More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0438 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0438  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
273 aa  557  1e-158  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0715  tRNA pseudouridine synthase B  53.87 
 
 
278 aa  288  7e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0063  tRNA pseudouridine synthase B  50.92 
 
 
273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1632  pseudouridylate synthase TruB domain protein  52.22 
 
 
275 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0698  tRNA pseudouridine synthase B  49.26 
 
 
273 aa  263  2e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1245  tRNA pseudouridine synthase B  47.79 
 
 
272 aa  257  1e-67  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.478326  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1109  tRNA pseudouridine synthase B  46.72 
 
 
272 aa  255  5e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1120  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 
272 aa  253  2.0000000000000002e-66  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.855137  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0620  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 
272 aa  251  1e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.468931  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1057  tRNA pseudouridine synthase B  49.26 
 
 
272 aa  239  2e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.07 
 
 
306 aa  136  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 
304 aa  130  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  39 
 
 
290 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  37.38 
 
 
293 aa  125  7e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  33.46 
 
 
299 aa  125  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  32.84 
 
 
297 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 
313 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  32.84 
 
 
297 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  34.47 
 
 
306 aa  124  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  32.84 
 
 
297 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  34.8 
 
 
300 aa  123  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  37.14 
 
 
297 aa  123  3e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 
304 aa  122  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 
304 aa  122  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 
308 aa  122  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  30.6 
 
 
301 aa  122  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  34.12 
 
 
304 aa  122  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2833  tRNA pseudouridine synthase B  34.26 
 
 
291 aa  122  6e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  34.22 
 
 
299 aa  121  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  36.59 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  36.59 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  35.27 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  36.89 
 
 
307 aa  119  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0927  tRNA pseudouridine synthase B  33.7 
 
 
283 aa  119  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000000224094  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  34.16 
 
 
313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  35.82 
 
 
363 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  38.12 
 
 
311 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1212  tRNA pseudouridine synthase B  38.62 
 
 
288 aa  117  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.977984  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  36.49 
 
 
324 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  34.29 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  37.06 
 
 
303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  32.9 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  30.74 
 
 
300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
311 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
302 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
321 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
321 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
302 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
302 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
302 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  34.19 
 
 
299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  35.9 
 
 
307 aa  116  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 
309 aa  115  6e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  37.04 
 
 
309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  37.14 
 
 
371 aa  115  7.999999999999999e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2418  tRNA pseudouridine synthase B  36.82 
 
 
307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0980712  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  35.55 
 
 
298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 
303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  29.8 
 
 
315 aa  114  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  36.84 
 
 
304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  31.9 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  34.09 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  32.7 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  35.05 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  31.74 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  35.98 
 
 
297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  36.97 
 
 
294 aa  113  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 
311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  34.16 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  30.51 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  35.6 
 
 
323 aa  112  5e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  36.71 
 
 
309 aa  112  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  35.75 
 
 
307 aa  112  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 
293 aa  112  7.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
310 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
310 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  32.23 
 
 
302 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 
359 aa  112  9e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 
309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  31.94 
 
 
302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  33.81 
 
 
304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  37.91 
 
 
309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  34.5 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  32.52 
 
 
300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  34.83 
 
 
295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  34 
 
 
380 aa  110  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2510  tRNA pseudouridine synthase B  36.71 
 
 
308 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  36.41 
 
 
366 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  37.13 
 
 
310 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  32.42 
 
 
306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  34.65 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  36.76 
 
 
310 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  36.15 
 
 
310 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  32.85 
 
 
307 aa  109  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  35.18 
 
 
310 aa  109  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>