More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0554 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 265 aa  531  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5764  hypothetical protein  49.09 
 
 		 271 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66460  hypothetical protein  49.08 
 
 		 271 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  42.8 
 
 		 271 aa  175  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2212  hypothetical protein  33.1 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00559639  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  32.73 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  28.22 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0396  hypothetical protein  29.93 
 
 		 282 aa  99.8  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56590  hypothetical protein  31.32 
 
 		 286 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.563899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4922  hypothetical protein  31.32 
 
 		 286 aa  99  7e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3480  UspA domain-containing protein  28.11 
 
 		 289 aa  98.6  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420945 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1862  UspA domain-containing protein  29.89 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23265  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  31.16 
 
 		 303 aa  96.7  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  28.62 
 
 		 306 aa  95.9  6e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1759  universal stress protein  29.21 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  29.12 
 
 		 288 aa  87.8  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  25.52 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1414  UspA domain-containing protein  25.93 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2918  UspA domain-containing protein  29.93 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  29.53 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  26.28 
 
 		 294 aa  82  0.000000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  28.81 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5472  UspA domain protein  28.57 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.814559 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1735  universal stress protein  30.48 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0846445  normal  0.348826 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3176  UspA domain protein  27.89 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  25 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  25.16 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  26.96 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1269  hypothetical protein  26.57 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.775784 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1453  UspA domain protein  27.13 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.870406  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44930  Usp-like protein  29.89 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4244  UspA domain protein  26.46 
 
 		 283 aa  75.5  0.0000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.284447  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3533  UspA domain protein  24.41 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  27.49 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  26.69 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3134  hypothetical protein  26.3 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3813  UspA domain protein  26.83 
 
 		 283 aa  70.5  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7039  UspA domain protein  26.69 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  27.49 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2552  UspA domain protein  22.37 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0327  UspA domain protein  28.09 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1831  putative universal stress protein  32.93 
 
 		 167 aa  70.5  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322893  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  26.8 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0866  UspA domain protein  27.46 
 
 		 280 aa  68.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.111703  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  26.95 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1859  UspA domain-containing protein  27.21 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.717791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  28.82 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  26.28 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2148  hypothetical protein  26.71 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  23.55 
 
 		 307 aa  67  0.0000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6021  UspA domain protein  28.52 
 
 		 352 aa  66.2  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0418  universal stress protein uspA  26.64 
 
 		 297 aa  65.5  0.0000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3017  UspA domain protein  24.2 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2546  UspA domain protein  24.57 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1338  UspA domain protein  28.52 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0244136 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  25.12 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  25.17 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  25.17 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  25.17 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2717  UspA domain-containing protein  21.48 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  25.17 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  34.46 
 
 		 143 aa  61.6  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  34.46 
 
 		 143 aa  61.2  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  23.51 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  22.36 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  24.24 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  23.75 
 
 		 320 aa  60.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  22.41 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  25.57 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2111  UspA domain-containing protein  34.97 
 
 		 146 aa  60.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000930123 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1890  UspA domain protein  25.08 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108778  normal  0.382663 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3201  hypothetical protein  28.57 
 
 		 156 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1578  UspA domain-containing protein  29.73 
 
 		 149 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.492793  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25040  hypothetical protein  30.63 
 
 		 145 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3824  UspA domain protein  26.37 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6657  UspA domain protein  23.59 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0574  UspA domain protein  24.41 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  25.56 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0850  UspA domain-containing protein  26.16 
 
 		 284 aa  58.2  0.0000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.519772 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  21.94 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6968  UspA domain protein  30.94 
 
 		 147 aa  57.8  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.483791  normal  0.0402006 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2427  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 275 aa  57.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.420316  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2142  hypothetical protein  30.63 
 
 		 145 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1407  universal stress protein  25.79 
 
 		 161 aa  57  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.192272  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 310 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1197  hypothetical protein  30.82 
 
 		 151 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  32.45 
 
 		 154 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 310 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 310 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 310 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  23.45 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  23.45 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2620  UspA domain protein  25.53 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0871  UspA domain protein  23.75 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.225808  normal  0.70038 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1658  UspA domain protein  24.65 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  24.82 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  23.51 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  31.97 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2668  UspA domain protein  30 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>