158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1921 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1921  putative tail fiber-related protein  100 
 
 		 554 aa  1110    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4042  Phage-related tail fibre protein-like protein  55.48 
 
 		 714 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.332758  hitchhiker  0.00000000000267654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3398  tail fiber protein H, putative  54.19 
 
 		 689 aa  319  7e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87622  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1143  Phage tail Collar  48.39 
 
 		 817 aa  279  9e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0764  hypothetical protein  56.1 
 
 		 399 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0940  tail fiber domain-containing protein  40.3 
 
 		 583 aa  184  3e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2345  hypothetical protein  58.17 
 
 		 479 aa  184  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00845  hypothetical protein  54.65 
 
 		 540 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00851  hypothetical protein  54.65 
 
 		 540 aa  181  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2761  Phage-related tail fibre protein-like protein  59.48 
 
 		 473 aa  182  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2656  tail fiber repeat 2 protein  56.6 
 
 		 660 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3191  Phage-related tail fibre protein-like protein  55.13 
 
 		 697 aa  179  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1823  Tail Collar domain protein  56.77 
 
 		 401 aa  177  5e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112044  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3816  Tail Collar domain protein  54.25 
 
 		 498 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3033  tail fiber domain-containing protein  57.52 
 
 		 561 aa  169  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000290271 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1384  Phage-related tail fibre protein-like protein  51.88 
 
 		 504 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44271  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2850  tail fiber domain protein  55.56 
 
 		 588 aa  167  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3484  phage tail collar domain-containing protein  51.63 
 
 		 340 aa  166  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4029  Phage-related tail fibre protein-like protein  53.59 
 
 		 419 aa  166  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4027  Tail Collar domain protein  53.59 
 
 		 646 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3818  Tail Collar domain protein  55.56 
 
 		 557 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4025  Tail Collar domain protein  50.31 
 
 		 371 aa  164  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3035  phage Tail Collar domain protein  48.72 
 
 		 399 aa  162  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4031  Tail Collar domain protein  52.94 
 
 		 485 aa  161  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4024  Phage-related tail fibre protein-like protein  52.17 
 
 		 452 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4341  putative phage tail fiber protein  51.47 
 
 		 673 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0213021 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4381  gp19  51.56 
 
 		 580 aa  137  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427744  hitchhiker  0.000225609 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0865  tail fiber repeat 2-containing protein  38.89 
 
 		 554 aa  136  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0127303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1941  gpH  46.53 
 
 		 570 aa  136  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3306  phage tail collar domain-containing protein  44.02 
 
 		 483 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377169  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1692  hypothetical protein  50 
 
 		 225 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.705113  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08050  putative tail fiber protein  28.12 
 
 		 691 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383442  hitchhiker  0.000557531 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4452  tail fiber domain protein  41.83 
 
 		 581 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0685  putative tail fiber protein  37.39 
 
 		 654 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.906879  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5071  putative tail fiber protein  37.39 
 
 		 654 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795659  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4536  tail fiber domain-containing protein  41.18 
 
 		 552 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.371688 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3650  Phage-related tail fibre protein-like protein  33.72 
 
 		 251 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4537  gp19  41.18 
 
 		 493 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2930  prophage MuMc02, head decoration protein, putative  52.8 
 
 		 466 aa  114  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0100371  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1289  putative variable tail fibre protein  41.25 
 
 		 242 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.314975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4480  tail collar domain-containing protein  42.31 
 
 		 492 aa  103  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.648631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2490  hypothetical protein  43.07 
 
 		 745 aa  95.9  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1619  tail fiber-related protein  33 
 
 		 205 aa  95.5  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0820088  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1305  tail fiber protein, putative  39.16 
 
 		 505 aa  87  8e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000211042 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0745  hypothetical protein  35.93 
 
 		 387 aa  86.3  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.106262 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0238  hypothetical protein  46.07 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0701154  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4853  hypothetical protein  43.55 
 
 		 536 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0231  tail fiber protein H, putative  34.96 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.218449  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3393  tail fiber protein, putative  36.31 
 
 		 519 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3032  tail Collar domain protein  40.76 
 
 		 176 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000835332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2758  tail collar domain-containing protein  52.44 
 
 		 177 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2442  Tail Collar domain protein  61.9 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2197  hypothetical protein  45.45 
 
 		 5203 aa  77  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37440  Phage P2 tail fiber gpH-like protein  35.06 
 
 		 299 aa  76.6  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00848  bacteriophage tail fiber protein  36.13 
 
 		 179 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00854  hypothetical protein  36.13 
 
 		 180 aa  75.9  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2573  Tail Collar domain protein  66.67 
 
 		 300 aa  75.9  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.364818 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1068  hypothetical protein  50.52 
 
 		 5166 aa  75.1  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1817  Tail Collar domain protein  36.96 
 
 		 196 aa  73.9  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.386449  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0519  Tail Collar domain protein  64.15 
 
 		 443 aa  72.8  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2198  tail collar domain-containing protein  32.56 
 
 		 402 aa  72  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.23854  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1862  phage tail collar domain-containing protein  35.71 
 
 		 735 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5676  tail collar domain-containing protein  55.88 
 
 		 414 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.204656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2097  Tail Collar domain protein  33.57 
 
 		 183 aa  68.6  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1577  Tail Collar domain protein  35.06 
 
 		 682 aa  68.2  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2492  Tail Collar domain protein  50.72 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136013  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1062  Tail Collar domain protein  33.12 
 
 		 530 aa  67.4  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1333  phage-related tail fiber protein  32.81 
 
 		 790 aa  67  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2736  Tail Collar domain protein  32.28 
 
 		 689 aa  66.6  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2731  tail collar domain-containing protein  35.71 
 
 		 259 aa  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.594625  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1819  Tail Collar domain protein  36.08 
 
 		 166 aa  66.2  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1476  tail collar domain-containing protein  35.71 
 
 		 259 aa  65.9  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.736982 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1537  Tail Collar domain protein  31.33 
 
 		 621 aa  65.5  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0703  Tail Collar domain protein  48.65 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1223  hypothetical protein  41.82 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.241489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1106  Tail Collar domain protein  49.09 
 
 		 368 aa  62  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5767  putative phage tail Collar domain  53.85 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.573891 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01348  hypothetical protein  58.14 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106689  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4047  phage tail collar domain-containing protein  43.06 
 
 		 180 aa  57.4  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1283  phage-related tail fiber protein  36.79 
 
 		 414 aa  56.6  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1013  tail collar domain-containing protein  34.62 
 
 		 387 aa  56.6  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1250  tail collar domain-containing protein  34.62 
 
 		 414 aa  56.6  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0566  Tail Collar domain protein  41.18 
 
 		 270 aa  54.7  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4006  tail fiber protein H, putative  52.94 
 
 		 808 aa  53.9  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1749  Tail Collar domain protein  56 
 
 		 261 aa  53.9  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.45338  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0471  Tail Collar domain protein  41.56 
 
 		 246 aa  53.9  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2493  Tail Collar domain protein  49.09 
 
 		 81 aa  53.9  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2214  hypothetical protein  32 
 
 		 382 aa  53.9  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2872  microcystin dependent  42.65 
 
 		 179 aa  53.5  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000497886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1166  hypothetical protein  38.82 
 
 		 364 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2380  Phage-related tail fibre protein-like  34.19 
 
 		 590 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335162  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0117  hypothetical protein  43.28 
 
 		 177 aa  52  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  0.412841 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1338  Tail Collar domain protein  41.98 
 
 		 173 aa  52  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2297  phage-related tail fibre protein-like protein  30.07 
 
 		 525 aa  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.364157  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0674  tail collar domain-containing protein  42.22 
 
 		 195 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.855114  hitchhiker  0.003962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0185  microcystin dependent protein  37 
 
 		 176 aa  51.2  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1350  phage tail collar domain-containing protein  44.78 
 
 		 177 aa  50.8  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0298  putative tail fiber protein  32.14 
 
 		 264 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.991261  normal  0.467938 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4424  hypothetical protein  40.85 
 
 		 181 aa  50.8  0.00007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5802  tail collar domain-containing protein  48.21 
 
 		 166 aa  50.4  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435853 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>