More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2961 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  66.91 
 
 		 538 aa  781    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 541 aa  1111    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0469  extracellular solute-binding protein family 5  46.15 
 
 		 552 aa  506  9.999999999999999e-143  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1448  extracellular solute-binding protein family 5  47.03 
 
 		 535 aa  506  9.999999999999999e-143  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  47.13 
 
 		 535 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2238  extracellular solute-binding protein family 5  46.31 
 
 		 534 aa  489  1e-137  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00707838  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1590  extracellular solute-binding protein family 5  47.85 
 
 		 530 aa  479  1e-134  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  44.73 
 
 		 534 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2743  extracellular solute-binding protein family 5  43.91 
 
 		 542 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000076574  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0586  extracellular solute-binding protein family 5  44.01 
 
 		 544 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0267  extracellular solute-binding protein family 5  41.48 
 
 		 538 aa  442  1e-123  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  42.44 
 
 		 545 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1588  extracellular solute-binding protein family 5  43.09 
 
 		 533 aa  429  1e-119  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2023  extracellular solute-binding protein family 5  42 
 
 		 531 aa  425  1e-117  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0292401  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  40.26 
 
 		 550 aa  422  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1602  extracellular solute-binding protein family 5  41.49 
 
 		 534 aa  420  1e-116  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1803  extracellular solute-binding protein family 5  40.45 
 
 		 537 aa  411  1e-113  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551859  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0603  extracellular solute-binding protein family 5  39.59 
 
 		 534 aa  403  1e-111  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2024  extracellular solute-binding protein family 5  40.15 
 
 		 536 aa  393  1e-108  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000427312  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2742  extracellular solute-binding protein family 5  37.29 
 
 		 541 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2170  extracellular solute-binding protein family 5  41.62 
 
 		 535 aa  392  1e-107  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0728  extracellular solute-binding protein family 5  38.45 
 
 		 535 aa  345  1e-93  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  36.63 
 
 		 544 aa  342  9e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  35.27 
 
 		 543 aa  334  2e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  37.53 
 
 		 533 aa  329  6e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  39.07 
 
 		 536 aa  329  9e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  36.45 
 
 		 544 aa  327  3e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  36.05 
 
 		 555 aa  325  1e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  36.05 
 
 		 547 aa  323  4e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3843  extracellular solute-binding protein family 5  33.95 
 
 		 530 aa  320  3.9999999999999996e-86  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0512301  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  36.58 
 
 		 545 aa  320  5e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 		 532 aa  320  6e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  34.91 
 
 		 556 aa  319  7.999999999999999e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  34.86 
 
 		 547 aa  317  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  37.47 
 
 		 526 aa  317  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.79 
 
 		 543 aa  316  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 		 542 aa  316  6e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  35.78 
 
 		 537 aa  315  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.59 
 
 		 543 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2438  extracellular solute-binding protein  33.96 
 
 		 526 aa  315  9.999999999999999e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  38.01 
 
 		 526 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.59 
 
 		 543 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.59 
 
 		 543 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  35.59 
 
 		 543 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  34.15 
 
 		 556 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  34.78 
 
 		 543 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  35.59 
 
 		 537 aa  312  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  35.59 
 
 		 537 aa  312  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  35.59 
 
 		 537 aa  312  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  34.78 
 
 		 543 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  35.59 
 
 		 537 aa  312  1e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.78 
 
 		 543 aa  311  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 		 537 aa  312  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  35.59 
 
 		 537 aa  312  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.78 
 
 		 543 aa  311  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  35.59 
 
 		 537 aa  312  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.78 
 
 		 558 aa  312  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  34.78 
 
 		 558 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3842  extracellular solute-binding protein family 5  32.59 
 
 		 535 aa  311  2e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.298652  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 		 549 aa  311  2e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  34.78 
 
 		 558 aa  311  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  34.31 
 
 		 543 aa  311  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  35.18 
 
 		 533 aa  311  2e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.78 
 
 		 558 aa  311  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2027  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  35.26 
 
 		 555 aa  310  4e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.197641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.58 
 
 		 543 aa  310  5e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  35.4 
 
 		 537 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  34.43 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  34.67 
 
 		 545 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  34.85 
 
 		 558 aa  307  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  34.67 
 
 		 545 aa  307  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  34.67 
 
 		 525 aa  307  4.0000000000000004e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  35.03 
 
 		 532 aa  306  5.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  34.08 
 
 		 545 aa  306  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  36.25 
 
 		 537 aa  306  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  36.25 
 
 		 537 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  36.22 
 
 		 538 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  34.79 
 
 		 544 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  36.25 
 
 		 537 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  36.25 
 
 		 537 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  36.05 
 
 		 537 aa  304  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2148  extracellular solute-binding protein  36.42 
 
 		 538 aa  304  3.0000000000000004e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  33.46 
 
 		 525 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  35.64 
 
 		 554 aa  303  7.000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  34.62 
 
 		 545 aa  302  9e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2286  extracellular solute-binding protein family 5  35.43 
 
 		 545 aa  301  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.137787  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  33.33 
 
 		 525 aa  301  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0174  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 536 aa  300  4e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0190  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  32.58 
 
 		 536 aa  300  5e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0189  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  32.58 
 
 		 536 aa  300  5e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0214  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.77 
 
 		 536 aa  300  6e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.58 
 
 		 536 aa  299  8e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0190  extracellular solute-binding protein  33.08 
 
 		 533 aa  298  1e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2243  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 563 aa  298  2e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00498684  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0592  extracellular solute-binding protein  33.81 
 
 		 545 aa  298  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0233  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.39 
 
 		 536 aa  298  2e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.39 
 
 		 536 aa  297  3e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5110  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.58 
 
 		 536 aa  297  3e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  33.4 
 
 		 536 aa  297  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  32.43 
 
 		 539 aa  297  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>