More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3968 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 312 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  87.14 
 
 		 313 aa  505  9.999999999999999e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  48.39 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  51.95 
 
 		 311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  45.77 
 
 		 495 aa  239  2.9999999999999997e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  50.16 
 
 		 436 aa  235  7e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  45.7 
 
 		 358 aa  235  9e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  44.81 
 
 		 311 aa  229  3e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  43.13 
 
 		 477 aa  208  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  42.09 
 
 		 376 aa  202  4e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  40.13 
 
 		 831 aa  192  8e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  41.16 
 
 		 766 aa  191  9e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.74 
 
 		 797 aa  188  1e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  40.97 
 
 		 758 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  40.97 
 
 		 758 aa  187  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  40.97 
 
 		 758 aa  186  4e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  36.36 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  41.72 
 
 		 759 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  40.76 
 
 		 815 aa  183  4.0000000000000006e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  39.17 
 
 		 763 aa  177  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  37.3 
 
 		 320 aa  176  6e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  40.88 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  42.99 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  40.88 
 
 		 329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  41.77 
 
 		 852 aa  172  6.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 608 aa  168  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  41.18 
 
 		 816 aa  168  1e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  38.1 
 
 		 828 aa  166  4e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  33.55 
 
 		 861 aa  162  6e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  40.45 
 
 		 847 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  34.7 
 
 		 646 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  32.69 
 
 		 896 aa  159  8e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  33.44 
 
 		 877 aa  158  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 351 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  40.82 
 
 		 845 aa  156  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.46 
 
 		 778 aa  155  7e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  34.95 
 
 		 534 aa  155  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  35.92 
 
 		 657 aa  155  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  34.17 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  34.73 
 
 		 845 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  36.31 
 
 		 644 aa  152  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  31.43 
 
 		 895 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  38.92 
 
 		 840 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  31.11 
 
 		 855 aa  150  3e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  35.02 
 
 		 847 aa  149  8e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  33.12 
 
 		 930 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  30.94 
 
 		 902 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  33.12 
 
 		 882 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  35.96 
 
 		 343 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  37.26 
 
 		 847 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  35.33 
 
 		 954 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 914 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  36.16 
 
 		 883 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  35.95 
 
 		 822 aa  145  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  36.92 
 
 		 863 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  34.67 
 
 		 603 aa  143  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  37.5 
 
 		 882 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  36.22 
 
 		 851 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  34.85 
 
 		 881 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 		 1001 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.01 
 
 		 858 aa  142  9.999999999999999e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  34.69 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  36.66 
 
 		 837 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  30.91 
 
 		 911 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  33.95 
 
 		 651 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  33.65 
 
 		 834 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 848 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  35.22 
 
 		 940 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 914 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  35.22 
 
 		 658 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0138  ATP dependent DNA ligase  29.22 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.465735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  36.39 
 
 		 867 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  33.97 
 
 		 865 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  35.16 
 
 		 866 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.81 
 
 		 896 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  34.97 
 
 		 817 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  33.87 
 
 		 871 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  35.67 
 
 		 856 aa  135  7.000000000000001e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  36.05 
 
 		 656 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  36.51 
 
 		 684 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  34.24 
 
 		 918 aa  134  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  38.11 
 
 		 936 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  38.11 
 
 		 936 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  37.3 
 
 		 901 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  35.76 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  37.58 
 
 		 871 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  31.29 
 
 		 818 aa  133  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  34.19 
 
 		 833 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 886 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  32.39 
 
 		 843 aa  133  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  36.62 
 
 		 825 aa  133  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 847 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  30.28 
 
 		 888 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  31.11 
 
 		 893 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  36.18 
 
 		 658 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  34.71 
 
 		 833 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  33.54 
 
 		 651 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  34.38 
 
 		 864 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  34.88 
 
 		 832 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>