More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1523 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1523  histidine kinase  100 
 
 
280 aa  560  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.929017  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  38.43 
 
 
1710 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  39.21 
 
 
1744 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  35.24 
 
 
1712 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 
733 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
729 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
632 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
773 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
632 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
632 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
427 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 
963 aa  132  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  33.92 
 
 
1697 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  35.68 
 
 
1682 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
484 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  34.96 
 
 
406 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.75 
 
 
471 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
658 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
779 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  36.02 
 
 
1682 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 
640 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
1211 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  35.32 
 
 
1685 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
845 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.62 
 
 
975 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  32.88 
 
 
355 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  36.28 
 
 
1836 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.47 
 
 
875 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  28.74 
 
 
1822 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 
803 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 
1211 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  39.25 
 
 
358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
624 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  35.45 
 
 
1685 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  32.89 
 
 
1833 aa  112  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
666 aa  112  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.23 
 
 
500 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1517  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
632 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  29.52 
 
 
382 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  34.25 
 
 
1685 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
657 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  31.05 
 
 
355 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
759 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
470 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 
501 aa  109  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3388  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
648 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1833  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
687 aa  109  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.36 
 
 
470 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.152454  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0714  C4-dicarboxylate transport sensor protein ATPase subunit  29.86 
 
 
594 aa  109  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  33.77 
 
 
853 aa  108  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
351 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
748 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  32.77 
 
 
1845 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1012  sensory histidine kinase AtoS  33.62 
 
 
611 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0763097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.35 
 
 
416 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.465456  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.28 
 
 
373 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
713 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4049  histidine kinase  34.78 
 
 
630 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.431231  normal  0.418791 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0515  histidine kinase  33.65 
 
 
299 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.80747 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  33.92 
 
 
1748 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 
636 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
902 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
538 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3423  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
581 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0671901  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
902 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4635  histidine kinase  31.28 
 
 
440 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.94647  normal  0.951565 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  31.9 
 
 
1379 aa  106  4e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
662 aa  106  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3487  histidine kinase  33.09 
 
 
581 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0451928  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
727 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
801 aa  106  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
851 aa  106  5e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
524 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0082  C4-dicarboxylate transport sensor kinase  33.19 
 
 
643 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1572  C4-dicarboxylate transport sensor protein  33.19 
 
 
643 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000397989  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1947  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
369 aa  105  7e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0101  sensor histidine kinase  33.19 
 
 
643 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000798435  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 
1000 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1567  histidine kinase  29.44 
 
 
567 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.2 
 
 
819 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.98 
 
 
515 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2094  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 
503 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1054  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 
552 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000699137 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2388  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
552 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.245714  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 
630 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  29.46 
 
 
635 aa  104  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  33.09 
 
 
573 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4562  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
591 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1510  C4-dicarboxylate transport sensor protein dctB  33.19 
 
 
322 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.220294  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1230  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system  33.19 
 
 
310 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0439907  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 
796 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
510 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  31.58 
 
 
1258 aa  103  4e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  31.74 
 
 
1092 aa  102  5e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  33.63 
 
 
1837 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 
852 aa  102  7e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  34.82 
 
 
630 aa  102  7e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
480 aa  102  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  30.84 
 
 
811 aa  102  7e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
495 aa  102  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>