More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2648 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  100 
 
 		 309 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  98.28 
 
 		 291 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  90.38 
 
 		 291 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  46.42 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  42.47 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1094  hypothetical protein  42.12 
 
 		 291 aa  176  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.604509  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  38.91 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1759  universal stress protein  38.36 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  35.59 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3480  UspA domain-containing protein  31.08 
 
 		 289 aa  120  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420945 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1735  universal stress protein  30.85 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0846445  normal  0.348826 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1862  UspA domain-containing protein  29.45 
 
 		 293 aa  106  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23265  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  27.24 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56590  hypothetical protein  30.14 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.563899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4922  hypothetical protein  30.14 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1414  UspA domain-containing protein  30.77 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  31.76 
 
 		 323 aa  97.1  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2148  hypothetical protein  29.32 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44930  Usp-like protein  30.45 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6021  UspA domain protein  30.85 
 
 		 352 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  28.97 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3134  hypothetical protein  28.12 
 
 		 285 aa  90.5  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2877  UspA domain protein  30.61 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3554  UspA domain-containing protein  30.61 
 
 		 300 aa  90.5  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2212  hypothetical protein  27.69 
 
 		 297 aa  89.4  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00559639  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1859  UspA domain-containing protein  28.33 
 
 		 285 aa  88.6  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.717791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3085  hypothetical protein  31.77 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  28.34 
 
 		 314 aa  87  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  30.66 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  29.15 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  26.58 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  26.91 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1269  hypothetical protein  24.92 
 
 		 295 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.775784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2918  UspA domain-containing protein  25.76 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519295 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  24.66 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0396  hypothetical protein  27.59 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1453  UspA domain protein  28.84 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.870406  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  24.42 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  27.99 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2941  hypothetical protein  25.66 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6657  UspA domain protein  29.91 
 
 		 311 aa  75.5  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  28.37 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0288  UspA domain protein  30.77 
 
 		 303 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5472  UspA domain protein  27.84 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.814559 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  26.87 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  25.73 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  25.73 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  27.6 
 
 		 326 aa  72.4  0.000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  24.84 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0327  UspA domain protein  25.76 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7039  UspA domain protein  26.69 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  28.57 
 
 		 271 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  24.51 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  29.49 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1425  UspA domain-containing protein  25.41 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0418  universal stress protein uspA  25.95 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4870  UspA domain-containing protein  28.7 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  35.81 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0252  UspA domain-containing protein  28.48 
 
 		 148 aa  66.6  0.0000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  26.8 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  25.16 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  23.7 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  33.33 
 
 		 162 aa  65.9  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1945  UspA domain-containing protein  32.88 
 
 		 139 aa  65.5  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  20.96 
 
 		 283 aa  64.3  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  32.86 
 
 		 143 aa  64.3  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2559  UspA domain protein  29.08 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  34.48 
 
 		 162 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  24.74 
 
 		 254 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  25.8 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  23.68 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  33.33 
 
 		 143 aa  63.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2502  UspA domain protein  34.48 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.187507  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  24.01 
 
 		 319 aa  64.3  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2133  universal stress family protein  34.25 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1762  UspA domain-containing protein  27.78 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1792  UspA domain protein  34.25 
 
 		 158 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  28.95 
 
 		 141 aa  63.5  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1933  UspA domain-containing protein  30.61 
 
 		 141 aa  63.5  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1606  UspA domain-containing protein  29.45 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.198066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  23.7 
 
 		 316 aa  63.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4244  UspA domain protein  31.85 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.284447  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0923  UspA domain-containing protein  27.03 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.792635  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  29.45 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  25 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4807  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein-like protein  25.91 
 
 		 288 aa  62.8  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.839178 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  22.77 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  23.3 
 
 		 318 aa  62  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  28.95 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0101  UspA domain protein  26.71 
 
 		 273 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1641  UspA domain-containing protein  24.34 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1412  hypothetical protein  29.33 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.48566  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  23.03 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  27.15 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  23.43 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  29.66 
 
 		 156 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2204  UspA domain protein  28.29 
 
 		 150 aa  60.8  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3621  hypothetical protein  30.37 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.820337  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3626  UspA domain-containing protein  30.37 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.208272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3694  UspA domain-containing protein  30.37 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.34077  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>