164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1005 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1005  hypothetical protein  100 
 
 		 255 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.69065  normal  0.921286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0967  extracellular solute-binding protein  96.08 
 
 		 255 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0969  extracellular solute-binding protein  84.71 
 
 		 255 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1143  hypothetical protein  79.53 
 
 		 255 aa  441  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  73.23 
 
 		 257 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  74.12 
 
 		 257 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  74.12 
 
 		 257 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2937  hypothetical protein  72.83 
 
 		 257 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3398  extracellular solute-binding protein  72.44 
 
 		 257 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  39.22 
 
 		 275 aa  194  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3860  hypothetical protein  38.06 
 
 		 265 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  36.8 
 
 		 265 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0772  extracellular solute-binding protein  39.47 
 
 		 238 aa  189  4e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.025527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  35.46 
 
 		 263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3761  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 265 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3523  extracellular solute-binding protein  33.97 
 
 		 268 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2978  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 		 248 aa  178  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3638  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 		 265 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.055561  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3570  extracellular solute-binding protein family 3  36.33 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 		 255 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0733  amino acid ABC transporter periplasmic protein  36.32 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.263143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2624  hypothetical protein  32.57 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.547677 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  30.67 
 
 		 251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  26.69 
 
 		 248 aa  117  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  32.17 
 
 		 256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  25.41 
 
 		 260 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0629  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 262 aa  108  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  28.33 
 
 		 254 aa  106  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 		 248 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1208  hypothetical protein  34.17 
 
 		 258 aa  102  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000699317  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 251 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.79 
 
 		 251 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3305  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 244 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0350  extracellular solute-binding protein family 3  28.31 
 
 		 321 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0133156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  25 
 
 		 250 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  25 
 
 		 250 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  26.48 
 
 		 251 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.79 
 
 		 244 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0258  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 		 236 aa  88.2  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  26.52 
 
 		 269 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  24.78 
 
 		 251 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1916  extracellular solute-binding protein family 3  26.94 
 
 		 483 aa  85.9  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.114513 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  26.17 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  26.17 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3893  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.34 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1918  putative cache sensor protein  25.22 
 
 		 632 aa  82.8  0.000000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.149363  normal  0.217415 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  25.7 
 
 		 242 aa  81.6  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  24.88 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0881  extracellular solute-binding protein  21.83 
 
 		 269 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2767  extracellular solute-binding protein family 3  25.34 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0585  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.38 
 
 		 274 aa  73.9  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  23.56 
 
 		 248 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.08 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  23.11 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1585  hypothetical protein  22.91 
 
 		 248 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3031  extracellular solute-binding protein family 3  23.64 
 
 		 237 aa  72  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.516858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  23.04 
 
 		 241 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2765  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.15 
 
 		 401 aa  69.3  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.64 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1844  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000362453  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1845  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00294253  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0702  extracellular solute-binding protein  20.55 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0691872 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2027  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.4 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.360228 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.93 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  23.66 
 
 		 288 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1919  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.46 
 
 		 247 aa  52.8  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0371115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  24.66 
 
 		 258 aa  52.4  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 247 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  21.12 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  23.97 
 
 		 264 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  23.15 
 
 		 303 aa  49.7  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 265 aa  48.9  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3840  putative lipoprotein  22.61 
 
 		 255 aa  48.9  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  23.55 
 
 		 264 aa  48.5  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 937 aa  48.9  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3063  hypothetical protein  22.97 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00343985  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.01 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  23.21 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  25.11 
 
 		 502 aa  48.1  0.0001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  23.55 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  23.55 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0348  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  25.11 
 
 		 502 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 937 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2073  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 269 aa  47.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.19851 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  24.24 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.01 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2743  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 276 aa  47  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0284405  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1498  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 		 247 aa  46.2  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6996  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 		 268 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  19.49 
 
 		 256 aa  46.6  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6331  extracellular solute-binding protein  22.57 
 
 		 268 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483344  normal  0.916228 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 263 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  22.92 
 
 		 245 aa  45.8  0.0006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  25 
 
 		 263 aa  45.8  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 263 aa  45.4  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 937 aa  45.4  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>