regulator, HxlR family  46.32 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.383651  normal  0.144185 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0013  HxlR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 126 aa  93.6  8e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01970  transcriptional regulator  47.87 
 
 		 140 aa  92.8  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0178  hypothetical protein  39.64 
 
 		 114 aa  92  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0808  HxlR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 159 aa  92  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 120 aa  91.7  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1684  transcriptional regulator, HxlR family  44.09 
 
 		 119 aa  90.9  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2974  transcriptional regulator, HxlR family  45.26 
 
 		 160 aa  91.3  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.607542 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1702  transcriptional regulator, HxlR family  44.09 
 
 		 115 aa  90.9  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.371682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1377  MarR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 122 aa  89.7  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1541  putative transcriptional regulator  40.62 
 
 		 121 aa  89.7  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000091847  normal  0.207791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3638  transcriptional regulator, HxlR family  40.4 
 
 		 129 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.386135  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3895  HxlR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 120 aa  88.6  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000755308  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1081  HxlR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 125 aa  88.2  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.124143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1489  transcriptional regulator, HxlR family  39.36 
 
 		 130 aa  87.8  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1097  transcriptional regulator, HxlR family  42.11 
 
 		 134 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199182  normal  0.222478 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1109  HxlR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 116 aa  88.2  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.116925  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2245  transcriptional regulator, HxlR family  40 
 
 		 128 aa  86.3  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0933  transcriptional regulator, HxlR family  40.43 
 
 		 108 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.973186 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0948  transcriptional regulator, HxlR family  41.67 
 
 		 151 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0015  transcriptional regulator, HxlR family  43.01 
 
 		 107 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9284  transcriptional regulator (MarR family protein)  41.18 
 
 		 122 aa  84.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3059  HxlR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4746  HxlR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 116 aa  84.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3163  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 144 aa  84.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2005  transcriptional regulator family protein  40.43 
 
 		 144 aa  84.3  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3332  hypothetical protein  41.76 
 
 		 126 aa  84.3  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2738  transcriptional regulator family protein  40.43 
 
 		 144 aa  84.3  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.115101  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3126  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 144 aa  84.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1870  transcriptional regulator family protein  40.43 
 
 		 144 aa  84.3  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284748  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2474  transcriptional regulator, HxlR family  39.36 
 
 		 115 aa  84.3  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3179  transcriptional regulator family protein  40.43 
 
 		 206 aa  84  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0560718  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2802  transcriptional regulator, HxlR family  36.36 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0905  transcriptional regulator family protein  40.43 
 
 		 220 aa  84  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3133  hypothetical protein  41.76 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.441436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3120  transcriptional regulator  41.76 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.118143  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3354  hypothetical protein  41.76 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3379  hypothetical protein  41.76 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5039  putative transcriptional regulatory protein  38.3 
 
 		 125 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3357  hypothetical protein  41.76 
 
 		 129 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3027  transcriptional regulator  41.76 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.710275  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2498  transcriptional regulator, HxlR family  39.42 
 
 		 114 aa  83.2  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.288645  normal  0.230833 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0373  putative transcriptional regulator  40.21 
 
 		 123 aa  83.2  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0376009  normal  0.449269 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1437  transcriptional regulator family protein  40.43 
 
 		 141 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1899  hypothetical protein  41.76 
 
 		 126 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6381  HxlR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 139 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1088  MarR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 116 aa  81.6  0.000000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4399  hypothetical protein  40.78 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4217  hypothetical protein  40.78 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4055  transcriptional regulator  40.78 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396916  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4065  transcriptional regulator  40.78 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.966493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  39.42 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4543  hypothetical protein  40.78 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.719807  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4451  hypothetical protein  40.78 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232165  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2255  transcriptional regulator, HxlR family  37.76 
 
 		 159 aa  81.3  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.395748  normal  0.27377 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4340  hypothetical protein  40.78 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.43956e-24 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2595  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7246  transcriptional regulator, HxlR family  46.59 
 
 		 116 aa  80.9  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00534813  normal  0.675501 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2224  transcriptional regulator, HxlR family  39.18 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.647927  normal  0.782754 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0799  hypothetical protein  40.78 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000413922  hitchhiker  1.6907100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4437  hypothetical protein  40.78 
 
 		 124 aa  80.1  0.000000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000169623  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 121 aa  80.1  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3069  transcriptional regulator, HxlR family  37.63 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0845928  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9338  transcriptional regulator, HxlR family  35.19 
 
 		 132 aa  79.7  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3044  HxlR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000040463  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0952  HxlR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 117 aa  79.7  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.473433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3157  helix-turn-helix, HxlR type  35.35 
 
 		 130 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.38389  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2370  putative transcriptional regulator  40.43 
 
 		 121 aa  79.3  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.132848  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1617  transcriptional regulator, HxlR family  39.36 
 
 		 117 aa  79  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.19292 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1918  HxlR family transcriptional regulator  38 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53463  hitchhiker  0.00000467082 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1352  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 155 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000297864  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1097  transcriptional regulator, HxlR family  38.54 
 
 		 112 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3418  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3513  HxlR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000897234  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1971  HxlR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1292  transcriptional regulator, HxlR family  36.56 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.109042  normal  0.938313 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5072  transcriptional regulator, HxlR family  36.84 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.550945 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3115  MarR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 114 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.451528  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4169  HxlR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000193508  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2765  transcriptional regulator, HxlR family  40.22 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340614  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5212  hypothetical protein  40.86 
 
 		 114 aa  77.4  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1063  transcriptional regulator  37.89 
 
 		 110 aa  77.4  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0576989  hitchhiker  0.000107529 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3203  hypothetical protein  39.78 
 
 		 114 aa  77  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.135519  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3457  hypothetical protein  39.78 
 
 		 114 aa  77  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0456  transcriptional regulator, HxlR family  38.95 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.208849  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3440  hypothetical protein  38.71 
 
 		 113 aa  77  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3209  hypothetical protein  38.71 
 
 		 113 aa  77  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3462  hypothetical protein  38.71 
 
 		 113 aa  77  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.457433  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3564  HxlR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 140 aa  77  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3110  MarR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 114 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3102  MarR family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 111 aa  76.6  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.356681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>