More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1214 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 524 aa  1075    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  73.44 
 
 		 537 aa  794    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  76.02 
 
 		 521 aa  797    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  91.97 
 
 		 527 aa  974    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  51.87 
 
 		 508 aa  524  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  51.48 
 
 		 508 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  49.31 
 
 		 508 aa  511  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  47.84 
 
 		 517 aa  494  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  31.13 
 
 		 518 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  31.13 
 
 		 518 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.94 
 
 		 514 aa  200  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 		 511 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  30.12 
 
 		 527 aa  194  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 		 530 aa  193  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  29.06 
 
 		 537 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  27.55 
 
 		 544 aa  189  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  29.43 
 
 		 537 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 		 537 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  29.35 
 
 		 525 aa  186  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 527 aa  186  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 		 530 aa  179  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  29.76 
 
 		 536 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 		 535 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  27.63 
 
 		 533 aa  179  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  28.69 
 
 		 517 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 		 527 aa  178  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 536 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  27.63 
 
 		 525 aa  174  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 		 533 aa  173  9e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 529 aa  169  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 		 530 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 530 aa  163  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 524 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 526 aa  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 528 aa  154  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 531 aa  152  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.85 
 
 		 505 aa  150  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 523 aa  150  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  28.17 
 
 		 514 aa  150  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 		 514 aa  148  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  26.43 
 
 		 534 aa  143  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 530 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.31 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  27.82 
 
 		 521 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 		 523 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 517 aa  139  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.26 
 
 		 509 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 528 aa  137  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 512 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 512 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 512 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.6 
 
 		 495 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4726  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 529 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  30.25 
 
 		 502 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  26.91 
 
 		 522 aa  131  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  26.45 
 
 		 513 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 515 aa  127  7e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 519 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0145  extracellular solute-binding protein family 5  25.26 
 
 		 552 aa  125  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  25.26 
 
 		 518 aa  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1224  extracellular solute-binding protein family 5  25.89 
 
 		 544 aa  125  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0137957 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 532 aa  124  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 534 aa  123  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 520 aa  124  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.27 
 
 		 535 aa  123  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.1 
 
 		 510 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  25.8 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 529 aa  120  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 		 513 aa  119  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.37 
 
 		 529 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3003  extracellular solute-binding protein family 5  26.64 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0263  extracellular solute-binding protein family 5  24.61 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0801202  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.05 
 
 		 528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1319  extracellular solute-binding protein family 5  27.56 
 
 		 521 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0396363  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.37 
 
 		 528 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.05 
 
 		 528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1253  extracellular solute-binding protein family 5  27.36 
 
 		 517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245274  normal  0.49371 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.37 
 
 		 528 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.45 
 
 		 529 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 489 aa  119  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.45 
 
 		 528 aa  118  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.25 
 
 		 528 aa  117  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  26.71 
 
 		 516 aa  117  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 494 aa  117  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4591  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 517 aa  117  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0777489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 517 aa  116  8.999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 519 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 510 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 516 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  25.95 
 
 		 523 aa  114  6e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.47 
 
 		 520 aa  114  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 520 aa  114  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4052  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 520 aa  114  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.544759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  26.68 
 
 		 531 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  27.1 
 
 		 504 aa  113  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>