85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2736 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2736  Tail Collar domain protein  100 
 
 
689 aa  1402    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1537  Tail Collar domain protein  86.17 
 
 
621 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2885  putative bacteriophage tail fiber protein  72.88 
 
 
462 aa  346  7e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3191  Phage-related tail fibre protein-like protein  67.38 
 
 
697 aa  283  5.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00845  hypothetical protein  57.6 
 
 
540 aa  216  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00851  hypothetical protein  57.6 
 
 
540 aa  216  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2761  Phage-related tail fibre protein-like protein  60.71 
 
 
473 aa  213  7e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4027  Tail Collar domain protein  64 
 
 
646 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1577  Tail Collar domain protein  53.45 
 
 
682 aa  180  9e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1819  Tail Collar domain protein  56.77 
 
 
166 aa  169  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.597378  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1476  tail collar domain-containing protein  57.42 
 
 
259 aa  169  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.736982 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2731  tail collar domain-containing protein  57.52 
 
 
259 aa  168  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.594625  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1941  gpH  39.73 
 
 
570 aa  158  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4031  Tail Collar domain protein  52.44 
 
 
485 aa  150  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3484  phage tail collar domain-containing protein  50.67 
 
 
340 aa  149  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0918027  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4025  Tail Collar domain protein  53.95 
 
 
371 aa  146  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3816  Tail Collar domain protein  48.28 
 
 
498 aa  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3818  Tail Collar domain protein  50.61 
 
 
557 aa  145  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1823  Tail Collar domain protein  45.96 
 
 
401 aa  134  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.112044  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0634  shufflon domain protein  43.96 
 
 
532 aa  127  7e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119731  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0638  Tail Collar domain protein  46.47 
 
 
157 aa  127  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.437833  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1817  Tail Collar domain protein  46.67 
 
 
196 aa  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.386449  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2492  Tail Collar domain protein  45.16 
 
 
262 aa  123  9e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136013  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2097  Tail Collar domain protein  48.32 
 
 
183 aa  123  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2850  tail fiber domain protein  51.49 
 
 
588 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2758  tail collar domain-containing protein  44.03 
 
 
177 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3032  tail Collar domain protein  43.4 
 
 
176 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000835332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00854  hypothetical protein  44.87 
 
 
180 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00848  bacteriophage tail fiber protein  44.87 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2198  tail collar domain-containing protein  43.42 
 
 
402 aa  116  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.23854  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0637  Tail Collar domain protein  47.79 
 
 
140 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.436358  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4341  putative phage tail fiber protein  66.67 
 
 
673 aa  115  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0213021 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3035  phage Tail Collar domain protein  60.47 
 
 
399 aa  107  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110884 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0635  Tail Collar domain protein  46.32 
 
 
140 aa  107  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0451681  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1090  side tail fiber protein  42.6 
 
 
463 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.422026  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1039  hypothetical protein  50.91 
 
 
304 aa  101  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2015  side tail fiber protein  44.83 
 
 
442 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.478107 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1062  Tail Collar domain protein  42.67 
 
 
530 aa  99.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0096  putative phage tail protein  40.46 
 
 
962 aa  97.8  6e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  2.12465e-28 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0710  side tail fiber protein  30.29 
 
 
892 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.116846  normal  0.0178865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0298  putative tail fiber protein  37.18 
 
 
264 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.991261  normal  0.467938 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3033  tail fiber domain-containing protein  51.16 
 
 
561 aa  81.3  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000290271 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2794  side tail fiber protein  48.21 
 
 
790 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2918  gp19  41.75 
 
 
701 aa  79  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217612  hitchhiker  0.00000000528807 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1178  side tail fiber protein  40.78 
 
 
510 aa  79  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205878  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0873  side tail fiber protein  28.77 
 
 
441 aa  78.2  0.0000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2111  prophage tail fibre domain-containing protein  28.77 
 
 
1007 aa  77.8  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0810598  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2331  bacteriophage tail fiber protein  35.54 
 
 
385 aa  77.4  0.0000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1160  side tail fiber protein  52.27 
 
 
791 aa  76.6  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0463923  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0636  Tail Collar domain protein  36.55 
 
 
144 aa  77  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266713  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2274  Prophage tail fibre domain protein  44.44 
 
 
1120 aa  73.9  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.817873  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1427  side tail fiber protein  43.45 
 
 
805 aa  73.9  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.214924 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1284  phage tail domain-containing protein  36.36 
 
 
1137 aa  73.9  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6579  hypothetical protein  60 
 
 
522 aa  73.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1643  prophage tail fibre domain protein  31.97 
 
 
516 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2427  side tail fiber protein  53.41 
 
 
280 aa  71.2  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.220934 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1143  Phage tail Collar  31.61 
 
 
817 aa  70.5  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.514331  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2098  Tail Collar domain protein  37.29 
 
 
320 aa  70.9  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0113464  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1478  phage protein  37.82 
 
 
536 aa  70.1  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0691  hypothetical protein  34.81 
 
 
340 aa  69.3  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1921  putative tail fiber-related protein  32.28 
 
 
554 aa  67  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0833  phage tail collar domain-containing protein  38.95 
 
 
281 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.643406  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2356  variable tail fibre protein  65.38 
 
 
639 aa  65.5  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164257  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3306  phage tail collar domain-containing protein  49.28 
 
 
483 aa  65.1  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.377169  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4381  gp19  29.84 
 
 
580 aa  64.3  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427744  hitchhiker  0.000225609 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4024  Phage-related tail fibre protein-like protein  41.67 
 
 
452 aa  63.9  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1123  side tail fiber protein  29.08 
 
 
569 aa  61.6  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1862  phage tail collar domain-containing protein  34.26 
 
 
735 aa  60.8  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1141  tail fiber domain-containing protein  35.21 
 
 
527 aa  61.2  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1692  hypothetical protein  29.63 
 
 
225 aa  60.8  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.705113  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0745  hypothetical protein  29.8 
 
 
387 aa  57.8  0.0000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.106262 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1106  Tail Collar domain protein  28.11 
 
 
368 aa  57.4  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0685  putative tail fiber protein  37.37 
 
 
654 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.906879  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5071  putative tail fiber protein  37.37 
 
 
654 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3092  hypothetical protein  36.36 
 
 
472 aa  57.4  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.715953  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1091  phage tail Collar  30.14 
 
 
671 aa  57  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.152489  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1223  hypothetical protein  49.02 
 
 
145 aa  57  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.388112  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4029  Phage-related tail fibre protein-like protein  43.66 
 
 
419 aa  55.1  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0238  hypothetical protein  29.91 
 
 
323 aa  52.8  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0701154  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2246  tail protein  26.55 
 
 
514 aa  49.3  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.577758  normal  0.173891 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0558  hypothetical protein  61.54 
 
 
397 aa  48.5  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0209812  hitchhiker  0.0000583469 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4853  hypothetical protein  37.5 
 
 
536 aa  48.1  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1088  hypothetical protein  44.68 
 
 
712 aa  45.8  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.979712  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2442  Tail Collar domain protein  27.67 
 
 
282 aa  45.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4042  Phage-related tail fibre protein-like protein  57.89 
 
 
714 aa  44.3  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.332758  hitchhiker  0.00000000000267654 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>