195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1560 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 163 aa  330  4e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 152 aa  105  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 152 aa  100  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 144 aa  92  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  37.4 
 
 		 167 aa  91.3  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 163 aa  88.2  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  39.5 
 
 		 157 aa  88.2  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 184 aa  88.2  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 171 aa  85.9  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  35.86 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  35.86 
 
 		 165 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 148 aa  77.8  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.42 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.42 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  32.87 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  33.88 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  30.22 
 
 		 179 aa  68.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  33.88 
 
 		 154 aa  68.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  37.5 
 
 		 154 aa  67.4  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  33.59 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.59 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  30.16 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 140 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 161 aa  65.1  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 178 aa  64.3  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  28.68 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  31.36 
 
 		 140 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 146 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.5 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.5 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1517  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  0.0147514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1584  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119163  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.5 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.5 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.5 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  31.67 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  31.67 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.67 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  31.67 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.67 
 
 		 145 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  28.12 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 158 aa  58.2  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  29.46 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  29.46 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 155 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 155 aa  57  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 174 aa  53.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 158 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5761  transcriptional regulator, MarR family with acetyltransferase activity  29.73 
 
 		 316 aa  50.8  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  29.55 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  24.65 
 
 		 158 aa  50.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  27.66 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  38.96 
 
 		 143 aa  48.9  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 161 aa  48.9  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1151  MarR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2524  transcriptional regulator, MarR family  34.09 
 
 		 161 aa  48.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 150 aa  48.1  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  26.98 
 
 		 150 aa  48.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1940  regulatory protein MarR  31.07 
 
 		 165 aa  47.8  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04763  hypothetical protein  28.04 
 
 		 143 aa  47.8  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  32.46 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4923  transcriptional regulator, MarR family  29.36 
 
 		 138 aa  47.4  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3208  MarR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 165 aa  47.4  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.469767 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3621  MarR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 165 aa  47.4  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.597701 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3846  transcriptional regulator, MarR family  29.36 
 
 		 138 aa  47.4  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.530483 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4073  transcriptional regulator, MarR family  30.63 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.494892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 148 aa  47  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0815  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550088 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3311  MarR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0866  MarR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3426  transcriptional regulator, MarR family  27.86 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3960  transcriptional regulator, MarR family  30.63 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2043  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 175 aa  47.4  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.831784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3498  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 165 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0977  MarR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 165 aa  45.8  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3749  multiple antibiotic resistance protein MarR, putative  29.51 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.17828  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02880  transcriptional regulator  30 
 
 		 185 aa  46.2  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0969  transcriptional regulator, MarR family  27.96 
 
 		 171 aa  46.2  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000635233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0417  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 144 aa  46.2  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.644689 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  28.92 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0505  MarR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 149 aa  45.8  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.477244  hitchhiker  0.00736962 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 148 aa  45.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3056  MarR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 168 aa  45.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3587  transcriptional regulator, MarR family  30.49 
 
 		 161 aa  45.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.84675  normal  0.423141 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  29.81 
 
 		 153 aa  45.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>