45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1289 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1289  putative variable tail fibre protein  100 
 
 
242 aa  478  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.314975 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3306  phage tail collar domain-containing protein  47 
 
 
483 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377169  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3191  Phage-related tail fibre protein-like protein  39.2 
 
 
697 aa  132  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4341  putative phage tail fiber protein  34.63 
 
 
673 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0213021 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3035  phage Tail Collar domain protein  35.56 
 
 
399 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110884 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2761  Phage-related tail fibre protein-like protein  37.85 
 
 
473 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00851  hypothetical protein  36.65 
 
 
540 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00845  hypothetical protein  36.65 
 
 
540 aa  118  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2850  tail fiber domain protein  37.18 
 
 
588 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3033  tail fiber domain-containing protein  38.25 
 
 
561 aa  109  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000290271 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1921  putative tail fiber-related protein  41.25 
 
 
554 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2656  tail fiber repeat 2 protein  38.92 
 
 
660 aa  105  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0940  tail fiber domain-containing protein  35.47 
 
 
583 aa  105  6e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1823  Tail Collar domain protein  39.53 
 
 
401 aa  105  9e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112044  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2345  hypothetical protein  35.4 
 
 
479 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1143  Phage tail Collar  35 
 
 
817 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514331  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3484  phage tail collar domain-containing protein  37.31 
 
 
340 aa  102  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4537  gp19  37.66 
 
 
493 aa  101  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4536  tail fiber domain-containing protein  37.66 
 
 
552 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371688 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1941  gpH  37.44 
 
 
570 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1384  Phage-related tail fibre protein-like protein  34.15 
 
 
504 aa  99.8  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44271  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3816  Tail Collar domain protein  38.16 
 
 
498 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4381  gp19  40.28 
 
 
580 aa  99  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427744  hitchhiker  0.000225609 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1305  tail fiber protein, putative  34.76 
 
 
505 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000211042 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4027  Tail Collar domain protein  39.6 
 
 
646 aa  99  7e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4029  Phage-related tail fibre protein-like protein  39.6 
 
 
419 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4452  tail fiber domain protein  32.66 
 
 
581 aa  96.7  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0764  hypothetical protein  39.19 
 
 
399 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3398  tail fiber protein H, putative  35.87 
 
 
689 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4031  Tail Collar domain protein  40.54 
 
 
485 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0865  tail fiber repeat 2-containing protein  33.63 
 
 
554 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0127303 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4025  Tail Collar domain protein  40.69 
 
 
371 aa  89.7  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3818  Tail Collar domain protein  39.47 
 
 
557 aa  90.1  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4042  Phage-related tail fibre protein-like protein  36.84 
 
 
714 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.332758  hitchhiker  0.00000000000267654 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3650  Phage-related tail fibre protein-like protein  36.49 
 
 
251 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4024  Phage-related tail fibre protein-like protein  38.4 
 
 
452 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3393  tail fiber protein, putative  36.05 
 
 
519 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2214  hypothetical protein  31.69 
 
 
382 aa  72  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1619  tail fiber-related protein  34 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0820088  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08050  putative tail fiber protein  32.58 
 
 
691 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383442  hitchhiker  0.000557531 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37440  Phage P2 tail fiber gpH-like protein  32.84 
 
 
299 aa  68.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0231  tail fiber protein H, putative  26.97 
 
 
359 aa  67  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.218449  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2297  phage-related tail fibre protein-like protein  29.17 
 
 
525 aa  56.2  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.364157  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0691  hypothetical protein  41.77 
 
 
340 aa  51.2  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0096  putative phage tail protein  52.08 
 
 
962 aa  45.4  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  2.12465e-28 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>