52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3398 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3398  tail fiber protein H, putative  100 
 
 
689 aa  1387    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4042  Phage-related tail fibre protein-like protein  66.87 
 
 
714 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.332758  hitchhiker  0.00000000000267654 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1921  putative tail fiber-related protein  54.19 
 
 
554 aa  296  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1143  Phage tail Collar  49.37 
 
 
817 aa  280  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514331  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4006  tail fiber protein H, putative  37.69 
 
 
808 aa  225  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0764  hypothetical protein  63.4 
 
 
399 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3484  phage tail collar domain-containing protein  60.51 
 
 
340 aa  196  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3191  Phage-related tail fibre protein-like protein  56 
 
 
697 aa  194  4e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3035  phage Tail Collar domain protein  54.29 
 
 
399 aa  194  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1823  Tail Collar domain protein  57.14 
 
 
401 aa  193  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112044  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2656  tail fiber repeat 2 protein  58.9 
 
 
660 aa  192  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0940  tail fiber domain-containing protein  57.31 
 
 
583 aa  189  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3816  Tail Collar domain protein  61.18 
 
 
498 aa  187  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00845  hypothetical protein  54.29 
 
 
540 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00851  hypothetical protein  54.29 
 
 
540 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2345  hypothetical protein  53.14 
 
 
479 aa  184  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3818  Tail Collar domain protein  62.5 
 
 
557 aa  182  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2761  Phage-related tail fibre protein-like protein  53.71 
 
 
473 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4031  Tail Collar domain protein  53.71 
 
 
485 aa  181  5.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4027  Tail Collar domain protein  54.86 
 
 
646 aa  179  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4029  Phage-related tail fibre protein-like protein  54.55 
 
 
419 aa  179  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4025  Tail Collar domain protein  52.2 
 
 
371 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2850  tail fiber domain protein  50.86 
 
 
588 aa  169  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4024  Phage-related tail fibre protein-like protein  54.09 
 
 
452 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3033  tail fiber domain-containing protein  51.43 
 
 
561 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000290271 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1384  Phage-related tail fibre protein-like protein  47.85 
 
 
504 aa  159  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44271  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08050  putative tail fiber protein  35.47 
 
 
691 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383442  hitchhiker  0.000557531 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0865  tail fiber repeat 2-containing protein  49.37 
 
 
554 aa  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0127303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1941  gpH  45.45 
 
 
570 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4341  putative phage tail fiber protein  54.81 
 
 
673 aa  144  6e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0213021 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4381  gp19  53.03 
 
 
580 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427744  hitchhiker  0.000225609 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4452  tail fiber domain protein  42.68 
 
 
581 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3650  Phage-related tail fibre protein-like protein  45.33 
 
 
251 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4536  tail fiber domain-containing protein  42.04 
 
 
552 aa  130  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371688 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4537  gp19  42.04 
 
 
493 aa  130  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2930  prophage MuMc02, head decoration protein, putative  50.7 
 
 
466 aa  117  6e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0100371  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2490  hypothetical protein  43.36 
 
 
745 aa  98.6  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3306  phage tail collar domain-containing protein  37.16 
 
 
483 aa  98.2  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377169  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1289  putative variable tail fibre protein  35.87 
 
 
242 aa  95.5  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.314975 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1305  tail fiber protein, putative  34.91 
 
 
505 aa  95.1  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000211042 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1619  tail fiber-related protein  34.36 
 
 
205 aa  92.8  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0820088  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37440  Phage P2 tail fiber gpH-like protein  36.25 
 
 
299 aa  91.3  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0231  tail fiber protein H, putative  31.06 
 
 
359 aa  85.1  0.000000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.218449  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2214  hypothetical protein  33.14 
 
 
382 aa  75.9  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2297  phage-related tail fibre protein-like protein  34.25 
 
 
525 aa  63.9  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.364157  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1068  hypothetical protein  41.49 
 
 
5166 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2380  Phage-related tail fibre protein-like  31.29 
 
 
590 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335162  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3500  hypothetical protein  29.61 
 
 
899 aa  55.1  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.512789  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2197  hypothetical protein  41.49 
 
 
5203 aa  55.1  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3858  tail fiber protein, putative  33.59 
 
 
267 aa  52.4  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.642523  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3393  tail fiber protein, putative  26.17 
 
 
519 aa  52.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1223  hypothetical protein  33.33 
 
 
263 aa  50.8  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.241489  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>