More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1405 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1405  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  686    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0502817  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1929  RpiR family transcriptional regulator  81.75 
 
 		 358 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.434448  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1377  hypothetical protein  74.46 
 
 		 332 aa  403  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.478089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1250  transcriptional regulator, RpiR family  70.07 
 
 		 329 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.229543  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1316  transcriptional regulator, RpiR family  68.49 
 
 		 331 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.011222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1655  RpiR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 317 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0142  RpiR family transcriptional regulator  55.86 
 
 		 319 aa  322  5e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3100  RpiR family transcriptional regulator  55.86 
 
 		 319 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3133  transcriptional regulator, RpiR family  62.09 
 
 		 327 aa  315  6e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.98235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4228  RpiR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 316 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.679843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3000  transcriptional regulator, RpiR family  55.28 
 
 		 321 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1857  RpiR family transcriptional regulator  58.19 
 
 		 314 aa  309  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1772  RpiR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 314 aa  309  4e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0327  transcriptional regulator  57.84 
 
 		 314 aa  309  5e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0972  SIS domain-containing protein  57.49 
 
 		 320 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.104915  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1110  SIS domain-containing protein  55.41 
 
 		 311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157669  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0406  RpiR family transcriptional regulator  57.49 
 
 		 314 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1363  RpiR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 314 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0732987  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0235  RpiR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 314 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4588  RpiR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 324 aa  294  1e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0833  RpiR family transcriptional regulator  61.71 
 
 		 327 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.174249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4049  RpiR family transcriptional regulator  55.09 
 
 		 316 aa  288  9e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00364013  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3568  RpiR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 316 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00752039  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1870  RpiR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 338 aa  277  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0281509  normal  0.341017 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3356  RpiR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 314 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0600613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4429  RpiR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 314 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.882405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4206  RpiR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 314 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4160  RpiR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 314 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3246  RpiR family transcriptional regulator  49.1 
 
 		 312 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.960864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7330  transcriptional regulator  45.86 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.955105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3899  RpiR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0299116 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 309 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3607  RpiR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 325 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198061 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  31.72 
 
 		 287 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0624  RpiR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.768777  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 291 aa  126  6e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 291 aa  126  6e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  29.89 
 
 		 282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 299 aa  105  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  27.41 
 
 		 297 aa  104  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  35.4 
 
 		 333 aa  103  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  26.48 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  30.03 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 292 aa  93.2  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3275  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  27.49 
 
 		 287 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0499663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  29.05 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  28.57 
 
 		 285 aa  90.5  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2033  transcriptional regulator, RpiR family  31.6 
 
 		 290 aa  90.1  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.418875  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 293 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49920  Sugar isomerase (SIS)  26.1 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1541  RpiR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 266 aa  88.2  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000907266  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  25.98 
 
 		 274 aa  88.2  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  28.45 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  31.65 
 
 		 280 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  31.65 
 
 		 280 aa  86.7  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50020  Sugar isomerase (SIS)  25.3 
 
 		 309 aa  85.9  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 273 aa  85.9  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.59 
 
 		 289 aa  85.9  9e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  29.43 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4653  RpiR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 280 aa  85.9  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.562293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  25.57 
 
 		 272 aa  84.7  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1590  RpiR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000388341  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 285 aa  85.1  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.95 
 
 		 286 aa  84  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  30.18 
 
 		 281 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  26.64 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 280 aa  84  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0584  transcriptional regulator, RpiR family  28.41 
 
 		 288 aa  84  0.000000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  30.21 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 284 aa  83.2  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1021  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.62 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  30.86 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0986  RpiR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1059  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.62 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4203  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.62 
 
 		 290 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.988768  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  26.78 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.37 
 
 		 285 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1019  DNA-binding transcriptional regulator HexR  27.62 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4364  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.47 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  28.47 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  26.01 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  26.78 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  27.41 
 
 		 285 aa  80.1  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2796  RpiR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.37 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>