More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1289 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  74.21 
 
 		 519 aa  732    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  73.43 
 
 		 516 aa  757    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 516 aa  1037    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  73.43 
 
 		 524 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  61.04 
 
 		 515 aa  581  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  60.38 
 
 		 503 aa  570  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  61.62 
 
 		 509 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  55.69 
 
 		 520 aa  505  9.999999999999999e-143  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  56.4 
 
 		 499 aa  497  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  53.74 
 
 		 511 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  55.36 
 
 		 499 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  55.14 
 
 		 499 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  55.14 
 
 		 512 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  42.8 
 
 		 523 aa  350  3e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  44.96 
 
 		 532 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  42.68 
 
 		 495 aa  317  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  42.89 
 
 		 495 aa  301  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  42.68 
 
 		 495 aa  300  5e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  37.9 
 
 		 495 aa  272  1e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  37.15 
 
 		 491 aa  263  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  37.5 
 
 		 502 aa  251  3e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  36.6 
 
 		 500 aa  223  8e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  33.73 
 
 		 509 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  34.58 
 
 		 475 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  33.07 
 
 		 512 aa  212  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  33.07 
 
 		 512 aa  211  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  33.4 
 
 		 512 aa  211  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.54 
 
 		 495 aa  210  6e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  31.41 
 
 		 511 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  29.69 
 
 		 497 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  29.69 
 
 		 497 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  30.63 
 
 		 511 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  29.88 
 
 		 518 aa  198  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  31.8 
 
 		 492 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  30.42 
 
 		 511 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  31.47 
 
 		 509 aa  193  6e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.55 
 
 		 519 aa  190  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  30.88 
 
 		 505 aa  189  7e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  33.19 
 
 		 496 aa  189  8e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  35.78 
 
 		 452 aa  186  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  31.79 
 
 		 525 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  32.07 
 
 		 503 aa  184  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  33.88 
 
 		 471 aa  182  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  33.4 
 
 		 495 aa  181  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  29.62 
 
 		 498 aa  181  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  31.67 
 
 		 503 aa  179  8e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  29.61 
 
 		 511 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  30.96 
 
 		 507 aa  178  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  30.02 
 
 		 509 aa  177  4e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  29.03 
 
 		 475 aa  177  4e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  29.12 
 
 		 504 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  32.94 
 
 		 495 aa  173  5.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  25.78 
 
 		 492 aa  173  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  30.46 
 
 		 504 aa  172  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  29.82 
 
 		 508 aa  170  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  30.78 
 
 		 512 aa  169  8e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  30.78 
 
 		 512 aa  169  8e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.58 
 
 		 512 aa  169  8e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  28.71 
 
 		 504 aa  169  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  33.8 
 
 		 495 aa  168  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  26.92 
 
 		 519 aa  168  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  28.6 
 
 		 553 aa  166  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  28.45 
 
 		 492 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  30.3 
 
 		 506 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  27.44 
 
 		 493 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  28.74 
 
 		 498 aa  162  1e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  29.21 
 
 		 492 aa  161  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  28.35 
 
 		 512 aa  162  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  24.5 
 
 		 494 aa  162  2e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  28.95 
 
 		 492 aa  161  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  28.86 
 
 		 497 aa  160  5e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  30.28 
 
 		 506 aa  160  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  29.75 
 
 		 530 aa  160  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  28.29 
 
 		 531 aa  159  9e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  27.81 
 
 		 508 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  30.27 
 
 		 530 aa  157  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  30.85 
 
 		 502 aa  157  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  27.59 
 
 		 519 aa  156  1e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  28.65 
 
 		 524 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  29.88 
 
 		 499 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  23.41 
 
 		 499 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  29.28 
 
 		 494 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  28.13 
 
 		 507 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  30.3 
 
 		 508 aa  154  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  30.12 
 
 		 530 aa  154  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  29.39 
 
 		 492 aa  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  30.72 
 
 		 495 aa  152  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  24.31 
 
 		 502 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  27.66 
 
 		 497 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  24.31 
 
 		 502 aa  152  1e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  28.87 
 
 		 490 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  28.71 
 
 		 491 aa  151  3e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  27.61 
 
 		 506 aa  150  4e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  27.5 
 
 		 518 aa  149  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  28.6 
 
 		 500 aa  149  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  27.9 
 
 		 492 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  28.22 
 
 		 508 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  26.4 
 
 		 504 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  29.83 
 
 		 507 aa  143  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  28.02 
 
 		 508 aa  143  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>