More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1842 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  100 
 
 		 309 aa  639    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  79.61 
 
 		 309 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  76.7 
 
 		 310 aa  508  1e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  78.64 
 
 		 310 aa  508  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  77.02 
 
 		 310 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  77.02 
 
 		 310 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  77.02 
 
 		 310 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  76.7 
 
 		 310 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  76.7 
 
 		 310 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  76.7 
 
 		 310 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  76.7 
 
 		 310 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  76.05 
 
 		 310 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  76.7 
 
 		 310 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  76.05 
 
 		 310 aa  499  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  74.76 
 
 		 310 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  74.76 
 
 		 310 aa  489  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  72.82 
 
 		 310 aa  481  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  58.92 
 
 		 316 aa  391  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  57.14 
 
 		 311 aa  363  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  54.22 
 
 		 316 aa  349  3e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 315 aa  348  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 315 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 315 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  54.22 
 
 		 315 aa  348  6e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  52.26 
 
 		 316 aa  346  3e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  53.9 
 
 		 315 aa  345  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  53.07 
 
 		 316 aa  344  8e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  51.95 
 
 		 318 aa  344  8.999999999999999e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  51.95 
 
 		 318 aa  344  8.999999999999999e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  52.92 
 
 		 316 aa  344  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  52.92 
 
 		 323 aa  344  1e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  51.94 
 
 		 319 aa  341  1e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  52.1 
 
 		 315 aa  338  5e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  52.58 
 
 		 307 aa  338  8e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  51.95 
 
 		 320 aa  337  9.999999999999999e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  51.13 
 
 		 315 aa  333  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  50.16 
 
 		 311 aa  328  1.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  50.65 
 
 		 314 aa  322  7e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  44.55 
 
 		 307 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  49.6 
 
 		 254 aa  272  5.000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  32.38 
 
 		 271 aa  155  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  31.39 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  30.77 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  29.64 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  28.67 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  30.35 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  30.33 
 
 		 293 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  31.39 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  31.29 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  30.74 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  30.94 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  27.57 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  29.9 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  28.43 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  29.57 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  29.68 
 
 		 287 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  29.7 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  28.39 
 
 		 287 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  26.64 
 
 		 291 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  26.42 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  26.09 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  30.13 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2169  hypothetical protein  27.18 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.199565 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  25.32 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  28.25 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  27.55 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  27.24 
 
 		 318 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  28.1 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  24.59 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  27.69 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  26.8 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  27.27 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  25.08 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  29.25 
 
 		 327 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  26.95 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  25.88 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  26.05 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  25.9 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  29.14 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  24.61 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  22.41 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  26.71 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  22.41 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  27.67 
 
 		 315 aa  100  2e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  25.08 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  21.97 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  22.59 
 
 		 271 aa  97.1  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  29.39 
 
 		 326 aa  95.1  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  24.31 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  27.5 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  23.78 
 
 		 318 aa  92.4  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0566  hypothetical protein  23.77 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  23.64 
 
 		 315 aa  89.4  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>