More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3171 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3171  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 291 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2648  universal stress protein  90.38 
 
 		 309 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2155  UspA domain-containing protein  88.66 
 
 		 291 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3170  hypothetical protein  47.78 
 
 		 294 aa  253  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2770  UspA domain protein  42.12 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0325172  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1094  hypothetical protein  44.18 
 
 		 291 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.604509  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1759  universal stress protein  38.36 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0991  hypothetical protein  37.67 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  34.92 
 
 		 297 aa  152  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3480  UspA domain-containing protein  30.17 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420945 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1735  universal stress protein  30.98 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0846445  normal  0.348826 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1414  UspA domain-containing protein  31.23 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1862  UspA domain-containing protein  28.77 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23265  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2309  hypothetical protein  27.12 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56590  hypothetical protein  30.98 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.563899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4922  hypothetical protein  30.98 
 
 		 286 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44930  Usp-like protein  31.72 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2212  hypothetical protein  29.04 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00559639  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1269  hypothetical protein  27.21 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.775784 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3085  hypothetical protein  32.11 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3172  UspA domain protein  28.48 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.356146  normal  0.679089 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1859  UspA domain-containing protein  28.86 
 
 		 285 aa  93.6  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.717791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  29.49 
 
 		 323 aa  91.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2148  hypothetical protein  28.34 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4632  UspA domain protein  30.17 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0267  UspA domain-containing protein  28.03 
 
 		 306 aa  89.4  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2877  UspA domain protein  29.79 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3554  UspA domain-containing protein  29.79 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.125802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1453  UspA domain protein  29.3 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.870406  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3134  hypothetical protein  26.99 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3830  universal stress family protein  27.27 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0606263 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0396  hypothetical protein  27.24 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6021  UspA domain protein  28.62 
 
 		 352 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  27.46 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2918  UspA domain-containing protein  26.1 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519295 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2325  UspA domain protein  29.44 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  27.6 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  28.57 
 
 		 282 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3858  hypothetical protein  23.97 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4336  hypothetical protein  26.62 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0474832 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5472  UspA domain protein  27.49 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.814559 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6657  UspA domain protein  29.84 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45150  universal stress protein  29.25 
 
 		 271 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0418  universal stress protein uspA  26.99 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0327  UspA domain protein  25.67 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.81164 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2941  hypothetical protein  24.24 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  23.43 
 
 		 310 aa  72  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  23.73 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1425  UspA domain-containing protein  27.48 
 
 		 297 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4992  UspA domain-containing protein  28.23 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.969556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  24.76 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  24.76 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4804  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein-like protein  26.99 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.21431 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0288  UspA domain protein  30 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7039  UspA domain protein  26.04 
 
 		 298 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  36.05 
 
 		 150 aa  67.8  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0554  UspA domain-containing protein  27.49 
 
 		 265 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000788361 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3070  hypothetical protein  28.38 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0997  hypothetical protein  32.64 
 
 		 143 aa  67  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0966  hypothetical protein  32.64 
 
 		 143 aa  67  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4870  UspA domain-containing protein  27.91 
 
 		 276 aa  67  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4807  Universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein-like protein  25 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.839178 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1386  UspA domain-containing protein  27.46 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.65057 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1706  UspA domain protein  29.86 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.873691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1007  UspA domain protein  25.73 
 
 		 320 aa  65.9  0.0000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1933  UspA domain-containing protein  30.07 
 
 		 141 aa  65.1  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1009  UspA domain protein  26.28 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0923  UspA domain-containing protein  26.35 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.792635  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2559  UspA domain protein  27.52 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  24.03 
 
 		 316 aa  64.3  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5241  UspA domain protein  31.97 
 
 		 154 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.639442 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2014  UspA domain protein  25.76 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.494901 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3401  UspA domain protein  30.65 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  23.7 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1641  UspA domain-containing protein  23.71 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  23.38 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1945  UspA domain-containing protein  34.46 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1762  UspA domain-containing protein  26 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3831  UspA domain protein  25.5 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0656239  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1378  UspA domain-containing protein  27.6 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.406073 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1445  universal stress protein UspA  33.12 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0101  UspA domain protein  26.14 
 
 		 273 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0337  UspA domain protein  21.09 
 
 		 283 aa  62.4  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175107  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1792  UspA domain protein  31.72 
 
 		 158 aa  62  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  25.71 
 
 		 318 aa  62  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0289  UspA domain protein  24.66 
 
 		 289 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.503473 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1265  hypothetical protein  20.18 
 
 		 275 aa  62  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.995311  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2133  universal stress family protein  31.72 
 
 		 160 aa  62  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0954  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  34.46 
 
 		 141 aa  61.6  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2381  UspA domain protein  26.85 
 
 		 157 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.726392 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1097  hypothetical protein  25.41 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.185588  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2330  UspA domain protein  26.85 
 
 		 157 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4244  UspA domain protein  31.94 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.284447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1114  UspA domain-containing protein  25.41 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.98551 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4368  UspA domain protein  27.92 
 
 		 175 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.2229 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  25.77 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2198  hypothetical protein  34.48 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.76051  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3607  hypothetical protein  30.41 
 
 		 166 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.317801 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2415  UspA domain protein  37.09 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3327  UspA domain-containing protein  31.33 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.360261  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>