More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5251 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  77.61 
 
 
537 aa  833    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  78.1 
 
 
537 aa  829    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  72.87 
 
 
537 aa  783    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
517 aa  1061    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  75.2 
 
 
536 aa  793    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  72.58 
 
 
535 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  73.81 
 
 
536 aa  786    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  57.2 
 
 
530 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  56.56 
 
 
525 aa  580  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  52.34 
 
 
527 aa  548  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  49.24 
 
 
530 aa  521  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  44.75 
 
 
544 aa  445  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  43.71 
 
 
530 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  45.29 
 
 
524 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  43.03 
 
 
525 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  43.03 
 
 
531 aa  405  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  44.51 
 
 
534 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  43.44 
 
 
528 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  41.43 
 
 
529 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  42.16 
 
 
533 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  43.82 
 
 
523 aa  392  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  41.65 
 
 
527 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  39.88 
 
 
533 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  39.73 
 
 
533 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 
527 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  40.67 
 
 
530 aa  372  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  39.17 
 
 
523 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  39.72 
 
 
530 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 
526 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 
508 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  28.88 
 
 
537 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  29.22 
 
 
517 aa  174  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  28.69 
 
 
524 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  28.9 
 
 
521 aa  166  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  28.48 
 
 
508 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  28.07 
 
 
508 aa  163  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
527 aa  161  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
511 aa  153  8e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.14 
 
 
518 aa  143  8e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 
518 aa  143  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.34 
 
 
514 aa  141  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  26.65 
 
 
512 aa  130  6e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  30.64 
 
 
509 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  30.26 
 
 
508 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  26.73 
 
 
516 aa  124  5e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  28.63 
 
 
514 aa  123  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 
523 aa  121  3e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 
499 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 
514 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.62 
 
 
510 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  27.45 
 
 
504 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 
510 aa  120  9e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.05 
 
 
508 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  25.82 
 
 
560 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.62 
 
 
503 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  27.39 
 
 
504 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 
503 aa  118  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
534 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  27.29 
 
 
495 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 
519 aa  114  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  24.76 
 
 
505 aa  114  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 
535 aa  114  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 
535 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 
494 aa  113  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 
522 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.74 
 
 
520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
517 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 
515 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  25.23 
 
 
534 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
510 aa  111  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2226  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 
507 aa  110  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.03 
 
 
541 aa  110  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 
502 aa  110  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 
489 aa  110  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2701  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 
534 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
526 aa  110  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 
520 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  28.65 
 
 
562 aa  109  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.91 
 
 
535 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.43 
 
 
509 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 
551 aa  108  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  24.07 
 
 
531 aa  108  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  25.87 
 
 
514 aa  108  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 
533 aa  108  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 
492 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.53 
 
 
492 aa  107  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.53 
 
 
479 aa  107  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 
530 aa  107  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  24.91 
 
 
509 aa  107  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 
529 aa  107  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  25.37 
 
 
529 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 
537 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 
493 aa  106  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  28.47 
 
 
512 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3804  extracellular solute-binding protein  28.11 
 
 
501 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000726853  hitchhiker  0.0000406829 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
512 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  25.91 
 
 
517 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
512 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
512 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
500 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>