More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1453 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1453  UspA domain protein  100 
 
 		 301 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.870406  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1269  hypothetical protein  71.28 
 
 		 295 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.775784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3607  hypothetical protein  69.68 
 
 		 166 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.317801 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3480  UspA domain-containing protein  42.61 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  40.64 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  42.56 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2918  UspA domain-containing protein  39.37 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519295 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  38.81 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56590  hypothetical protein  36.59 
 
 		 286 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.563899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4922  hypothetical protein  36.59 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5472  UspA domain protein  35.84 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.814559 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  32.28 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  32.48 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  32.2 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  28.76 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  32.08 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  30.9 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  30.69 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1759  universal stress protein  30.72 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  28 
 
 		 291 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1862  UspA domain-containing protein  29.43 
 
 		 293 aa  95.5  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23265  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0396  hypothetical protein  32.31 
 
 		 282 aa  92.8  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  28 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  27.45 
 
 		 309 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1414  UspA domain-containing protein  30.13 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  28.11 
 
 		 265 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  30.3 
 
 		 303 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  20.75 
 
 		 274 aa  87.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1735  universal stress protein  28.85 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0846445  normal  0.348826 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  30 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  31.14 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7039  UspA domain protein  30.3 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3831  UspA domain protein  29.1 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0656239  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6657  UspA domain protein  30.42 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  30.52 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1658  UspA domain protein  29.64 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  28.85 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  30.22 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  21.12 
 
 		 276 aa  76.6  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2547  UspA domain protein  30.72 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0289  UspA domain protein  26.14 
 
 		 289 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.503473 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3176  UspA domain protein  31.19 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3134  hypothetical protein  32.4 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0914  UspA domain-containing protein  26.67 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  31.43 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4087  UspA domain-containing protein  39.13 
 
 		 145 aa  73.9  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305818  normal  0.183761 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2678  hypothetical protein  30.61 
 
 		 149 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.348095 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  36.62 
 
 		 154 aa  73.6  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1118  universal stress protein  29.93 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3017  UspA domain protein  30.42 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5764  hypothetical protein  30.56 
 
 		 271 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2941  hypothetical protein  27.24 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1859  UspA domain-containing protein  24.82 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.717791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1890  UspA domain protein  31.25 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108778  normal  0.382663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66460  hypothetical protein  29.95 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0914  UspA domain protein  32.64 
 
 		 154 aa  70.9  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.446701 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2148  hypothetical protein  29.41 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  24.42 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  28.92 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  31.39 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  24.76 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4244  UspA domain protein  29.66 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.284447  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3585  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.666006  normal  0.0498222 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3403  UspA domain protein  28.38 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2016  universal stress protein UspA-like protein  33.09 
 
 		 148 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0327  UspA domain protein  27.96 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2717  UspA domain-containing protein  26.71 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1198  UspA domain protein  32.67 
 
 		 155 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.580664 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  27.12 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1094  hypothetical protein  27.42 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.604509  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  30.04 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3602  UspA domain protein  29.05 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1234  universal stress protein  32.86 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2338  UspA domain protein  24.83 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  26.39 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3817  UspA domain protein  30.73 
 
 		 415 aa  65.9  0.0000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.232363  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  36 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  29.17 
 
 		 153 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  27.78 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0288  UspA domain protein  27.21 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2212  hypothetical protein  28.33 
 
 		 297 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00559639  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  31.62 
 
 		 145 aa  65.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  21.69 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4434  UspA domain protein  36.73 
 
 		 166 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4567  UspA domain protein  36.73 
 
 		 166 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.233455  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2569  UspA domain protein  29.62 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0436  UspA domain-containing protein  33.79 
 
 		 151 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0405998  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  30.71 
 
 		 152 aa  64.3  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  28.82 
 
 		 280 aa  64.3  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2933  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 		 147 aa  63.9  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000835821  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1294  universal stress protein  31.94 
 
 		 152 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.967689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2552  UspA domain protein  27.18 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2355  UspA domain protein  33.56 
 
 		 159 aa  63.9  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0602  UspA domain-containing protein  31.39 
 
 		 147 aa  63.9  0.000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.491088  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1162  UspA domain-containing protein  31.43 
 
 		 153 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0534961  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  34.25 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6021  UspA domain protein  26.92 
 
 		 352 aa  62.8  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0570  UspA domain protein  38.24 
 
 		 141 aa  62  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.932953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1171  UspA domain protein  29.58 
 
 		 153 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00282044 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  30.07 
 
 		 150 aa  62  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>