More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5289 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5289  ABC transporter  100 
 
 		 517 aa  1064    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0912186  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1920  extracellular solute-binding protein  37.42 
 
 		 607 aa  354  2e-96  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.689476  normal  0.0152046 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  32.77 
 
 		 509 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.39 
 
 		 508 aa  176  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  32.3 
 
 		 508 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.61 
 
 		 520 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  31.63 
 
 		 528 aa  174  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.15 
 
 		 524 aa  172  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.57 
 
 		 517 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  29.41 
 
 		 532 aa  171  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  30.12 
 
 		 512 aa  171  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 509 aa  171  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  30.12 
 
 		 512 aa  170  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  30.12 
 
 		 512 aa  170  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  29.31 
 
 		 509 aa  170  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.88 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  30.17 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  29.64 
 
 		 512 aa  169  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  29.88 
 
 		 512 aa  169  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  29.88 
 
 		 512 aa  169  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  30.5 
 
 		 517 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  30.24 
 
 		 512 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  30.24 
 
 		 512 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 512 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  30.24 
 
 		 512 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  31.38 
 
 		 520 aa  167  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  30 
 
 		 512 aa  167  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  33.82 
 
 		 518 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.06 
 
 		 519 aa  165  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  29.84 
 
 		 521 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  31.49 
 
 		 520 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  34.01 
 
 		 493 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  31.65 
 
 		 517 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 505 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  29.23 
 
 		 493 aa  161  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 		 528 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 		 516 aa  161  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 564 aa  160  5e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  31.35 
 
 		 517 aa  160  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.45 
 
 		 534 aa  159  9e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  30.56 
 
 		 516 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  30.87 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  30.53 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  27.57 
 
 		 513 aa  159  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  30.87 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  30.87 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  30.87 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  30.87 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  30.87 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  29.4 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  30.87 
 
 		 520 aa  159  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 535 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 495 aa  157  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 		 520 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  30.56 
 
 		 502 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 520 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 520 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  28.87 
 
 		 502 aa  157  6e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  27.88 
 
 		 551 aa  156  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 		 535 aa  155  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.03 
 
 		 520 aa  155  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 		 522 aa  155  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.57 
 
 		 535 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 517 aa  154  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 492 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  30.03 
 
 		 520 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 519 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  28.75 
 
 		 509 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  27.39 
 
 		 514 aa  152  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 495 aa  152  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  26.38 
 
 		 513 aa  151  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  32.38 
 
 		 518 aa  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0187  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 529 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000120375 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 495 aa  151  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 		 555 aa  150  4e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  27.16 
 
 		 520 aa  150  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  24.32 
 
 		 521 aa  150  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.32 
 
 		 521 aa  149  8e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.32 
 
 		 521 aa  149  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.32 
 
 		 521 aa  149  8e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 521 aa  149  8e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.98 
 
 		 492 aa  149  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 		 512 aa  148  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 		 514 aa  148  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  27.7 
 
 		 532 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 489 aa  147  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  28.82 
 
 		 495 aa  147  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1189  4-phytase  28.64 
 
 		 523 aa  147  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  27.49 
 
 		 497 aa  147  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1751  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 538 aa  146  8.000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.0954392 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.38 
 
 		 479 aa  146  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  27.63 
 
 		 495 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  26.14 
 
 		 527 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  29.07 
 
 		 490 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  28.45 
 
 		 495 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  27.96 
 
 		 497 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>