More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0825 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0825  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 121 aa  234  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.661456  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0510  HxlR family transcriptional regulator  55.66 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.356767  normal  0.463662 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0277  transcriptional regulator, HxlR family  56.6 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2274  transcriptional regulator, HxlR family  58.76 
 
 		 161 aa  110  8.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0945  transcriptional regulator, HxlR family  51.4 
 
 		 160 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4116  HxlR family transcriptional regulator  47.11 
 
 		 163 aa  106  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.740581  normal  0.89012 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3620  hypothetical protein  56.12 
 
 		 151 aa  103  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9299  transcriptional regulator, HxlR family  53.61 
 
 		 176 aa  103  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05500  hypothetical protein  50 
 
 		 162 aa  101  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.927375  normal  0.775818 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2559  HxlR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 150 aa  101  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.322435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5484  HxlR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 148 aa  100  5e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.199529  normal  0.962234 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3799  transcriptional regulator, HxlR family  52.83 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.466699  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7474  transcriptional regulator, HxlR family  50 
 
 		 161 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3356  transcriptional regulator, HxlR family  46.6 
 
 		 150 aa  98.6  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0369377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0274  helix-turn-helix HxlR type  43.86 
 
 		 157 aa  98.6  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.117164  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3847  transcriptional regulator, HxlR family  47.62 
 
 		 183 aa  97.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00000228408  normal  0.91917 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3961  transcriptional regulator, HxlR family  47.62 
 
 		 183 aa  97.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00918513  normal  0.0163124 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1125  HxlR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 152 aa  97.8  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1362  transcriptional regulator, HxlR family  46.67 
 
 		 147 aa  97.1  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.941236 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5152  hypothetical protein  46 
 
 		 188 aa  96.3  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0727486 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6089  transcriptional regulator, HxlR family  46.02 
 
 		 166 aa  96.3  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.289609  normal  0.074311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5249  HxlR family transcriptional regulator  54 
 
 		 193 aa  95.5  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.222556 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29060  putative transcriptional regulator  47.12 
 
 		 159 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757508 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3459  HxlR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 171 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.892877  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05541  hypothetical protein  46.94 
 
 		 183 aa  94.7  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2008  HxlR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0191  hypothetical protein  44.14 
 
 		 157 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1456  HxlR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 163 aa  92.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5646  transcriptional regulator, HxlR family  45.63 
 
 		 150 aa  92  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5397  transcriptional regulator, HxlR family  47.62 
 
 		 290 aa  91.7  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236016  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1756  transcriptional regulator, HxlR family  41.9 
 
 		 168 aa  91.3  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0278537  normal  0.0530387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5358  HxlR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 149 aa  90.9  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.262931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1705  HxlR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 151 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.188741  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01410  hypothetical protein  44.14 
 
 		 157 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3317  transcriptional regulatory protein  47.87 
 
 		 154 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2581  putative transcriptional regulator  47.87 
 
 		 154 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2395  transcriptional regulator, putative  47.87 
 
 		 178 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1172  putative transcriptional regulator  47.87 
 
 		 154 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3351  putative transcriptional regulator  47.87 
 
 		 154 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.749409  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5189  transcriptional regulator, HxlR family  44.23 
 
 		 165 aa  90.5  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3362  transcriptional regulatory protein  47.87 
 
 		 268 aa  90.1  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.107485  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4724  HxlR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 162 aa  90.1  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2459  transcriptional regulator, HxlR family  46.3 
 
 		 209 aa  90.1  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2035  HxlR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 154 aa  89.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.358691 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0206  transcriptional regulator, HxlR family  46.6 
 
 		 153 aa  89.7  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1663  transcriptional regulator, HxlR family  53 
 
 		 280 aa  89.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0311  putative transcriptional regulator  47.87 
 
 		 244 aa  89.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1192  transcriptional regulator, HxlR family  46.53 
 
 		 149 aa  90.1  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3652  HxlR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.229501  hitchhiker  9.17925e-19 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0235  hypothetical protein  42.59 
 
 		 172 aa  88.6  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4858  hypothetical protein  42.99 
 
 		 165 aa  89  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4153  transcriptional regulator, HxlR family  44.86 
 
 		 160 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2318  HxlR family transcriptional regulator  44 
 
 		 158 aa  89.4  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.594125  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2357  HxlR family transcriptional regulator  44 
 
 		 158 aa  89.4  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.874796 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2365  HxlR family transcriptional regulator  44 
 
 		 158 aa  89.4  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00413134  normal  0.867311 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3584  HxlR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 149 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.645738  normal  0.125361 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1502  HxlR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 160 aa  88.2  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2760  transcriptional regulator, HxlR family  43.3 
 
 		 168 aa  88.6  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000627135 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1106  HxlR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 162 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0705  helix-turn-helix HxlR type  47.47 
 
 		 150 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.708221 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1482  HxlR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 160 aa  88.2  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1586  HxlR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 162 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1563  HxlR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 162 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1043  transcriptional regulator, HxlR family  39.64 
 
 		 159 aa  88.2  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.247378  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5780  HxlR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 175 aa  87.8  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00239726 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0947  putative transcriptional regulator  40.54 
 
 		 140 aa  87.8  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135315  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0718  transcriptional regulator, HxlR family  48.45 
 
 		 166 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.360073  normal  0.543743 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2492  transcriptional regulator family protein  45.19 
 
 		 212 aa  87.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4546  transcriptional regulator HxlR family  43.24 
 
 		 193 aa  87.4  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.013645  normal  0.292561 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3692  transcriptional regulator protein-like protein  41 
 
 		 153 aa  87.4  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.880761  normal  0.226755 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3059  HxlR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 169 aa  87.4  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3271  HxlR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 165 aa  87  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0865033 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1847  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1834  transcriptional regulator family  44.23 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1709  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.285108  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0366  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1224  transcriptional regulator, putative  44.23 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0237  hypothetical protein  44.44 
 
 		 177 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2001  transcriptional regulatory protein  44.23 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13112  transcriptional regulator  42.73 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0795  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 158 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.1795  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0356  transcriptional regulator, HxlR family  42.71 
 
 		 148 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1942  transcriptional regulator, HxlR family  40 
 
 		 168 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3736  HxlR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 135 aa  85.1  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.406945  normal  0.0303641 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1750  HxlR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 175 aa  85.1  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000237098  decreased coverage  0.000000333009 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5830  transcriptional regulator, HxlR family  46.49 
 
 		 157 aa  85.1  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.882697  normal  0.915848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0537  HxlR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 147 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3734  HxlR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 156 aa  84.3  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.847135  normal  0.540856 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0959  putative transcriptional regulator  40.8 
 
 		 168 aa  84.3  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4816  putative transcriptional regulator  41.24 
 
 		 165 aa  84.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348008  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0555  HxlR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 147 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.938313  normal  0.153039 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0502  HxlR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 167 aa  84  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.531787 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5557  HxlR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 156 aa  84  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.689933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0413  transcriptional regulator, HxlR family  41.67 
 
 		 148 aa  83.6  8e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.111874  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3831  HxlR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 172 aa  83.6  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.312681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3693  HxlR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 172 aa  83.6  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.031643  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5216  transcriptional regulator, HxlR family  40.95 
 
 		 152 aa  83.6  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0547  HxlR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 147 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660753  normal  0.959277 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2618  HxlR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.863604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1651  HxlR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.735344  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>