More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3915 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 315 aa  625  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  52.46 
 
 		 306 aa  275  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  50 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  52.26 
 
 		 308 aa  263  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  52.26 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  51.25 
 
 		 294 aa  259  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  44.21 
 
 		 303 aa  255  8e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  52.26 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  51.23 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  46.34 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  45.96 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  44.21 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  44.21 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  46.88 
 
 		 316 aa  242  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.38 
 
 		 316 aa  241  1e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  43.49 
 
 		 305 aa  239  5e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  43.33 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  45.3 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  42.12 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  44.44 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  44.95 
 
 		 305 aa  232  5e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  42.03 
 
 		 300 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  44.6 
 
 		 304 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  44.79 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  43.55 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  42.16 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  41.36 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  43.05 
 
 		 304 aa  225  6e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  42 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  41.84 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  40.68 
 
 		 300 aa  221  8e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  40 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  42.4 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  42.71 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  43.06 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  38.44 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  43.84 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  38.14 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  43.06 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  39.66 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  37.93 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  38.82 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  41.22 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  38.19 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  39.04 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  42.62 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  40.75 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  40.75 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  41.02 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  40.41 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  38.67 
 
 		 300 aa  213  4.9999999999999996e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  43 
 
 		 318 aa  212  7.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  40.94 
 
 		 324 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  40.75 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  37.95 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  45.08 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  37.21 
 
 		 305 aa  208  7e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  37.02 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  42.16 
 
 		 300 aa  206  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  40.99 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  39.71 
 
 		 299 aa  205  8e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  49.3 
 
 		 224 aa  205  9e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  40.66 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  43.36 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  38.44 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  41.09 
 
 		 297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  43.66 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  37.99 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  42.32 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  40.36 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  40.48 
 
 		 337 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  41.38 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  43.88 
 
 		 299 aa  193  4e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  38.46 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  38.16 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  39.08 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  37.5 
 
 		 350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  34.74 
 
 		 357 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  43.93 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  39.35 
 
 		 333 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  41.31 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  35.25 
 
 		 294 aa  146  5e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  35.94 
 
 		 393 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  34.19 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0109  histone deacetylase superfamily  33.46 
 
 		 334 aa  106  4e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.39401 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1239  histone deacetylase superfamily protein  36.82 
 
 		 435 aa  106  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.127152  hitchhiker  0.00245204 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1831  hypothetical protein  49.07 
 
 		 133 aa  106  6e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.330593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0417  Histone deacetylase  36.46 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  31.01 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1468  histone deacetylase superfamily  34.87 
 
 		 397 aa  102  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0799038  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0246  histone deacetylase superfamily protein  37.8 
 
 		 392 aa  100  5e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0467298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  30 
 
 		 385 aa  99.8  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1461  histone deacetylase superfamily protein  33.19 
 
 		 393 aa  99.4  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.111852  normal  0.224977 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27490  deacetylase, histone deacetylase/acetoin utilization protein  32.47 
 
 		 393 aa  99.4  8e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2249  histone deacetylase superfamily  30.1 
 
 		 336 aa  99  8e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.775284  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3503  histone deacetylase superfamily protein  35.29 
 
 		 426 aa  99  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.678052  normal  0.280253 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0563  histone deacetylase superfamily  32.82 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.349825  normal  0.347907 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4605  histone deacetylase superfamily protein  32.42 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1212  histone deacetylase superfamily  30.17 
 
 		 306 aa  97.4  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  27.18 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>