More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1946 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  90.19 
 
 		 315 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  88.61 
 
 		 316 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  80.41 
 
 		 321 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 320 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  48.38 
 
 		 297 aa  292  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  48.01 
 
 		 297 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 304 aa  258  7e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 297 aa  256  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 345 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 342 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 342 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 315 aa  209  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 348 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 347 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  31.14 
 
 		 363 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 305 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 324 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 293 aa  134  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 303 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 295 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.39 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 299 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.04 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.84 
 
 		 300 aa  106  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 298 aa  106  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  31.2 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5080  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3171  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5197  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 380 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.093521  decreased coverage  0.00215851 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.88 
 
 		 293 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.88 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>