More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5253 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  78.95 
 
 		 537 aa  860    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  78.29 
 
 		 517 aa  814    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  82.34 
 
 		 536 aa  860    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  76.72 
 
 		 535 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  100 
 
 		 537 aa  1102    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  82.34 
 
 		 536 aa  862    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  61.57 
 
 		 525 aa  646    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  61.45 
 
 		 530 aa  640    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  93.06 
 
 		 537 aa  1016    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  50.3 
 
 		 530 aa  536  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  51.46 
 
 		 527 aa  519  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  43.63 
 
 		 530 aa  435  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  43.87 
 
 		 544 aa  431  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  44.47 
 
 		 524 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  43.8 
 
 		 531 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  40.04 
 
 		 529 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  42.14 
 
 		 533 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  44.11 
 
 		 534 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  42.75 
 
 		 528 aa  385  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  43.43 
 
 		 523 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  41.39 
 
 		 530 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  39.04 
 
 		 533 aa  378  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  41.12 
 
 		 525 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  39.66 
 
 		 533 aa  371  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  40.67 
 
 		 523 aa  369  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  39.55 
 
 		 527 aa  365  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  40.04 
 
 		 530 aa  361  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  38.45 
 
 		 527 aa  351  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  37.21 
 
 		 526 aa  347  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 508 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  29.19 
 
 		 524 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  29.26 
 
 		 517 aa  173  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  27.85 
 
 		 537 aa  170  6e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  28.28 
 
 		 521 aa  169  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 527 aa  169  9e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 511 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  26.14 
 
 		 508 aa  158  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  25.57 
 
 		 508 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.7 
 
 		 514 aa  146  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 509 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 508 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 		 518 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.53 
 
 		 518 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  24.2 
 
 		 512 aa  126  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 510 aa  124  4e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  27.1 
 
 		 516 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  29.5 
 
 		 499 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  25.7 
 
 		 505 aa  121  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.4 
 
 		 510 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 545 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  31.66 
 
 		 495 aa  118  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2226  extracellular solute-binding protein family 5  29.23 
 
 		 507 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.56 
 
 		 520 aa  116  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 522 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 550 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 541 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  27.47 
 
 		 514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 514 aa  115  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  30.1 
 
 		 517 aa  114  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 530 aa  113  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  27.46 
 
 		 523 aa  113  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.68 
 
 		 508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 		 511 aa  111  3e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2170  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 		 535 aa  111  3e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  27.57 
 
 		 533 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 526 aa  110  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 516 aa  110  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 501 aa  110  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  25.8 
 
 		 512 aa  110  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  25.91 
 
 		 509 aa  110  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 		 504 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  25.37 
 
 		 512 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 526 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 531 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  25.8 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  25.8 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 		 520 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  25.8 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  25.65 
 
 		 560 aa  108  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 504 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.97 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  27.74 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.21 
 
 		 519 aa  108  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  27.83 
 
 		 521 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.64 
 
 		 535 aa  107  6e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 503 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  29.18 
 
 		 562 aa  107  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.93 
 
 		 503 aa  107  8e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 509 aa  106  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 515 aa  107  8e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 		 518 aa  106  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 510 aa  106  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>