More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1000 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  100 
 
 		 354 aa  721    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  61.3 
 
 		 354 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  56.5 
 
 		 354 aa  411  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  44.7 
 
 		 368 aa  318  1e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  46.55 
 
 		 368 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  38.75 
 
 		 383 aa  246  6e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  37.11 
 
 		 373 aa  240  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  44.01 
 
 		 367 aa  239  5e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  38.14 
 
 		 373 aa  239  5.999999999999999e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  36.91 
 
 		 364 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  36.91 
 
 		 364 aa  216  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  42.9 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  37.54 
 
 		 364 aa  209  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  38.02 
 
 		 381 aa  205  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  39.02 
 
 		 377 aa  202  6e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  37.28 
 
 		 365 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  34.27 
 
 		 378 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  37.95 
 
 		 386 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  36.68 
 
 		 361 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  35.96 
 
 		 355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  37.8 
 
 		 365 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  36.59 
 
 		 365 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  37.2 
 
 		 365 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  31.67 
 
 		 355 aa  176  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  34.63 
 
 		 344 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  31.58 
 
 		 354 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  33.92 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  37.07 
 
 		 349 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  33.05 
 
 		 356 aa  152  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  31.64 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  32.28 
 
 		 352 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  32.73 
 
 		 374 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  29.75 
 
 		 331 aa  146  7.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  29.45 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2222  secretion protein HlyD family protein  34.91 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.827157  normal  0.0630551 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  32.48 
 
 		 372 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  31.56 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  32.37 
 
 		 352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  30.75 
 
 		 368 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  31.12 
 
 		 352 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  32.08 
 
 		 352 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  31.12 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  31.12 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  31.5 
 
 		 366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  31.03 
 
 		 352 aa  133  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  31.12 
 
 		 352 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  31.34 
 
 		 357 aa  133  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  31.47 
 
 		 349 aa  132  7.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  31.5 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  31.41 
 
 		 352 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  31.41 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  31.29 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  31.18 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  31.12 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  31.12 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  30.88 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  30.88 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  28.66 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  32.69 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  24.3 
 
 		 379 aa  126  6e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  31.55 
 
 		 375 aa  126  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5897  multidrug resistance protein  30.28 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2082  secretion protein HlyD  33.76 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.565949 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  32.18 
 
 		 401 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  31.79 
 
 		 422 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  35.53 
 
 		 376 aa  123  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  30.13 
 
 		 394 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  32.92 
 
 		 385 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3393  secretion protein HlyD family protein  32.46 
 
 		 350 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0097  secretion protein HlyD family protein  31 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  32.04 
 
 		 444 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1730  secretion protein HlyD  29.24 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1890  secretion protein HlyD family protein  30.79 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  31.67 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  30.91 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  30.91 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  30.91 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  30.91 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  30.91 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  32.23 
 
 		 344 aa  120  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  30.91 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  30.91 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1060  HlyD family secretion protein  30.86 
 
 		 366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.409643  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1920  secretion protein HlyD  31.37 
 
 		 383 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00498247  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  29.88 
 
 		 397 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  33.22 
 
 		 365 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  32.97 
 
 		 413 aa  119  9e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  32.03 
 
 		 334 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2191  secretion protein HlyD family protein  28.18 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  29.88 
 
 		 397 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3975  multidrug resistance protein MdtN  30.9 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.337491  normal  0.0140757 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  30.6 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5245  secretion protein HlyD family protein  32.44 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1950  secretion protein HlyD family protein  32.81 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2982  secretion protein HlyD family protein  28.97 
 
 		 400 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  33.8 
 
 		 356 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  31.19 
 
 		 411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5580  multidrug resistance protein MdtN  31.07 
 
 		 349 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541238 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3647  multidrug resistance protein MdtN  31.07 
 
 		 349 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00582079  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4720  multidrug resistance protein MdtN  31.07 
 
 		 349 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>