More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1124 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 282 aa  549  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56590  hypothetical protein  42.11 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.563899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4922  hypothetical protein  42.11 
 
 		 286 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3480  UspA domain-containing protein  38.81 
 
 		 289 aa  170  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420945 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  37.06 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1269  hypothetical protein  37.19 
 
 		 295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.775784 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  38.46 
 
 		 289 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1453  UspA domain protein  37.4 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.870406  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  34.95 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5472  UspA domain protein  36.49 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.814559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2918  UspA domain-containing protein  33.56 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519295 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  32.73 
 
 		 265 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1414  UspA domain-containing protein  33.22 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  30.1 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  29.58 
 
 		 288 aa  93.2  4e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1862  UspA domain-containing protein  31.67 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23265  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  27.55 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7039  UspA domain protein  32.79 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  31.97 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  32.65 
 
 		 323 aa  89  8e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  27.92 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  28.85 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0396  hypothetical protein  32.65 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  29.93 
 
 		 294 aa  87  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0912  UspA domain-containing protein  32.78 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363039 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0327  UspA domain protein  33.66 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1627  UspA domain-containing protein  24.13 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1735  universal stress protein  32.2 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0846445  normal  0.348826 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  28.81 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3774  UspA domain-containing protein  31.54 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.143188  normal  0.471237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5764  hypothetical protein  31.98 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66460  hypothetical protein  34.33 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  28.57 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44930  Usp-like protein  28.67 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3776  UspA domain-containing protein  27.46 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.226753  normal  0.31919 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1083  UspA domain-containing protein  27.2 
 
 		 449 aa  76.6  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000280681  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2547  UspA domain protein  31.91 
 
 		 306 aa  76.6  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  30.87 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0914  UspA domain-containing protein  26.28 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1094  hypothetical protein  32.07 
 
 		 291 aa  75.5  0.0000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.604509  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  28.37 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1759  universal stress protein  32.19 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  29.01 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  26.25 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3813  UspA domain protein  31.1 
 
 		 283 aa  73.6  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6657  UspA domain protein  30.48 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  28.87 
 
 		 271 aa  73.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3017  UspA domain protein  27.88 
 
 		 281 aa  71.6  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  27.87 
 
 		 290 aa  72  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1338  UspA domain protein  29.07 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0244136 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2569  UspA domain protein  27.66 
 
 		 291 aa  71.6  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1658  UspA domain protein  28.98 
 
 		 287 aa  70.9  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0418  universal stress protein uspA  30.13 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1269  UspA domain protein  23.34 
 
 		 275 aa  70.1  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6021  UspA domain protein  30.1 
 
 		 352 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2614  universal stress protein  30.39 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  27.7 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2866  UspA domain-containing protein  26.72 
 
 		 276 aa  69.3  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3533  UspA domain protein  27.8 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2567  UspA domain protein  30.5 
 
 		 325 aa  68.6  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  29.79 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3089  UspA domain protein  33.48 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  26.57 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01350  universal stress protein  21.33 
 
 		 276 aa  68.2  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3134  hypothetical protein  27.93 
 
 		 285 aa  67  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3176  UspA domain protein  34.36 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  27.27 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2338  UspA domain protein  24.64 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  22.6 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2102  UspA domain protein  28.96 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  28.06 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2552  UspA domain protein  26.5 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0640  universal stress protein  26.47 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0172387  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  23.08 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  24.34 
 
 		 320 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3554  UspA domain-containing protein  34.18 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125802  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0674  universal stress protein  24.26 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_580  universal stress protein family  23.66 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2212  hypothetical protein  28.57 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00559639  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0612  UspA domain-containing protein  25.98 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  24.18 
 
 		 319 aa  63.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  26.05 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  26.05 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  26.05 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3827  putative universal stress protein  36.81 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2792  UspA domain-containing protein  36.5 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.276612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2717  UspA domain-containing protein  28.36 
 
 		 308 aa  62  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  23.75 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0806  UspA domain-containing protein  35.66 
 
 		 151 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0105953  normal  0.0334639 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2350  hypothetical protein  29.29 
 
 		 150 aa  61.6  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000004892  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1570  UspA domain protein  32.64 
 
 		 154 aa  61.6  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3718  UspA domain protein  25.93 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1890  UspA domain protein  30.32 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.108778  normal  0.382663 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3147  universal stress protein  26.62 
 
 		 150 aa  60.8  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00251172  normal  0.0145111 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0866  UspA domain protein  28.04 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.111703  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1584  UspA domain protein  24.01 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0254  UspA domain protein  25.27 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.422805 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1859  UspA domain-containing protein  24.74 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.717791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  25.73 
 
 		 316 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0550  UspA domain-containing protein  32.14 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>