More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4434 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4434  UspA domain protein  100 
 
 
166 aa  332  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4567  UspA domain protein  100 
 
 
166 aa  332  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.233455  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0184  hypothetical protein  77.71 
 
 
166 aa  243  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1213  hypothetical protein  47.97 
 
 
151 aa  137  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166995  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3827  putative universal stress protein  48.7 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3201  hypothetical protein  44.22 
 
 
156 aa  127  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308557  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3346  hypothetical protein  44.67 
 
 
156 aa  125  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0885774  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4745  hypothetical protein  41.89 
 
 
151 aa  120  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.829975  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7012  UspA domain-containing protein  41.56 
 
 
156 aa  118  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.305575  normal  0.800144 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0052  universal stress protein  45.58 
 
 
155 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3150  UspA domain-containing protein  46.26 
 
 
155 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5009  UspA domain-containing protein  46.26 
 
 
156 aa  118  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4434  UspA domain-containing protein  44.14 
 
 
158 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.947422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4451  universal stress protein UspA  42.04 
 
 
161 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15852  normal  0.144884 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1185  universal stress protein  44.9 
 
 
155 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0038  universal stress family protein  44.9 
 
 
155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.98264  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0032  universal stress protein  44.9 
 
 
155 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1465  universal stress protein  44.9 
 
 
155 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3792  UspA domain protein  41.5 
 
 
151 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0038  universal stress protein  44.9 
 
 
155 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283622  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4869  UspA domain protein  41.5 
 
 
151 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0991837 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1117  UspA domain-containing protein  40 
 
 
156 aa  115  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.656052  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5580  UspA domain protein  43.24 
 
 
168 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88885  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0036  universal stress protein  44.9 
 
 
155 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5296  UspA domain-containing protein  43.45 
 
 
158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3137  universal stress protein  44.9 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1567  universal stress protein  41.72 
 
 
164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.84315  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4485  UspA domain-containing protein  44.14 
 
 
155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5121  hypothetical protein  44.14 
 
 
155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5738  UspA domain-containing protein  44.14 
 
 
155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.192477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1853  universal stress protein  46.26 
 
 
168 aa  110  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.499137  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5818  UspA domain-containing protein  41.45 
 
 
153 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0832063 
 
 
-
 
NC_003296  RS02117  hypothetical protein  39.04 
 
 
151 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1134  UspA domain-containing protein  40.76 
 
 
167 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4708  hypothetical protein  45.58 
 
 
147 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2036  universal stress protein (Usp)  46 
 
 
155 aa  106  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4273  UspA domain protein  41.03 
 
 
155 aa  105  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.664066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1811  hypothetical protein  43.62 
 
 
151 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21220  hypothetical protein  43.62 
 
 
151 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0179  hypothetical protein  39.74 
 
 
151 aa  100  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.096278 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6185  UspA domain-containing protein  37.84 
 
 
157 aa  100  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.552133  normal  0.212632 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5916  UspA domain-containing protein  38 
 
 
157 aa  100  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585154  normal  0.579135 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0607  putative universal stress-related protein  39.35 
 
 
155 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.135512 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5552  UspA domain-containing protein  39.6 
 
 
150 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0358862  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1206  hypothetical protein  41.33 
 
 
154 aa  99.4  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.670905  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4395  universal stress protein UspA  37.84 
 
 
164 aa  99.4  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1504  hypothetical protein  40.67 
 
 
151 aa  98.6  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0904  hypothetical protein  37.09 
 
 
157 aa  99  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.381712  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0442  universal stress protein  38.41 
 
 
200 aa  99  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4283  UspA domain-containing protein  40 
 
 
163 aa  99  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.126296 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2306  UspA domain-containing protein  41.72 
 
 
155 aa  98.6  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5582  UspA domain protein  42.67 
 
 
158 aa  97.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.285651  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5381  UspA domain-containing protein  37.66 
 
 
162 aa  97.8  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.122478 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4571  UspA domain protein  38.41 
 
 
151 aa  97.4  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0406402  normal  0.225072 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4438  UspA domain protein  38.41 
 
 
151 aa  97.4  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1859  putative universal stress protein  39.61 
 
 
157 aa  96.7  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3815  UspA domain-containing protein  38.51 
 
 
167 aa  97.1  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.911542  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5567  UspA domain protein  39.73 
 
 
152 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2298  UspA domain-containing protein  39.1 
 
 
164 aa  94.7  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178234  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6200  UspA domain-containing protein  39.31 
 
 
163 aa  94.7  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.371788  normal  0.304824 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1164  hypothetical protein  37.66 
 
 
153 aa  94  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1232  universal stress family protein  39.88 
 
 
164 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.736212  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0707  universal stress protein  39.88 
 
 
164 aa  93.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.531837  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2430  universal stress protein  39.88 
 
 
164 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1158  universal stress family protein  39.88 
 
 
164 aa  93.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2829  UspA domain protein  40 
 
 
169 aa  93.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0510043  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4298  hypothetical protein  37.74 
 
 
155 aa  93.2  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248208  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0755  universal stress protein  39.88 
 
 
164 aa  93.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1720  universal stress protein  39.88 
 
 
164 aa  93.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6467  UspA domain-containing protein  36.49 
 
 
159 aa  93.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.276818 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6198  UspA domain-containing protein  41.72 
 
 
156 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.53809 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5714  UspA domain-containing protein  38.06 
 
 
159 aa  93.2  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.445064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0916  hypothetical protein  37.27 
 
 
173 aa  92.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4281  UspA domain-containing protein  41.72 
 
 
156 aa  90.9  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0794331 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1440  hypothetical protein  38.56 
 
 
159 aa  90.5  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6388  UspA domain-containing protein  38.56 
 
 
159 aa  90.5  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.686835  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7052  UspA domain-containing protein  38.56 
 
 
159 aa  90.5  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5899  UspA domain-containing protein  39.49 
 
 
167 aa  90.5  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.642554  normal  0.144749 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6944  universal stress protein  38.56 
 
 
157 aa  90.1  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00046035  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1197  hypothetical protein  42.38 
 
 
151 aa  90.1  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0170  universal stress protein  37.09 
 
 
200 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4000  hypothetical protein  41.1 
 
 
156 aa  88.2  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4367  UspA domain-containing protein  41.1 
 
 
156 aa  88.2  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2628  universal stress family protein  37.09 
 
 
156 aa  87.8  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2771  universal stress protein  37.09 
 
 
156 aa  87.8  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.778243  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0144  universal stress protein  37.09 
 
 
156 aa  87.8  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1035  universal stress protein  37.09 
 
 
156 aa  87.8  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.883979  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1315  universal stress protein  37.09 
 
 
156 aa  87.8  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5987  UspA domain-containing protein  42.04 
 
 
156 aa  87.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1851  UspA domain-containing protein  36.05 
 
 
142 aa  85.5  3e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1311  UspA domain protein  33.33 
 
 
187 aa  85.5  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.519886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1761  hypothetical protein  39.47 
 
 
150 aa  84.7  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3776  UspA domain-containing protein  39.6 
 
 
157 aa  84.3  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.142255  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3773  UspA domain protein  35.85 
 
 
152 aa  84  8e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1925  UspA domain-containing protein  37.41 
 
 
144 aa  84  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3813  UspA domain-containing protein  38.16 
 
 
156 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.175974  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5869  UspA domain-containing protein  41.22 
 
 
148 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.135871  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4250  UspA domain-containing protein  38.26 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.216245  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1650  universal stress protein  40.12 
 
 
156 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.262714  normal  0.111079 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5551  UspA domain protein  34.69 
 
 
165 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.883405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>