More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0934 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 537 aa  1103    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  90.98 
 
 		 521 aa  962    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  77.24 
 
 		 524 aa  777    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  72.46 
 
 		 527 aa  776    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  47.34 
 
 		 508 aa  495  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  47.8 
 
 		 508 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  47 
 
 		 508 aa  481  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  47.5 
 
 		 517 aa  477  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  29.92 
 
 		 527 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  29.77 
 
 		 518 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.77 
 
 		 518 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.17 
 
 		 514 aa  186  9e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  28.08 
 
 		 525 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 		 527 aa  179  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.77 
 
 		 517 aa  177  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 530 aa  177  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  27.07 
 
 		 544 aa  176  7e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  27.98 
 
 		 525 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 511 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 527 aa  174  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  27.1 
 
 		 537 aa  174  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 536 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 		 536 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 537 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  27.85 
 
 		 537 aa  170  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  27.14 
 
 		 529 aa  167  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 535 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 530 aa  160  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  26.04 
 
 		 533 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 530 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 530 aa  157  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 528 aa  145  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 526 aa  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 533 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 531 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 523 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 523 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 524 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  25.05 
 
 		 534 aa  133  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  26.14 
 
 		 521 aa  133  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 533 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  25.87 
 
 		 520 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 530 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 514 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 517 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  25.34 
 
 		 514 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  27.37 
 
 		 505 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.2 
 
 		 509 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.12 
 
 		 502 aa  123  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0263  extracellular solute-binding protein family 5  25.53 
 
 		 516 aa  121  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0801202  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 520 aa  121  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  25.55 
 
 		 495 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.2 
 
 		 517 aa  117  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4726  extracellular solute-binding protein  23.09 
 
 		 529 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 512 aa  115  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 512 aa  115  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 512 aa  115  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0145  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 		 552 aa  113  8.000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  28.18 
 
 		 502 aa  113  9e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 519 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 518 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.79 
 
 		 510 aa  111  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 520 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  27.32 
 
 		 544 aa  110  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 528 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  26.23 
 
 		 522 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 494 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  23.29 
 
 		 520 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  24.35 
 
 		 532 aa  107  7e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  26.57 
 
 		 504 aa  107  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 		 513 aa  107  8e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 520 aa  107  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2847  4-phytase  26.68 
 
 		 495 aa  106  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640082  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1380  substate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  25.1 
 
 		 517 aa  106  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  25.41 
 
 		 504 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  23.82 
 
 		 535 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  25.86 
 
 		 516 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3353  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 520 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.587262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 489 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  23.09 
 
 		 520 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.81 
 
 		 534 aa  105  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.13 
 
 		 531 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 521 aa  105  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.9 
 
 		 529 aa  105  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 520 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4163  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 520 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0633493  decreased coverage  0.00226863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  24.32 
 
 		 513 aa  105  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  24.46 
 
 		 520 aa  104  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 		 490 aa  104  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  24.17 
 
 		 514 aa  104  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  23.43 
 
 		 520 aa  104  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 		 512 aa  103  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  25.14 
 
 		 514 aa  103  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 		 521 aa  103  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 		 500 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.9 
 
 		 528 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  24.85 
 
 		 517 aa  103  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  25.2 
 
 		 504 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 498 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>