More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2243 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2243  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 150 aa  306  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.58782  normal  0.248871 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2036  helix-turn-helix HxlR type  71.88 
 
 		 135 aa  183  7e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2311  transcriptional regulator, HxlR family  71.88 
 
 		 135 aa  183  8e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.255383  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1997  transcriptional regulator, HxlR family  71.09 
 
 		 135 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1242  hypothetical protein  57.43 
 
 		 159 aa  171  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0446  transcriptional regulator, HxlR family  68.42 
 
 		 135 aa  166  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2385  transcriptional regulator, HxlR family  65 
 
 		 135 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2650  transcriptional regulator, HxlR family  64.04 
 
 		 130 aa  158  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116917  normal  0.771114 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6638  transcriptional regulator, HxlR family  62.18 
 
 		 134 aa  153  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1367  HxlR family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 126 aa  148  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269622 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0246  putative transcriptional regulator  57.14 
 
 		 160 aa  147  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3025  HxlR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 131 aa  144  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.29638  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4705  transcriptional regulator, HxlR family  53.47 
 
 		 148 aa  142  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4164  HxlR family transcriptional regulator  62.04 
 
 		 122 aa  141  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596618  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1776  putative transcriptional regulator  54.31 
 
 		 134 aa  140  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3815  transcriptional regulator, HxlR family  53.51 
 
 		 125 aa  134  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6661  transcriptional regulator, HxlR family  56.78 
 
 		 131 aa  134  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.762172 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2281  HxlR family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 124 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0615  transcriptional regulator protein-like protein  53.49 
 
 		 168 aa  133  8e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2138  hypothetical protein  55.74 
 
 		 125 aa  131  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.30336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3743  transcriptional regulator, HxlR family  54.07 
 
 		 151 aa  131  3.9999999999999996e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.680438  normal  0.0400276 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2124  HxlR family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 136 aa  130  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235971  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8738  putative transcriptional regulator  52.34 
 
 		 137 aa  129  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4845  HxlR family transcriptional regulator  59.81 
 
 		 108 aa  127  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.686423  normal  0.136114 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3552  HxlR family transcriptional regulator  66.36 
 
 		 125 aa  127  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.640344 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  60.91 
 
 		 180 aa  126  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_003296  RS05353  hypothetical protein  58.59 
 
 		 137 aa  124  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.387591  normal  0.848219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1615  putative transcriptional regulatory protein  49.61 
 
 		 144 aa  124  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0735023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6779  transcriptional regulator, HxlR family  59.62 
 
 		 132 aa  123  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0324  transcriptional regulator protein-like protein  55.37 
 
 		 272 aa  123  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2400  HxlR family transcriptional regulator  52 
 
 		 137 aa  121  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.956461  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1179  HxlR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 137 aa  120  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0287  transcriptional regulator, HxlR family  51.89 
 
 		 129 aa  120  4e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2005  putative transcriptional regulator  47.97 
 
 		 134 aa  121  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.684543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4817  HxlR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 133 aa  120  6e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.139481 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0639  transcriptional regulator, HxlR family  54.05 
 
 		 124 aa  120  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.601638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2749  HxlR family transcriptional regulator  53.51 
 
 		 126 aa  120  8e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.556736 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2977  transcriptional regulator, HxlR family  54.13 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.369685  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3513  HxlR family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 125 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000897234  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2195  transcriptional regulator, HxlR family  50.93 
 
 		 136 aa  116  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9338  transcriptional regulator, HxlR family  50.49 
 
 		 132 aa  116  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3327  transcriptional regulator, HxlR family  49.56 
 
 		 126 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000038683 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3423  transcriptional regulator, HxlR family  48.51 
 
 		 127 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7868  HxlR family transcriptional regulator  51.89 
 
 		 121 aa  115  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4151  HxlR family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2667  transcriptional regulator, HxlR family  45.53 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.196875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  48.62 
 
 		 124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0523  HxlR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 135 aa  115  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2619  putative transcriptional regulator  52.88 
 
 		 164 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.329844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2311  transcriptional regulator, HxlR family  49.54 
 
 		 124 aa  114  6e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.272645  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4262  transcriptional regulator, HxlR family  48.51 
 
 		 144 aa  114  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388354  normal  0.116604 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0324  transcriptional regulator, HxlR family  52.38 
 
 		 130 aa  112  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.948926  normal  0.0884753 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4732  transcriptional regulator, HxlR family  55.45 
 
 		 128 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2523  transcriptional regulator  51.38 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0163  HxlR family transcriptional regulator  54.81 
 
 		 144 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379253  hitchhiker  0.00857335 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4023  helix-turn-helix HxlR type  45.93 
 
 		 163 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.259288  normal  0.513403 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2439  HxlR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 130 aa  111  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.520251  normal  0.274126 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4040  HxlR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 137 aa  111  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.232895  normal  0.0486648 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6178  transcriptional regulator, HxlR family  47.5 
 
 		 135 aa  111  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0462511 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3206  transcriptional regulator, HxlR family  44.7 
 
 		 139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4392  transcriptional regulator, HxlR family  53.85 
 
 		 163 aa  110  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.201066 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2295  transcriptional regulator, HxlR family  44.44 
 
 		 134 aa  110  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4233  transcriptional regulator, HxlR family  50 
 
 		 128 aa  110  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1015  HxlR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 144 aa  110  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0428333  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2765  transcriptional regulator, HxlR family  49.07 
 
 		 138 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340614  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0208  hypothetical protein  50 
 
 		 144 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1490  HxlR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2792  hypothetical protein  50.45 
 
 		 136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2865  HxlR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 146 aa  108  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.17139 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5429  transcriptional regulator, HxlR family  44.86 
 
 		 149 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2510  transcriptional regulator, HxlR family  49.04 
 
 		 138 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0184  HxlR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 144 aa  108  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4646  transcriptional regulator, HxlR family  52.73 
 
 		 136 aa  108  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.103859  normal  0.28367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2994  helix-turn-helix, HxlR type  48.51 
 
 		 130 aa  108  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5256  HxlR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 135 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.86161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1430  transcriptional regulatory protein  47.17 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240046  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0278  putative transcriptional regulator  52.88 
 
 		 128 aa  107  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.640242  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2255  HxlR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 156 aa  107  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.018064 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0042  transcriptional regulator, HxlR family  48.04 
 
 		 132 aa  106  9.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3681  transcriptional regulator, HxlR family  48.48 
 
 		 101 aa  106  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0264  HxlR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 121 aa  105  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3135  PadR family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 148 aa  106  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5823  transcriptional regulator, HxlR family  48.62 
 
 		 155 aa  105  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0742243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1731  putative transcriptional regulator  49.52 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2871  HxlR family transcriptional regulator  53.21 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.30961 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0897  PadR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4468  HxlR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.16004 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2016  transcriptional regulator, putative  48.08 
 
 		 171 aa  104  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2730  PadR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 154 aa  105  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.42105  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3189  transcriptional regulator, putative  47.12 
 
 		 146 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0929776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3172  PadR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 174 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.767015  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1879  PadR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 174 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4706  transcriptional regulator, HxlR family  42.61 
 
 		 143 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0222658  normal  0.87312 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3391  transcriptional regulator, HxlR family  39.17 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0618  HxlR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 157 aa  102  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00866972 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4243  transcriptional regulator, HxlR family  48.98 
 
 		 122 aa  102  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.216775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03748  transcriptional regulatory protein  50 
 
 		 120 aa  102  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0476  hypothetical protein  42.15 
 
 		 126 aa  101  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1800  putative transcriptional regulator  46.43 
 
 		 128 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>