More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0687 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0687  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 772 aa  1534    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0864  TonB-dependent receptor  64.44 
 
 		 760 aa  948    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1804  TonB-dependent receptor  42.46 
 
 		 839 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.451169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2188  TonB-dependent receptor  41.92 
 
 		 841 aa  532  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0518679 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1853  TonB-dependent receptor  41.92 
 
 		 839 aa  532  1e-149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.239373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1786  TonB-dependent receptor  36.57 
 
 		 824 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57125  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2074  TonB domain-containing protein  37.09 
 
 		 741 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2237  TonB domain-containing protein  34.58 
 
 		 797 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.441448  normal  0.673807 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0896  TonB-dependent receptor  38.17 
 
 		 775 aa  442  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0955  TonB-dependent receptor  35.84 
 
 		 802 aa  436  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00125718 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0305  TonB-dependent receptor  34.29 
 
 		 805 aa  427  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1253  TonB-dependent receptor  34.47 
 
 		 778 aa  405  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.393341 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2037  TonB-dependent receptor  34.95 
 
 		 821 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38155  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 777 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 		 777 aa  396  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 		 777 aa  396  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7039  TonB-dependent receptor  36.7 
 
 		 821 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 		 781 aa  385  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7523  TonB-dependent receptor  36.96 
 
 		 825 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322865  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8022  TonB-dependent receptor  37.01 
 
 		 825 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0654  TonB-dependent receptor  37.06 
 
 		 826 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  33.79 
 
 		 741 aa  376  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1926  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 		 779 aa  373  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6779  TonB-dependent receptor  36.78 
 
 		 825 aa  375  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0248517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  33.93 
 
 		 801 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 		 769 aa  369  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3150  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 807 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2714  TonB-dependent receptor  34.47 
 
 		 856 aa  366  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.360758  normal  0.210323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4265  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 		 868 aa  369  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.585484 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  31.59 
 
 		 788 aa  369  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1862  TonB-dependent receptor  31.35 
 
 		 773 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.610045  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 		 848 aa  365  1e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3599  TonB-dependent receptor  33.8 
 
 		 822 aa  363  5.0000000000000005e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5422  TonB-dependent receptor  33.67 
 
 		 770 aa  341  2.9999999999999998e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1787  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 813 aa  325  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  31.28 
 
 		 787 aa  306  7e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 873 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2103  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 873 aa  293  7e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2292  OM receptor TonB  28.2 
 
 		 935 aa  276  9e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7407  ferrienterobactin-like protein  27.07 
 
 		 775 aa  195  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1351  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 1188 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.32258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2031  TonB-dependent receptor, plug  34.85 
 
 		 317 aa  124  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.773657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 709 aa  90.5  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  28.79 
 
 		 726 aa  87.4  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 694 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  28.4 
 
 		 681 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  29.62 
 
 		 723 aa  81.6  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 705 aa  79.7  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  21.26 
 
 		 706 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 742 aa  75.9  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 688 aa  70.5  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 728 aa  68.6  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1142  TonB-dependent receptor-related protein  26.46 
 
 		 650 aa  66.2  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.22175  normal  0.0805488 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 715 aa  66.6  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 634 aa  66.6  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  22.33 
 
 		 639 aa  65.1  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.54 
 
 		 712 aa  65.1  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  30.8 
 
 		 706 aa  64.7  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  30.8 
 
 		 706 aa  64.7  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 675 aa  64.3  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  30.8 
 
 		 706 aa  64.3  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.18 
 
 		 653 aa  63.5  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  30.8 
 
 		 706 aa  63.9  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  30.8 
 
 		 721 aa  63.9  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1115  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 649 aa  63.2  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.95294  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  29.7 
 
 		 717 aa  62.4  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1412  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 399 aa  62  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.158027  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 697 aa  62  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 706 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 681 aa  61.2  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  25.16 
 
 		 710 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 634 aa  60.8  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 679 aa  60.8  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 698 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 709 aa  60.1  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1014  TonB-dependent receptor-related protein  27.67 
 
 		 647 aa  60.1  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  22.8 
 
 		 720 aa  60.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 705 aa  60.1  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  29.89 
 
 		 713 aa  60.5  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  29.5 
 
 		 700 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1262  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 651 aa  59.3  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 700 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 700 aa  60.1  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  22.94 
 
 		 708 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  31.71 
 
 		 716 aa  60.1  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  22.71 
 
 		 727 aa  59.7  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  29.34 
 
 		 700 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 700 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 700 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 731 aa  59.3  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 787 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 720 aa  59.3  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5315  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.76 
 
 		 767 aa  59.3  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  29.34 
 
 		 700 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 700 aa  59.3  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 700 aa  58.5  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  31.43 
 
 		 736 aa  58.2  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 733 aa  57.8  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  21.83 
 
 		 726 aa  57.8  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  25.86 
 
 		 743 aa  57.4  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>