More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1499 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 524 aa  1072    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  46.4 
 
 		 544 aa  464  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  46.36 
 
 		 530 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  44.95 
 
 		 537 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  44.17 
 
 		 535 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  46.23 
 
 		 536 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  45.63 
 
 		 536 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  43.86 
 
 		 530 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  43.47 
 
 		 525 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  44.47 
 
 		 537 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  44.03 
 
 		 537 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  45.49 
 
 		 517 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  38.83 
 
 		 527 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  38.97 
 
 		 530 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 		 529 aa  354  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  37.73 
 
 		 525 aa  321  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  36.71 
 
 		 533 aa  318  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  36.22 
 
 		 527 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 		 530 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 		 531 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  35.91 
 
 		 533 aa  309  9e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  35.63 
 
 		 530 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  36.96 
 
 		 533 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  35.17 
 
 		 534 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  37.03 
 
 		 526 aa  297  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  33.95 
 
 		 527 aa  297  4e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  34.53 
 
 		 528 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 523 aa  269  8e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 		 523 aa  265  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  30.28 
 
 		 517 aa  180  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 508 aa  153  8e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.91 
 
 		 510 aa  152  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  27.7 
 
 		 508 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  25.56 
 
 		 524 aa  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 508 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.95 
 
 		 514 aa  144  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 527 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  25.51 
 
 		 505 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  25.57 
 
 		 521 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  28.27 
 
 		 513 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 513 aa  139  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 519 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  24.52 
 
 		 537 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  26.26 
 
 		 517 aa  136  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1926  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 518 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.293523  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 511 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.67 
 
 		 517 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 512 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 512 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 512 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.67 
 
 		 520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 520 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 510 aa  131  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  25.87 
 
 		 521 aa  131  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 509 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 518 aa  130  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  25.8 
 
 		 516 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  31.9 
 
 		 516 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.2 
 
 		 517 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.37 
 
 		 518 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 518 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.67 
 
 		 508 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 513 aa  123  8e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 		 494 aa  123  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  24.21 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  25.45 
 
 		 508 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 		 510 aa  121  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 512 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  27.61 
 
 		 520 aa  120  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.71 
 
 		 512 aa  120  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.71 
 
 		 512 aa  120  6e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.71 
 
 		 512 aa  120  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  29.86 
 
 		 506 aa  119  9e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  25.23 
 
 		 509 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  24.61 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 511 aa  119  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.71 
 
 		 512 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  25.51 
 
 		 512 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.27 
 
 		 540 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 520 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  25.51 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  28.61 
 
 		 516 aa  118  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  25.51 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 518 aa  117  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 503 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 503 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  29.43 
 
 		 502 aa  116  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  25.3 
 
 		 545 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  26.41 
 
 		 514 aa  116  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.1 
 
 		 493 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  26.2 
 
 		 541 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 		 514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  24.89 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 		 517 aa  115  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 492 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>