More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0979 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
530 aa  1088    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  50.81 
 
 
544 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  48.17 
 
 
525 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  48.2 
 
 
530 aa  481  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  44.99 
 
 
524 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  42.7 
 
 
537 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  41.7 
 
 
537 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  41.81 
 
 
535 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  43.69 
 
 
517 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  43.13 
 
 
537 aa  442  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  43.11 
 
 
536 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 
536 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  41.51 
 
 
530 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  42.66 
 
 
527 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  41.6 
 
 
527 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  40.8 
 
 
525 aa  391  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  39.76 
 
 
529 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 
523 aa  370  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  38.42 
 
 
527 aa  368  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  38.69 
 
 
530 aa  363  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  41.68 
 
 
534 aa  361  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  40.5 
 
 
528 aa  352  7e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  41.63 
 
 
523 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  38.6 
 
 
531 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  38.43 
 
 
533 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  37.18 
 
 
533 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  37.1 
 
 
533 aa  326  7e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  37.92 
 
 
530 aa  325  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  37.43 
 
 
526 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  29.29 
 
 
517 aa  192  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  27.99 
 
 
508 aa  176  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 
524 aa  174  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 
508 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 
508 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.81 
 
 
518 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 
518 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 
527 aa  169  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  26.68 
 
 
537 aa  160  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  27.42 
 
 
521 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
511 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.51 
 
 
514 aa  142  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
503 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.29 
 
 
503 aa  134  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
515 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  29.52 
 
 
505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 
520 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  29.1 
 
 
520 aa  127  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 
520 aa  127  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  26.4 
 
 
520 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.4 
 
 
520 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
520 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
520 aa  124  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 
520 aa  123  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  25.47 
 
 
502 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
520 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
518 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
492 aa  120  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  25.37 
 
 
560 aa  120  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.29 
 
 
517 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  25.87 
 
 
551 aa  119  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 
516 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  24.9 
 
 
516 aa  118  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
516 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
522 aa  117  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.52 
 
 
520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.52 
 
 
520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.52 
 
 
520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.52 
 
 
520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 
521 aa  117  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.52 
 
 
520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.52 
 
 
520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  26.52 
 
 
520 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.51 
 
 
490 aa  116  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1920  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 
607 aa  116  8.999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.689476  normal  0.0152046 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 
517 aa  116  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  26.63 
 
 
514 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 
514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 
514 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
509 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  26.23 
 
 
520 aa  114  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.59 
 
 
510 aa  113  7.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  26.77 
 
 
516 aa  113  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  25.56 
 
 
516 aa  113  9e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 
493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  28.19 
 
 
516 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2405  extracellular solute-binding protein family 5  23.28 
 
 
518 aa  110  5e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  27.17 
 
 
512 aa  110  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.84 
 
 
508 aa  110  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  27.17 
 
 
512 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 
555 aa  109  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
512 aa  109  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 
494 aa  109  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  27.17 
 
 
512 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.3 
 
 
512 aa  109  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  27.17 
 
 
512 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  26.23 
 
 
508 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
517 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  28.07 
 
 
511 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  24.08 
 
 
520 aa  108  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>