More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1424 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 191 aa  391  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  60.42 
 
 		 202 aa  232  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  59.26 
 
 		 189 aa  214  5.9999999999999996e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  57.95 
 
 		 215 aa  199  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  57.71 
 
 		 204 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  58.24 
 
 		 204 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  58.24 
 
 		 204 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  58.62 
 
 		 280 aa  130  9e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  56.03 
 
 		 362 aa  129  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  56.03 
 
 		 362 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  53.98 
 
 		 368 aa  122  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  46.4 
 
 		 261 aa  121  7e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  46.4 
 
 		 261 aa  120  8e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  45.97 
 
 		 261 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  55.36 
 
 		 354 aa  120  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  45.6 
 
 		 261 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  51.26 
 
 		 174 aa  119  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  46.77 
 
 		 238 aa  119  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  45.16 
 
 		 259 aa  119  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  45.16 
 
 		 261 aa  118  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  52.17 
 
 		 318 aa  117  7.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  47.06 
 
 		 222 aa  117  9e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4561  lytic transglycosylase catalytic  55.38 
 
 		 360 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000593543  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  47.48 
 
 		 280 aa  115  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3638  lytic transglycosylase catalytic  56.12 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  51.82 
 
 		 370 aa  115  5e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  44.35 
 
 		 261 aa  114  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  44.35 
 
 		 261 aa  114  6e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  44.35 
 
 		 261 aa  114  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  44.35 
 
 		 261 aa  114  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  57.14 
 
 		 206 aa  113  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  51.69 
 
 		 261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3973  lytic transglycosylase catalytic  56.99 
 
 		 204 aa  112  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  52.38 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  54.08 
 
 		 234 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  52.59 
 
 		 291 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  51.28 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  44.83 
 
 		 191 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  49.57 
 
 		 325 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  50.43 
 
 		 197 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  50.91 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  49.57 
 
 		 283 aa  109  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  50.43 
 
 		 218 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  55.45 
 
 		 244 aa  109  3e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  50.43 
 
 		 197 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  48.25 
 
 		 188 aa  108  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3822  lytic transglycosylase, catalytic  54.84 
 
 		 204 aa  108  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.539253  normal  0.0346403 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  52.21 
 
 		 207 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  45.08 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  44.53 
 
 		 243 aa  107  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  55.77 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  49.53 
 
 		 242 aa  106  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  49.58 
 
 		 198 aa  106  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  46.85 
 
 		 211 aa  106  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  39.34 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  44.59 
 
 		 202 aa  105  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  47.46 
 
 		 204 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  53.57 
 
 		 217 aa  105  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  48.03 
 
 		 297 aa  105  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  52.54 
 
 		 203 aa  105  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  48.03 
 
 		 297 aa  105  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  53.64 
 
 		 304 aa  105  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  47.46 
 
 		 204 aa  105  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  49.21 
 
 		 237 aa  104  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  46.77 
 
 		 208 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  42.76 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2342  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 327 aa  103  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920192  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  36.84 
 
 		 217 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  53.85 
 
 		 194 aa  102  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  43.65 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  45.87 
 
 		 438 aa  102  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  47.06 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  40.79 
 
 		 299 aa  102  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  45.76 
 
 		 217 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  43.86 
 
 		 209 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  43.86 
 
 		 209 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  41.61 
 
 		 249 aa  101  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  49.11 
 
 		 196 aa  101  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  49.56 
 
 		 245 aa  101  7e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  48.54 
 
 		 200 aa  101  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  46.9 
 
 		 239 aa  101  8e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  45.69 
 
 		 239 aa  100  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  45.69 
 
 		 239 aa  100  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 155 aa  100  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  43.27 
 
 		 209 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  45.69 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  41.3 
 
 		 251 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  48.28 
 
 		 158 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  41.3 
 
 		 251 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 442 aa  99.8  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  46.67 
 
 		 195 aa  99.4  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  43.33 
 
 		 251 aa  99  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  37.3 
 
 		 204 aa  98.6  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  53.27 
 
 		 201 aa  98.6  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  46.61 
 
 		 203 aa  97.8  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  46.55 
 
 		 328 aa  97.8  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  49.57 
 
 		 218 aa  97.4  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  48.08 
 
 		 263 aa  97.1  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  50.85 
 
 		 251 aa  97.1  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  46.15 
 
 		 216 aa  96.7  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>