More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1411 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  74.35 
 
 		 517 aa  780    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  86.92 
 
 		 536 aa  941    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  58.91 
 
 		 525 aa  652    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  82.01 
 
 		 535 aa  896    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  89.53 
 
 		 536 aa  967    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  78.95 
 
 		 537 aa  860    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  78.88 
 
 		 537 aa  882    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 537 aa  1100    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  59.6 
 
 		 530 aa  642    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  49.61 
 
 		 530 aa  539  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  49.9 
 
 		 527 aa  516  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  45.45 
 
 		 544 aa  457  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  42.6 
 
 		 530 aa  437  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  44.95 
 
 		 524 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  40.68 
 
 		 529 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  45.31 
 
 		 534 aa  412  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  42.63 
 
 		 533 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 		 531 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  42.15 
 
 		 525 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  41.62 
 
 		 527 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  39.49 
 
 		 533 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  43.93 
 
 		 528 aa  396  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  41.43 
 
 		 530 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  40.36 
 
 		 527 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  40.63 
 
 		 530 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 		 523 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  38.85 
 
 		 533 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 		 526 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  38.1 
 
 		 523 aa  355  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  28.95 
 
 		 517 aa  189  9e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 508 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 		 524 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  26.57 
 
 		 537 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  27.17 
 
 		 508 aa  171  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 527 aa  167  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  28.11 
 
 		 521 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  26.28 
 
 		 508 aa  160  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 511 aa  156  8e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.21 
 
 		 512 aa  139  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.96 
 
 		 518 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 518 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 		 505 aa  136  9e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.04 
 
 		 512 aa  130  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.04 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.04 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.04 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  26.14 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.65 
 
 		 514 aa  129  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.76 
 
 		 512 aa  127  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 545 aa  125  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  29.16 
 
 		 514 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.48 
 
 		 512 aa  124  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 512 aa  124  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.29 
 
 		 512 aa  123  9e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.29 
 
 		 512 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.29 
 
 		 512 aa  123  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  25.38 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.89 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.89 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  27.14 
 
 		 516 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  25.38 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  28.39 
 
 		 499 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 		 509 aa  121  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  27.8 
 
 		 504 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  25.52 
 
 		 513 aa  120  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  25.33 
 
 		 517 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  28.41 
 
 		 517 aa  120  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  28.41 
 
 		 521 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  24.83 
 
 		 513 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  25.15 
 
 		 512 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  28.75 
 
 		 514 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  25.52 
 
 		 495 aa  119  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.34 
 
 		 493 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 504 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2847  4-phytase  28 
 
 		 495 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640082  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.85 
 
 		 517 aa  117  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 		 550 aa  117  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.59 
 
 		 510 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.08 
 
 		 508 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  25.36 
 
 		 523 aa  115  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 493 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 516 aa  115  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9144  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  25.56 
 
 		 507 aa  114  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 511 aa  114  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 		 517 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 515 aa  113  9e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 520 aa  113  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  24.42 
 
 		 515 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 516 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  26.49 
 
 		 502 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 519 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.34 
 
 		 508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 525 aa  112  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  24 
 
 		 510 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.39 
 
 		 490 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  26.57 
 
 		 504 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  27.86 
 
 		 516 aa  111  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.24 
 
 		 520 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>