297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1964 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1964  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
194 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.666792  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2364  transcriptional regulator, LuxR family  96.39 
 
 
194 aa  387  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.461872  normal  0.284664 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4354  Lux R family regulator  53.12 
 
 
283 aa  178  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.688744 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.73 
 
 
449 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41 
 
 
475 aa  88.2  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3376  GGDEF domain-containing protein  41 
 
 
480 aa  87.4  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  34.29 
 
 
462 aa  85.9  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.09 
 
 
292 aa  84.7  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38 
 
 
493 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38 
 
 
498 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38 
 
 
498 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38 
 
 
488 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.16 
 
 
287 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102142  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
464 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
480 aa  82  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.42 
 
 
482 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3158  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
287 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0898299 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.79 
 
 
1807 aa  75.1  0.0000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.22 
 
 
294 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1260  LuxR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.84 
 
 
695 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1985  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
650 aa  68.2  0.00000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
1143 aa  66.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.96 
 
 
1143 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 
1057 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 
730 aa  65.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
1089 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
810 aa  63.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000530681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
1022 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.38 
 
 
715 aa  63.5  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 
979 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
957 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.24 
 
 
1076 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 
944 aa  62  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4925  sensory box sensor histidine kinase  28.57 
 
 
614 aa  61.6  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
774 aa  61.6  0.000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  35.11 
 
 
1065 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2789  sensory box histidine kinase  36.57 
 
 
770 aa  59.7  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.96 
 
 
943 aa  59.3  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.65 
 
 
1309 aa  59.3  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 
1065 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
1330 aa  58.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3769  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.78 
 
 
710 aa  58.5  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.312808  normal  0.729669 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.42 
 
 
1381 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1998  ATP-binding region, ATPase-like protein  30 
 
 
856 aa  58.2  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 
1224 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
941 aa  57  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.39 
 
 
751 aa  55.5  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.04 
 
 
706 aa  55.5  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3221  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
261 aa  55.5  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
939 aa  53.9  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 
377 aa  54.3  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0672592 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 
977 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1892  LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 
266 aa  53.9  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
1253 aa  53.5  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1829  GGDEF domain-containing protein  30.39 
 
 
344 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  38.89 
 
 
796 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  36.96 
 
 
855 aa  53.1  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  36.84 
 
 
653 aa  52.8  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.73 
 
 
922 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4137  signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
912 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.69 
 
 
572 aa  52.4  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 
681 aa  52  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0318  putative PAS/PAC sensor protein  37.84 
 
 
590 aa  52  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.375606  normal  0.106516 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.9 
 
 
591 aa  52  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 
1193 aa  51.6  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.76 
 
 
581 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  34.15 
 
 
695 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  28.26 
 
 
1653 aa  51.6  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  32.04 
 
 
692 aa  50.4  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  37.5 
 
 
793 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  32.93 
 
 
695 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1728  putative PAS/PAC sensor protein  29.68 
 
 
1171 aa  50.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00367624  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  33.33 
 
 
754 aa  50.8  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
492 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1989  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.65 
 
 
1195 aa  50.8  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 
573 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.84 
 
 
1785 aa  50.1  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  24.43 
 
 
1179 aa  50.4  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  31.07 
 
 
655 aa  50.1  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  35.53 
 
 
653 aa  50.4  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1175  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.52 
 
 
821 aa  49.3  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0793  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
871 aa  49.7  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1102  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 
364 aa  48.9  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 
827 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
902 aa  48.9  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
630 aa  48.5  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3068  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  34.45 
 
 
470 aa  48.9  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
725 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249392  normal  0.37167 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.18 
 
 
1406 aa  48.5  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3110  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.9 
 
 
347 aa  48.5  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00186939  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
698 aa  48.5  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6637  response regulator receiver protein  27.95 
 
 
222 aa  48.5  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.75 
 
 
936 aa  48.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
727 aa  48.5  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.12 
 
 
946 aa  48.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.76 
 
 
722 aa  48.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  32.99 
 
 
1092 aa  47.8  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.99 
 
 
1103 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>