More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4011 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  68.82 
 
 		 512 aa  721    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  91.78 
 
 		 511 aa  975    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  64.95 
 
 		 508 aa  657    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  64.75 
 
 		 507 aa  659    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  100 
 
 		 511 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  67.21 
 
 		 507 aa  682    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  79.65 
 
 		 511 aa  852    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  94.52 
 
 		 511 aa  994    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  64.95 
 
 		 508 aa  654    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  64.55 
 
 		 508 aa  673    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  65.47 
 
 		 508 aa  683    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  65.54 
 
 		 508 aa  682    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  57.08 
 
 		 492 aa  571  1e-161  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  51.85 
 
 		 493 aa  528  1e-149  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  50.81 
 
 		 519 aa  520  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  54.09 
 
 		 492 aa  521  1e-146  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  50.1 
 
 		 537 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  52.69 
 
 		 504 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  50.2 
 
 		 518 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  51.94 
 
 		 495 aa  488  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  49.5 
 
 		 518 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  49.5 
 
 		 518 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  51.05 
 
 		 496 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  48.28 
 
 		 549 aa  472  1e-132  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  46.58 
 
 		 552 aa  470  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  48.59 
 
 		 524 aa  468  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  46.02 
 
 		 553 aa  462  1e-129  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  48.43 
 
 		 505 aa  465  1e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  48.99 
 
 		 531 aa  459  9.999999999999999e-129  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  47.94 
 
 		 504 aa  457  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  46.74 
 
 		 546 aa  457  1e-127  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  46.8 
 
 		 492 aa  438  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  47.01 
 
 		 498 aa  438  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  45.27 
 
 		 492 aa  430  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  43.86 
 
 		 556 aa  417  9.999999999999999e-116  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  36.66 
 
 		 525 aa  295  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  34.56 
 
 		 504 aa  282  1e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  36.23 
 
 		 497 aa  275  1.0000000000000001e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  32.44 
 
 		 553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  36.03 
 
 		 530 aa  270  4e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  35.83 
 
 		 530 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  34.96 
 
 		 530 aa  266  7e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  33.68 
 
 		 492 aa  263  6.999999999999999e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  34.77 
 
 		 509 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  32.99 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  32.99 
 
 		 512 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  32.99 
 
 		 512 aa  256  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  34.61 
 
 		 509 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  34.04 
 
 		 529 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  34.02 
 
 		 506 aa  249  8e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  32.11 
 
 		 503 aa  246  4.9999999999999997e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  31.81 
 
 		 506 aa  246  6.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  32.59 
 
 		 494 aa  246  9.999999999999999e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  30.72 
 
 		 502 aa  242  9e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  30.72 
 
 		 502 aa  242  9e-63  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  33.48 
 
 		 494 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  31.93 
 
 		 507 aa  234  3e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  31.84 
 
 		 509 aa  234  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  32.02 
 
 		 495 aa  233  7.000000000000001e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  32.77 
 
 		 491 aa  232  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  31.85 
 
 		 490 aa  231  2e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  31.47 
 
 		 491 aa  231  3e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  31.43 
 
 		 519 aa  230  5e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  31.86 
 
 		 502 aa  228  2e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  32.93 
 
 		 498 aa  223  8e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  32.85 
 
 		 502 aa  220  3.9999999999999997e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  30.95 
 
 		 492 aa  216  7e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  30.83 
 
 		 492 aa  216  8e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  30.08 
 
 		 499 aa  215  1.9999999999999998e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  29.71 
 
 		 518 aa  214  2.9999999999999995e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  30.91 
 
 		 503 aa  212  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  30.31 
 
 		 504 aa  211  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  28.91 
 
 		 519 aa  209  7e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  31.99 
 
 		 495 aa  209  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  26.49 
 
 		 499 aa  207  5e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  30.13 
 
 		 490 aa  205  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  30.55 
 
 		 506 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2586  zeta-phytoene desaturase  27.73 
 
 		 497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2640  zeta-phytoene desaturase  27.73 
 
 		 497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  29.96 
 
 		 494 aa  197  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  27.42 
 
 		 488 aa  197  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  29.98 
 
 		 500 aa  196  6e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  29.1 
 
 		 488 aa  195  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  26.78 
 
 		 501 aa  194  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  30.54 
 
 		 512 aa  194  4e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  30.54 
 
 		 512 aa  194  4e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  30.54 
 
 		 512 aa  193  6e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  29.18 
 
 		 552 aa  191  4e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1289  FAD dependent oxidoreductase  30.42 
 
 		 516 aa  191  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.571457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  26.02 
 
 		 497 aa  189  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  29.45 
 
 		 527 aa  187  5e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  28.63 
 
 		 489 aa  186  7e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0318  phytoene desaturase  29.56 
 
 		 526 aa  186  8e-46  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.158779  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  30.6 
 
 		 492 aa  184  3e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  29.36 
 
 		 516 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  30.58 
 
 		 524 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  26.76 
 
 		 493 aa  182  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2891  phytoene desaturase  32.87 
 
 		 550 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.101189 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3491  phytoene desaturase  31.73 
 
 		 551 aa  180  5.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29222  predicted protein  27.67 
 
 		 521 aa  178  3e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.821914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>