299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3513 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3513  methoxyneurosporene dehydrogenase  100 
 
 		 532 aa  1057    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.705776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0183  amine oxidase  60.53 
 
 		 523 aa  590  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2040  phytoene dehydrogenase-related protein  59.75 
 
 		 495 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.492251 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0266  methoxyneurosporene dehydrogenase  59.34 
 
 		 495 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1910  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  59.54 
 
 		 495 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.295436 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  45.56 
 
 		 516 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  45.25 
 
 		 524 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6441  hydroxyneurosporene and rhodopin dehydrogenase  46.69 
 
 		 509 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  44.8 
 
 		 516 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1706  phytoene desaturase  45.36 
 
 		 519 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2048  phytoene desaturase  44.25 
 
 		 515 aa  372  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51701 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2984  CrtD protein  44.93 
 
 		 503 aa  372  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3693  phytoene desaturase  47.24 
 
 		 499 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357896 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2822  phytoene desaturase  48.55 
 
 		 511 aa  368  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.429882  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2726  phytoene desaturase  47.61 
 
 		 499 aa  356  6.999999999999999e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1614  phytoene dehydrogenase-related protein  44.83 
 
 		 520 aa  355  8.999999999999999e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2953  phytoene desaturase  47.71 
 
 		 499 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2848  phytoene desaturase  45.47 
 
 		 512 aa  332  1e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.984953  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  34.9 
 
 		 495 aa  204  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  27.49 
 
 		 497 aa  192  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  27.49 
 
 		 497 aa  192  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  30.69 
 
 		 491 aa  189  7e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  33.54 
 
 		 495 aa  189  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  32.07 
 
 		 509 aa  186  8e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  31.54 
 
 		 512 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  30.33 
 
 		 502 aa  183  6e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  30.1 
 
 		 511 aa  183  7e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  30.27 
 
 		 511 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  30.06 
 
 		 511 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  31.19 
 
 		 512 aa  181  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3225  Zeta-phytoene desaturase  33.12 
 
 		 475 aa  180  5.999999999999999e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.328594  hitchhiker  0.00724213 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1392  FAD dependent oxidoreductase  33.83 
 
 		 495 aa  180  5.999999999999999e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000446309 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  31.14 
 
 		 512 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  30.39 
 
 		 505 aa  177  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1108  phytoene desaturase  35.62 
 
 		 500 aa  176  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556955  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5124  zeta-phytoene desaturase  35.11 
 
 		 452 aa  174  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.229738  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  32.45 
 
 		 508 aa  170  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  30.28 
 
 		 531 aa  169  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  28.43 
 
 		 492 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  28.63 
 
 		 475 aa  166  9e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  29.34 
 
 		 511 aa  166  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  31.52 
 
 		 507 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  30.33 
 
 		 507 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  29.78 
 
 		 525 aa  163  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  28.38 
 
 		 519 aa  161  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  28.29 
 
 		 518 aa  162  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  30.43 
 
 		 509 aa  159  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  29.88 
 
 		 504 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  30.56 
 
 		 503 aa  159  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  31.92 
 
 		 489 aa  158  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2546  phytoene desaturase  31.71 
 
 		 496 aa  157  6e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3248  phytoene dehydrogenase-related protein  33.79 
 
 		 495 aa  155  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.242639  normal  0.13988 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3833  hydroxyneurosporene dehydrogenase  32.79 
 
 		 471 aa  154  4e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0251377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  29.64 
 
 		 504 aa  154  4e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  29.8 
 
 		 497 aa  154  5e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  29.29 
 
 		 549 aa  153  8.999999999999999e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  30.34 
 
 		 512 aa  152  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  28.83 
 
 		 553 aa  152  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  27.24 
 
 		 519 aa  152  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  30.71 
 
 		 506 aa  152  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  31.04 
 
 		 509 aa  151  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  25.36 
 
 		 537 aa  151  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  29.24 
 
 		 492 aa  150  8e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  28.1 
 
 		 552 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  29.06 
 
 		 508 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  28.51 
 
 		 498 aa  148  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3475  zeta-phytoene desaturase  33.33 
 
 		 495 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.419175  normal  0.0366285 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  29.27 
 
 		 508 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0386  FAD dependent oxidoreductase  32.73 
 
 		 451 aa  146  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0302403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1492  FAD dependent oxidoreductase  33.6 
 
 		 447 aa  145  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.226993  hitchhiker  0.000066146 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  27.51 
 
 		 546 aa  144  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  29.72 
 
 		 492 aa  143  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  29.94 
 
 		 521 aa  143  9e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  29.79 
 
 		 498 aa  142  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  28.74 
 
 		 492 aa  143  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  25.05 
 
 		 502 aa  142  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  25.05 
 
 		 502 aa  142  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  26.25 
 
 		 497 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  22.02 
 
 		 499 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  26.76 
 
 		 490 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  24.41 
 
 		 494 aa  140  6e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  26.52 
 
 		 493 aa  140  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  31.06 
 
 		 503 aa  139  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  28.8 
 
 		 492 aa  139  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  28.43 
 
 		 504 aa  139  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  31.09 
 
 		 494 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.06 
 
 		 512 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  29.51 
 
 		 504 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  31.81 
 
 		 494 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2306  FAD dependent oxidoreductase  32.62 
 
 		 494 aa  137  5e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  29.59 
 
 		 512 aa  137  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  29.59 
 
 		 512 aa  137  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  25.61 
 
 		 518 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  31.34 
 
 		 502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  28.14 
 
 		 530 aa  135  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  27.98 
 
 		 492 aa  134  5e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  28.27 
 
 		 530 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  33.7 
 
 		 507 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  28.72 
 
 		 526 aa  131  3e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  29.61 
 
 		 492 aa  131  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>