More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4022 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  59.6 
 
 		 530 aa  638    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  89.53 
 
 		 537 aa  998    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  79.96 
 
 		 537 aa  868    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  79.14 
 
 		 537 aa  883    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  93.28 
 
 		 536 aa  1006    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  86.5 
 
 		 535 aa  919    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  58.27 
 
 		 525 aa  637    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 536 aa  1099    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  74.05 
 
 		 517 aa  786    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  49.81 
 
 		 530 aa  544  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  50.1 
 
 		 527 aa  516  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  46.03 
 
 		 544 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 		 530 aa  433  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  45.68 
 
 		 524 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  42.99 
 
 		 533 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  41.56 
 
 		 529 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  44.91 
 
 		 534 aa  401  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 		 531 aa  398  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 		 530 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  41.49 
 
 		 525 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  39.49 
 
 		 533 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  41.23 
 
 		 527 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  42.58 
 
 		 528 aa  381  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  42.94 
 
 		 523 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  38.78 
 
 		 533 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 		 527 aa  363  6e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  39.12 
 
 		 526 aa  362  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  39.81 
 
 		 530 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 		 523 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 508 aa  182  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  29.29 
 
 		 517 aa  182  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  27.41 
 
 		 537 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  29.19 
 
 		 521 aa  172  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  28.74 
 
 		 524 aa  167  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  27.88 
 
 		 508 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  27.49 
 
 		 508 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 511 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 527 aa  159  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  27.34 
 
 		 509 aa  135  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.35 
 
 		 514 aa  134  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25.99 
 
 		 512 aa  133  6e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.72 
 
 		 518 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 518 aa  134  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  27.94 
 
 		 508 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 510 aa  125  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.68 
 
 		 510 aa  125  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 513 aa  123  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  28.48 
 
 		 514 aa  124  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.18 
 
 		 517 aa  123  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 516 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 513 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.38 
 
 		 495 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 493 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 		 541 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  25.84 
 
 		 523 aa  121  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  27.12 
 
 		 522 aa  120  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.37 
 
 		 508 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.08 
 
 		 503 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 514 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  25.6 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 		 503 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 511 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  27.09 
 
 		 521 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 		 545 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 		 504 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  27.09 
 
 		 517 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 520 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 526 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 510 aa  117  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 517 aa  117  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.94 
 
 		 512 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  28.04 
 
 		 504 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  28.46 
 
 		 499 aa  116  7.999999999999999e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.07 
 
 		 517 aa  117  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  26.76 
 
 		 512 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.76 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.76 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.76 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 517 aa  113  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 522 aa  113  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.51 
 
 		 520 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 515 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.15 
 
 		 519 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  25.24 
 
 		 502 aa  111  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  25.82 
 
 		 532 aa  111  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 		 500 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 		 534 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  25.25 
 
 		 531 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.88 
 
 		 520 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  26.09 
 
 		 560 aa  110  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 		 517 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  29.23 
 
 		 495 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 534 aa  110  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.35 
 
 		 516 aa  110  7.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 		 538 aa  110  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  27.13 
 
 		 551 aa  110  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 492 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 		 502 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.86 
 
 		 512 aa  109  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>