More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0985 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 511 aa  1048    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  45.98 
 
 		 518 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  45.78 
 
 		 518 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.89 
 
 		 514 aa  253  8.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 508 aa  223  7e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  30.43 
 
 		 508 aa  206  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  29.67 
 
 		 517 aa  201  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  30.04 
 
 		 508 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  31.36 
 
 		 524 aa  188  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 527 aa  184  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  30.83 
 
 		 525 aa  183  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  27.91 
 
 		 537 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  28.1 
 
 		 527 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 527 aa  178  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  29.54 
 
 		 521 aa  176  8e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  30.98 
 
 		 536 aa  173  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  30.06 
 
 		 502 aa  172  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  30.04 
 
 		 537 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 530 aa  169  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 		 531 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 536 aa  163  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  30.32 
 
 		 537 aa  163  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 		 528 aa  162  9e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.87 
 
 		 505 aa  161  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  29.23 
 
 		 534 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  29.45 
 
 		 521 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  29.31 
 
 		 537 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 535 aa  156  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 522 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  29.96 
 
 		 525 aa  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 530 aa  154  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 529 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.3 
 
 		 517 aa  152  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 		 528 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.71 
 
 		 529 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.36 
 
 		 529 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 523 aa  151  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 544 aa  150  6e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.55 
 
 		 532 aa  150  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  29.25 
 
 		 535 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 533 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  30.62 
 
 		 517 aa  146  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 		 533 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 		 522 aa  144  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 544 aa  143  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 530 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 530 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.59 
 
 		 539 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.18 
 
 		 524 aa  140  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 529 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.15 
 
 		 529 aa  140  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0263  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 		 516 aa  140  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0801202  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  27.33 
 
 		 533 aa  140  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.95 
 
 		 531 aa  140  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 526 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 527 aa  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 524 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 		 527 aa  137  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  27.13 
 
 		 515 aa  136  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 536 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4726  extracellular solute-binding protein  26.77 
 
 		 529 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 522 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 530 aa  135  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  26.91 
 
 		 514 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.88 
 
 		 520 aa  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 509 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.71 
 
 		 542 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 516 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 499 aa  130  8.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 568 aa  129  9.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 534 aa  129  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 531 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.49 
 
 		 508 aa  129  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 		 519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 544 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  30.53 
 
 		 519 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  27.64 
 
 		 514 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 514 aa  128  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 493 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 512 aa  127  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  27.99 
 
 		 501 aa  127  5e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 512 aa  127  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 512 aa  127  5e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 520 aa  127  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 512 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 523 aa  126  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 515 aa  125  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.75 
 
 		 495 aa  125  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  24.54 
 
 		 524 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0365  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30 
 
 		 521 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 530 aa  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 517 aa  125  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 535 aa  124  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  26.31 
 
 		 544 aa  124  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.75 
 
 		 544 aa  124  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5289  ABC transporter  30.89 
 
 		 517 aa  124  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0912186  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 534 aa  123  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 508 aa  124  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  26.08 
 
 		 503 aa  123  7e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>