96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2108 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2108  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 333 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.344374 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2912  lytic murein transglycosylase  38.87 
 
 		 368 aa  202  9e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647608  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2611  Lytic transglycosylase catalytic  38.39 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2871  Lytic transglycosylase catalytic  38.41 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2103  lytic transglycosylase, catalytic  54.41 
 
 		 249 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25465  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0550  lytic transglycosylase, catalytic  59.13 
 
 		 164 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2746  lytic transglycosylase catalytic  57.14 
 
 		 259 aa  132  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_004310  BR0067  transglycosylase SLT domain-containing protein  53.72 
 
 		 287 aa  129  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0066  transglycosylase SLT domain-containing protein  53.72 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.683563  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0077  lytic transglycosylase catalytic  52.89 
 
 		 280 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1037  lytic transglycosylase, catalytic  51.3 
 
 		 156 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.166947 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0650  transglycosylase  51.69 
 
 		 150 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239343  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2303  lytic transglycosylase, catalytic  51.69 
 
 		 150 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.176095 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3561  Lytic transglycosylase catalytic  49.54 
 
 		 428 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0582  lytic transglycosylase, catalytic  51.69 
 
 		 150 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.378834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2463  lytic transglycosylase, catalytic  56.99 
 
 		 158 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.918126 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2890  lytic transglycosylase, catalytic  52 
 
 		 158 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.576703  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1017  lytic transglycosylase, catalytic  47.83 
 
 		 165 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.520766 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3772  lytic transglycosylase catalytic  50.44 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6221  hypothetical protein  43.22 
 
 		 277 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3663  Lytic transglycosylase catalytic  55.17 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.441292  normal  0.159999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2814  Lytic transglycosylase catalytic  50.86 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2397  lytic transglycosylase catalytic  49.12 
 
 		 375 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279322  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3773  Lytic transglycosylase catalytic  51.72 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3465  lytic transglycosylase catalytic  51.72 
 
 		 298 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.844818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2103  lytic transglycosylase catalytic  36.13 
 
 		 179 aa  86.3  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.29412 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1733  lytic transglycosylase catalytic  41.05 
 
 		 219 aa  80.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.254136  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2017  lytic transglycosylase, catalytic  37.7 
 
 		 205 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275292  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2904  soluble lytic transglycosylase  42.11 
 
 		 197 aa  76.6  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1399  transglycosylase SLT domain-containing protein  40 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.861628  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1443  transglycosylase SLT domain-containing protein  40 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2866  Lytic transglycosylase catalytic  42.11 
 
 		 206 aa  73.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.918978  normal  0.297415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2606  Lytic transglycosylase catalytic  40.38 
 
 		 175 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0514  Lytic transglycosylase catalytic  33.81 
 
 		 254 aa  64.3  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1465  lytic transglycosylase catalytic  38.95 
 
 		 294 aa  62.4  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3883  lytic transglycosylase catalytic  38.95 
 
 		 252 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1014  Lytic transglycosylase catalytic  36.79 
 
 		 250 aa  62  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8299  Lytic transglycosylase catalytic  36.84 
 
 		 325 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103911  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  36.8 
 
 		 188 aa  59.3  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  37.11 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  40.21 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2995  lytic transglycosylase, catalytic  32.14 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.891675  normal  0.0342596 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  39.33 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  38.61 
 
 		 258 aa  55.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2543  Lytic transglycosylase catalytic  39.08 
 
 		 249 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  37.27 
 
 		 233 aa  55.5  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2555  Lytic transglycosylase catalytic  36.46 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00526771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  39.33 
 
 		 218 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  41.56 
 
 		 260 aa  54.3  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  37.11 
 
 		 260 aa  54.3  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2229  lytic transglycosylase, catalytic  38.95 
 
 		 263 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  37.25 
 
 		 251 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  35.92 
 
 		 197 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2909  lytic transglycosylase, catalytic  35.34 
 
 		 262 aa  52.8  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.417434  normal  0.368798 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  35.96 
 
 		 224 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  40.26 
 
 		 196 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  40.26 
 
 		 198 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  34.65 
 
 		 174 aa  51.6  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 247 aa  50.4  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  39.8 
 
 		 196 aa  50.4  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  40.48 
 
 		 206 aa  50.4  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  39.08 
 
 		 202 aa  50.1  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1595  lytic transglycosylase, catalytic  39.47 
 
 		 190 aa  49.7  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  32.69 
 
 		 241 aa  48.9  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  38.37 
 
 		 201 aa  49.3  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  37.96 
 
 		 191 aa  47.8  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  32.48 
 
 		 245 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  30.46 
 
 		 283 aa  46.6  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 242 aa  46.6  0.0007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1786  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  40 
 
 		 388 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0048651  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5914  Lytic transglycosylase catalytic  36.17 
 
 		 797 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0512  Lytic transglycosylase catalytic  38.1 
 
 		 154 aa  44.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.318275 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  34.07 
 
 		 370 aa  44.7  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  42.31 
 
 		 202 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  35.19 
 
 		 260 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  35.37 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  34.65 
 
 		 709 aa  44.3  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  39.08 
 
 		 158 aa  43.9  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0399  Lytic transglycosylase catalytic  35.29 
 
 		 574 aa  44.3  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  32.98 
 
 		 211 aa  44.3  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  35.05 
 
 		 199 aa  44.3  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  36.36 
 
 		 438 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  34.65 
 
 		 709 aa  43.9  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  34.55 
 
 		 204 aa  43.5  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  34.55 
 
 		 204 aa  43.9  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  29.77 
 
 		 281 aa  43.5  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  35.37 
 
 		 362 aa  43.5  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1463  lytic transglycosylase, catalytic  36.25 
 
 		 413 aa  43.5  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  35.16 
 
 		 168 aa  43.5  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0181  lytic transglycosylase, catalytic  40.22 
 
 		 234 aa  43.1  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  35.16 
 
 		 292 aa  43.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  35.62 
 
 		 1160 aa  43.1  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  38.54 
 
 		 215 aa  42.7  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2288  Lytic transglycosylase catalytic  31.71 
 
 		 482 aa  42.7  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  26.61 
 
 		 191 aa  42.7  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1459  Lytic transglycosylase catalytic  38.37 
 
 		 318 aa  42.7  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.09229 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>